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- PDB-3k5k: Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k5k
タイトルDiscovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent Inhibitor of Histone Lysine Methyltransferase, G9a
要素Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3
キーワードTRANSFERASE / Histone Lysine Methyltransferase / G9A / ANK repeat / Chromatin regulator / Metal-binding / Methyltransferase / Nucleus / Phosphoprotein / S-adenosyl-L-methionine / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein modification process / histone H3K56 methyltransferase activity / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly ...regulation of protein modification process / histone H3K56 methyltransferase activity / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / oocyte development / protein-lysine N-methyltransferase activity / C2H2 zinc finger domain binding / fertilization / cellular response to cocaine / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / organ growth / Transcriptional Regulation by E2F6 / regulation of DNA replication / RNA Polymerase I Transcription Initiation / behavioral response to cocaine / Transcriptional Regulation by VENTX / spermatid development / long-term memory / response to fungicide / cellular response to starvation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / transcription corepressor binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / cellular response to xenobiotic stimulus / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / response to ethanol / nuclear speck / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2 / : / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2, Cys-rich region / Pre-SET domain / Pre-SET motif / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Beta-clip-like / SET domain ...Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2 / : / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2, Cys-rich region / Pre-SET domain / Pre-SET motif / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Ankyrin repeat / Beta Complex / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DXQ / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dong, A. / Wasney, G.A. / Liu, F. / Chen, X. / Allali-Hassani, A. / Senisterra, G. / Chau, I. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. ...Dong, A. / Wasney, G.A. / Liu, F. / Chen, X. / Allali-Hassani, A. / Senisterra, G. / Chau, I. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Frye, S.V. / Bochkarev, A. / Brown, P.J. / Jin, J. / Vedadi, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Discovery of a 2,4-diamino-7-aminoalkoxyquinazoline as a potent and selective inhibitor of histone lysine methyltransferase G9a.
著者: Liu, F. / Chen, X. / Allali-Hassani, A. / Quinn, A.M. / Wasney, G.A. / Dong, A. / Barsyte, D. / Kozieradzki, I. / Senisterra, G. / Chau, I. / Siarheyeva, A. / Kireev, D.B. / Jadhav, A. / ...著者: Liu, F. / Chen, X. / Allali-Hassani, A. / Quinn, A.M. / Wasney, G.A. / Dong, A. / Barsyte, D. / Kozieradzki, I. / Senisterra, G. / Chau, I. / Siarheyeva, A. / Kireev, D.B. / Jadhav, A. / Herold, J.M. / Frye, S.V. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Simeonov, A. / Vedadi, M. / Jin, J.
履歴
登録2009年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3
B: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,61520
ポリマ－65,2102
非ポリマー2,40518
水8,269459
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,80810
ポリマ－32,6051
非ポリマー1,2039
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,80810
ポリマ－32,6051
非ポリマー1,2039
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.674, 78.074, 72.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3 / Protein G9a / Histone H3-K9 methyltransferase 3 / H3-K9-HMTase 3 / Euchromatic histone-lysine N- ...Protein G9a / Histone H3-K9 methyltransferase 3 / H3-K9-HMTase 3 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Lysine N-methyltransferase 1C


分子量: 32604.924 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 913-1193, SET domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT2, BAT8, C6orf30, G9A, KMT1C, NG36 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96KQ7, histone-lysine N-methyltransferase

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非ポリマー , 6種, 477分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-DXQ / 7-[3-(dimethylamino)propoxy]-6-methoxy-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-N-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazolin-4-amine / UNC-0224


分子量: 485.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H43N7O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細LIGAND DXQ IS REFERRED AS 2,4-DIAMINO-7-AMINOALKOXY-QUINAZOLINE IN TITLE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris phosphate pH 6.0, 18% polyethylene glycol 3350 and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月21日 / 詳細: VeriMax HR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 67707 / Num. obs: 67707 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique all: 2369 / Rsym value: 0.727 / % possible all: 67.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
Coot0.5.2モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O8J

2o8j


解像度: 1.7→29.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.091 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 1372 2 %RANDOM
Rwork0.2095 ---
all0.21061 0 --
obs0.21061 66303 96.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.946 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.52 Å20 Å21.75 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---2.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4190 0 136 459 4785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0214429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9726022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5695541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.57923.767215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.96915660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7391534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7551.52713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39324345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84131716
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8754.51677
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 65 -
Rwork0.427 3464 -
obs--68.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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