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万見
- PDB-3k6x: M. acetivorans Molybdate-Binding Protein (ModA) in Molybdate-Boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k6x
タイトルM. acetivorans Molybdate-Binding Protein (ModA) in Molybdate-Bound Close Form with 2 Molecules in Asymmetric Unit Forming Beta Barrel
要素Solute-binding protein MA_0280
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ModA / molybdate / Methanosarcina acetivorans / periplasmic binding protein / ABC transporter / ligand / metal-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Tungstate ABC transporter, substrate-binding protein WtpA / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDATE ION / Uncharacterized solute-binding protein MA_0280
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Chan, S. / Chernishof, I. / Giuroiu, I. / Sawaya, M.R. / Chiang, J. / Gunsalus, R.P. / Arbing, M.A. / Perry, L.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
著者: Chan, S. / Giuroiu, I. / Chernishof, I. / Sawaya, M.R. / Chiang, J. / Gunsalus, R.P. / Arbing, M.A. / Perry, L.J.
履歴
登録2009年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute-binding protein MA_0280
B: Solute-binding protein MA_0280
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,40912
ポリマ－78,3202
非ポリマー1,08810
水1,71195
1
A: Solute-binding protein MA_0280
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7046
ポリマ－39,1601
非ポリマー5445
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Solute-binding protein MA_0280
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7046
ポリマ－39,1601
非ポリマー5445
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.195, 65.587, 94.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLUGLU1BB44 - 5746 - 59
21THRTHRGLUGLU1AA44 - 5746 - 59
12LEULEUHISHIS4BB58 - 6660 - 68
22LEULEUHISHIS4AA58 - 6660 - 68
13GLYGLYARGARG6BB68 - 7370 - 75
23GLYGLYARGARG6AA68 - 7370 - 75
14GLUGLUSERSER5BB74 - 8176 - 83
24GLUGLUSERSER5AA74 - 8176 - 83
15ARGARGALAALA1BB83 - 11685 - 118
25ARGARGALAALA1AA83 - 11685 - 118
16PHEPHEASNASN2BB118 - 129120 - 131
26PHEPHEASNASN2AA118 - 129120 - 131
17GLUGLULEULEU5BB130 - 146132 - 148
27GLUGLULEULEU5AA130 - 146132 - 148
18ARGARGPROPRO1BB147 - 209149 - 211
28ARGARGPROPRO1AA147 - 209149 - 211
19ALAALAARGARG4BB210 - 224212 - 226
29ALAALAARGARG4AA210 - 224212 - 226
110SERSERLEULEU5BB225 - 242227 - 244
210SERSERLEULEU5AA225 - 242227 - 244
111TYRTYRGLNGLN2BB243 - 251245 - 253
211TYRTYRGLNGLN2AA243 - 251245 - 253
112HISHISPROPRO5BB252 - 261254 - 263
212HISHISPROPRO5AA252 - 261254 - 263
113ALAALAVALVAL2BB262 - 287264 - 289
213ALAALAVALVAL2AA262 - 287264 - 289
114THRTHRASNASN1BB288 - 304290 - 306
214THRTHRASNASN1AA288 - 304290 - 306
115SERSERALAALA3BB305 - 308307 - 310
215SERSERALAALA3AA305 - 308307 - 310
116THRTHRILEILE2BB309 - 325311 - 327
216THRTHRILEILE2AA309 - 325311 - 327
117GLUGLUVALVAL4BB326 - 333328 - 335
217GLUGLUVALVAL4AA326 - 333328 - 335
118PROPROGLYGLY1BB334 - 339336 - 341
218PROPROGLYGLY1AA334 - 339336 - 341
119LYSLYSGLUGLU2BB340 - 345342 - 347
219LYSLYSGLUGLU2AA340 - 345342 - 347
120GLUGLUHOHHOH5BB - N346 - 354348
220GLUGLUHOHHOH5AA - M346 - 354348

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要素

#1: タンパク質 Solute-binding protein MA_0280


分子量: 39160.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal TEV-cleavable 6xHis-tag
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
株: C2A / 遺伝子: MA0280, MA_0280 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q8TTZ5
#2: 化合物 ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.4M ammonium sulfate, 4% (v/v) isopropanol with final concentration of sodium molybdate at 125 mM in the drop, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→57.74 Å / Num. obs: 31325 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.045 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 2973 / Rsym value: 0.279 / Χ2: 1.003 / % possible all: 84.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.701 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.289
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→57.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.271 / WRfactor Rwork: 0.244 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.724 / SU B: 15.899 / SU ML: 0.207 / SU R Cruickshank DPI: 0.424 / SU Rfree: 0.271 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1592 5.1 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.238 31302 87.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.82 Å2 / Biso mean: 36.391 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å22 Å2
2--1.59 Å20 Å2
3---1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→57.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4992 0 50 95 5137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.9777017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.9055640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.58825.755245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.87115800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.9471518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.04923218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.71535199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1321918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.66831818
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1325TIGHT POSITIONAL0.10.05
763MEDIUM POSITIONAL0.170.5
277LOOSE POSITIONAL0.225
1325TIGHT THERMAL1.190.5
763MEDIUM THERMAL1.332
277LOOSE THERMAL1.5210
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.309 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 106 -
Rwork0.337 2009 -
all-2115 -
obs--80.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1494-0.01-1.26952.4166-0.41532.05880.16060.60920.1444-0.2921-0.0939-0.1917-0.0704-0.3711-0.06660.05280.04740.02790.11970.03360.023328.058821.25420.2684
24.1292-0.6903-1.26392.62770.29251.83240.0141-0.4299-0.01710.26180.04870.1687-0.10740.2024-0.06280.0456-0.01780.01860.05620.00080.016618.981722.054338.82
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 352
2X-RAY DIFFRACTION2B43 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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