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- PDB-3k6k: Crystal structure at 2.2 angstrom of HSL-homolog EstE7 from a met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k6k
タイトルCrystal structure at 2.2 angstrom of HSL-homolog EstE7 from a metagenome library
要素Esterase/lipase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Lipase, GDXG, putative histidine active site / Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative histidine active site. / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Esterase/lipase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hwang, K.Y. / Nam, K.H.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Biochemical and structural analysis of hormone-sensitive lipase homolog EstE7; Insight into the stabilized dimerization of HSL-homolog proteins
著者: Nam, K.H. / Rhee, K.H. / Lee, W.H. / Jeong, B.-C. / Song, H.K. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2009年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase/lipase
B: Esterase/lipase
C: Esterase/lipase
D: Esterase/lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,55614
ポリマ－138,6144
非ポリマー94310
水7,800433
1
A: Esterase/lipase
B: Esterase/lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7877
ポリマ－69,3072
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area22780 Å2
手法PISA
2
C: Esterase/lipase
D: Esterase/lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7697
ポリマ－69,3072
非ポリマー4625
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area22020 Å2
手法PISA
3
A: Esterase/lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8463
ポリマ－34,6531
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Esterase/lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9424
ポリマ－34,6531
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: Esterase/lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8463
ポリマ－34,6531
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
D: Esterase/lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9244
ポリマ－34,6531
非ポリマー2703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.157, 127.699, 232.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
詳細RECENTLY, THE DEPOSITORS HAVE CHARACTERIZED THE OLIGOMERIC STATE OF THIS PROTEIN. THIS PROTEIN REVEALS THE MONOMER AND DIMER FORMATION. BOTH OLIGOMERIC STATE REVEALS THE ENZYME ACTIVITY. BASED ON OUR STUDY, BIOLOGICAL ASSEMBLY OF ESTE7 ARE FORMING THE MONOMER AND DIMER FORMATION. ESPECIALLY, DIMERIC ESTE7 HAVE HIGH ACTIVITY THAN MONOMER ESTE7.

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要素

#1: タンパク質
Esterase/lipase / hormone sensitive lipase homolog protein


分子量: 34653.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: estE7 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q0GMU1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.0, 0.2M ammonium sulfate, 1M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.23 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 84721 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 10.09 / Num. measured all: 420468
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique all: 7220 / % possible all: 82.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DNM

3dnm


解像度: 2.2→48.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.61 / SU B: 6.723 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES; REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 4253 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.226 84721 --
obs0.226 84704 95.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.27 Å2 / Biso mean: 27.307 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8853 0 49 433 9335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0229075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9761.98912328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37251172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.69724.205352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.7151501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5291552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.21406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9441.55852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73729347
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.95333223
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5284.52981
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 257 -
Rwork0.306 4950 -
all-5207 -
obs--81.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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