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万見
- PDB-3k7q: Crystal structure of substrate-bound 6-hydroxy-L-nicotine oxidase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k7q
タイトルCrystal structure of substrate-bound 6-hydroxy-L-nicotine oxidase from Arthrobacter nicotinovorans
要素6-hydroxy-L-nicotine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ENANTIOMERIC SUBSTRATES / FLAVOENZYMES / NICOTINE DEGRADATION / OXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-6-hydroxynicotine oxidase / (S)-6-hydroxynicotine oxidase activity / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...: / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-GP7 / 5-[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]pyridin-2-ol / (S)-6-hydroxynicotine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter nicotinovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLREP / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Bourenkov, G.P. / Kachalova, G.S. / Bartunik, H.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure Analysis of Free and Substrate-Bound 6-Hydroxy-l-Nicotine Oxidase from Arthrobacter nicotinovorans.
著者: Kachalova, G.S. / Bourenkov, G.P. / Mengesdorf, T. / Schenk, S. / Maun, H.R. / Burghammer, M. / Riekel, C. / Decker, K. / Bartunik, H.D.
履歴
登録2009年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 6-hydroxy-L-nicotine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8524
ポリマ－47,2141
非ポリマー1,6383
水6,702372
1
X: 6-hydroxy-L-nicotine oxidase
ヘテロ分子

X: 6-hydroxy-L-nicotine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7048
ポリマ－94,4282
非ポリマー3,2756
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area1190 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area32660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.988, 162.988, 162.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432

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要素

#1: タンパク質 6-hydroxy-L-nicotine oxidase


分子量: 47214.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter nicotinovorans (バクテリア)
遺伝子: 6-HLNO / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: Q93NH4, (S)-6-hydroxynicotine oxidase
#2: 化合物 ChemComp-HNL / 5-[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]pyridin-2-ol / 6-hydroxy-L-nicotine / 6-ヒドロキシニコチン


分子量: 178.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-GP7 / (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(pentadecanoyloxy)methyl]ethyl (12E)-hexadeca-9,12-dienoate / 1-pentadecanoyl-2-hexadecanoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine


分子量: 673.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H68NO8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20mM Sodium phosphate, 4M sodium formiate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.782 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月18日 / 詳細: KB-mirror
放射モノクロメーター: N2 cooled Si-111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 47039 / Num. obs: 47039 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 31.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3282 / Rsym value: 0.71 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLREP
開始モデル: PDB ENTRY 3K7M

3k7m


解像度: 2.05→12.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.397 / SU ML: 0.096 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24967 2343 5 %RANDOM
Rwork0.20159 ---
obs0.20398 44208 99.83 %-
all-44283 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 31.389 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→12.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3323 0 109 372 3804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0213520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0071.9914799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2823.648159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7315532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1921525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2010.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.022693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3510.22451
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2610.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8081.52191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7523434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.29231574
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4254.51361
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.102 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 176 -
Rwork0.209 3150 -
obs-3150 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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