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万見
- PDB-3k90: The Abscisic acid receptor PYR1 in complex with Abscisic Acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k90
タイトルThe Abscisic acid receptor PYR1 in complex with Abscisic Acid
要素Putative uncharacterized protein
キーワードHORMONE RECEPTOR / HYDROLASE REGULATOR / GENE REGULATOR / HORMONE / PLANT PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / START domain / Bet V I domain / Hormone-Receptor complex / Regulator of protein phosphatase type 2C
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8S / ACETIC ACID / Abscisic acid receptor PYR1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dupeux, F.D. / Santiago, J. / Rodriguez, P.L. / Marquez, J.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: The abscisic acid receptor PYR1 in complex with abscisic acid.
著者: Santiago, J. / Dupeux, F. / Round, A. / Antoni, R. / Park, S.Y. / Jamin, M. / Cutler, S.R. / Rodriguez, P.L. / Marquez, J.A.
履歴
登録2009年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,68610
ポリマ－86,8214
非ポリマー8656
水9,908550
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area32930 Å2
手法PISA
2
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8275
ポリマ－43,4112
非ポリマー4163
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
3
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8595
ポリマ－43,4112
非ポリマー4493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.810, 61.280, 72.550
Angle α, β, γ (deg.)105.65, 102.23, 89.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein / PYR1 / Putative uncharacterized protein AT4g17870 / Putative uncharacterized protein T6K21.50


分子量: 21705.340 Da / 分子数: 4 / 変異: P2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT4g17870, T6K21.50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O49686
#2: 化合物 ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸


分子量: 264.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O4 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 18% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 54557 / Num. obs: 50927 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CNW

3cnw


解像度: 2→24.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 9.109 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23394 2647 5 %RANDOM
Rwork0.20042 ---
obs0.20209 50927 100 %-
all-54577 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.418 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.88 Å20.1 Å20.88 Å2
2---2.27 Å20.26 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5584 0 60 550 6194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4781.9627870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5055710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.6223.258267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.333151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4451552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7121.53562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33325796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81632241
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9874.52074
LS精密化 シェル解像度: 2→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 273 -
Rwork0.229 3681 -
obs--86.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57460.736-0.04074.0644-0.21871.85320.1701-0.20110.03630.098-0.19930.10510.06310.13940.02920.0494-0.01320.02730.0383-0.00150.028215.0187-21.212515.1652
21.6043-0.27140.0161.32790.18181.17580.00430.0042-0.04230.0671-0.0117-0.091-0.03220.01280.00740.0239-0.00240.01780.0123-0.01310.052719.71257.44597.0329
32.01650.6138-0.02591.8294-0.1111.3236-0.0423-0.0096-0.0448-0.1577-0.00990.1017-0.0584-0.02340.05220.03480.01250.00220.00690.00480.0434-0.58846.9912-16.7229
41.2060.0592-0.07922.6721-0.28442.3701-0.00630.1148-0.00620.0481-0.04580.12780.0092-0.0980.05210.0211-0.0030.00140.0159-0.00590.01924.0488-21.0508-25.7871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C2 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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