PDB-3k8d: Crystal structure of E. coli lipopolysaccharide specific CMP-KDO ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k8d

タイトル

Crystal structure of E. coli lipopolysaccharide specific CMP-KDO synthetase in complex with CTP and 2-deoxy-Kdo

要素

3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / KdsB synthetase KDO complex / Lipopolysaccharide biosynthesis / Magnesium / Nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Heyes, D.J. / Levy, C.W. / Lafite, P. / Scrutton, N.S. / Leys, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-based mechanism of CMP-2-keto-3-deoxymanno-octulonic acid synthetase: convergent evolution of a sugar-activating enzyme with DNA/RNA polymerases
著者: Heyes, D.J. / Levy, C. / Lafite, P. / Roberts, I.S. / Goldrick, M. / Stachulski, A.V. / Rossington, S.B. / Stanford, D. / Rigby, S.E.J. / Scrutton, N.S. / Leys, D.

履歴

登録	2009年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年12月5日	Group: Database references
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k8d.cif.gz	241.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k8d.ent.gz	190.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k8d_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k8d_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	3k8d_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	3k8d_validation.cif.gz	76.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k8d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k8eC 1vh1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ozv-d 4qbh-d 3tqd-1 3vt0-3 2d1z-2 5je2-d 1les-d 6thl-d 5zo3-d 5uc1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

B: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

C: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

D: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

D: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

C: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.770, 94.770, 153.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質

3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / CMP-KDO synthetase / CMP-2-keto-3-deoxyoctulosonic acid synthetase / CKS

分子量: 29456.377 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
参照: UniProt: P04951, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

#2: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#3: 糖

ChemComp-KDO / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 3-deoxy-d-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 2-keto-3-deoxy-D-mannooctanoic acid / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-manno-oct-2-ulosonic acid / (2R)-2-デオキソ-2-ヒドロキシ-2,6-オキシ-3,6-ジデオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 238.192 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₄O₈

#4: 化合物

ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP

分子量: 483.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5mM CTP, 5mM 2-deoxy Kdo, 85mM HEPES, pH7.5, 17% PEG10000, 6.8% ethylene glycol, 15% (v/v), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.898→45.3 Å / Num. obs: 121076 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.9→1.92 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DNA	データ収集
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VH1

1vh1

解像度: 1.9→45.27 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.182	6127	5.06 %	Random
R_work	0.151	-	-	-
obs	0.153	121076	99.6 %	-
all	-	121076	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.84 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7630	0	180	1255	9065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8087
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	11057
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.823	3047
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	1238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1440

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8983-1.9199	0.2405	203	0.1848	3656	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9199-1.9425	0.2289	213	0.1868	3789	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9425-1.9662	0.2014	186	0.177	3846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9662-1.991	0.2445	190	0.1755	3856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.991-2.0172	0.2198	191	0.1664	3855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0172-2.0449	0.2186	211	0.166	3848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0449-2.0741	0.2075	224	0.1587	3809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0741-2.1051	0.2074	214	0.1611	3858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1051-2.1379	0.2066	168	0.1624	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1379-2.173	0.221	195	0.1638	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.173-2.2105	0.2092	191	0.1629	3860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2105-2.2507	0.1925	197	0.1608	3889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2507-2.2939	0.1976	194	0.1542	3800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2939-2.3408	0.2	178	0.1563	3924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3408-2.3917	0.2037	215	0.1644	3796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3917-2.4473	0.1985	193	0.1527	3874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4473-2.5085	0.18	195	0.1532	3849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5085-2.5763	0.2085	192	0.1538	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5763-2.6521	0.1943	225	0.1558	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6521-2.7377	0.2086	229	0.1573	3811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7377-2.8355	0.1753	213	0.15	3797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8355-2.949	0.1724	240	0.1492	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.949-3.0832	0.1822	195	0.16	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0832-3.2457	0.1821	223	0.1538	3836	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2457-3.449	0.1545	209	0.1398	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.449-3.7152	0.1523	213	0.1275	3812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7152-4.0889	0.1536	196	0.132	3887	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0889-4.68	0.1276	221	0.1142	3810	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.8943	0.1493	218	0.1307	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8943-45.2804	0.19	195	0.1661	3805	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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