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- PDB-5vse: Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vse
タイトルStructure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 17: N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine
要素Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein-small molecule inhibitor complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K56 methyltransferase activity / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly ...histone H3K56 methyltransferase activity / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly / oocyte development / C2H2 zinc finger domain binding / protein-lysine N-methyltransferase activity / fertilization / cellular response to cocaine / organ growth / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / Transcriptional Regulation by E2F6 / regulation of DNA replication / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Transcriptional Regulation by VENTX / spermatid development / behavioral response to cocaine / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / cellular response to starvation / epigenetic regulation of gene expression / transcription corepressor binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / nuclear speck / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2 / : / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2, Cys-rich region / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Beta-clip-like / SET domain ...Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2 / : / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2, Cys-rich region / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Ankyrin repeat / Beta Complex / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9HG / S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Babault, N. / Xiong, Y. / Liu, J. / Jin, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM103893 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM122749 米国
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-activity relationship studies of G9a-like protein (GLP) inhibitors.
著者: Xiong, Y. / Li, F. / Babault, N. / Wu, H. / Dong, A. / Zeng, H. / Chen, X. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Liu, J. / Vedadi, M. / Jin, J.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,56114
ポリマ－63,4422
非ポリマー2,11912
水6,089338
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7817
ポリマ－31,7211
非ポリマー1,0606
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7817
ポリマ－31,7211
非ポリマー1,0606
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.491, 78.691, 72.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 919 through 1090 or resid 1095 through 1190))
21(chain B and resid 919 through 1190)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASP(chain A and (resid 919 through 1090 or resid 1095 through 1190))AA919 - 10904 - 175
12ALAALA(chain A and (resid 919 through 1090 or resid 1095 through 1190))AA1095 - 1190180 - 275
21ALAALA(chain B and resid 919 through 1190)BB919 - 11904 - 275

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 methyltransferase 3 / H3-K9-HMTase 3 / Lysine N-methyltransferase 1C / Protein G9a


分子量: 31720.930 Da / 分子数: 2 / 断片: G9a catalytic SET-domain (913-1193) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT2, BAT8, C6orf30, G9A, KMT1C, NG36 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus RIL
参照: UniProt: Q96KQ7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-9HG / N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine


分子量: 399.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H33N5O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium fluoride, Bis-Tris propane pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→72.589 Å / Num. all: 82905 / Num. obs: 82905 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.78 Å2 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.057 / Rsym value: 0.048 / Net I/av σ(I): 7.6 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 293095
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.6-1.693.60.4691.60.2880.5520.46999.3
1.69-1.793.60.2832.40.1750.3340.28399.2
1.79-1.913.30.17340.110.2060.17398.3
1.91-2.073.50.1235.10.0760.1450.12399.3
2.07-2.263.70.0936.20.0570.110.09399.7
2.26-2.533.50.078.40.0430.0820.0799
2.53-2.923.30.05311.20.0330.0630.05397.9
2.92-3.583.80.04213.80.0250.0490.04299.7
3.58-5.063.50.03416.80.0210.040.03499.1
5.06-72.5893.60.03516.30.0210.0410.03597.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TUY

5tuy


解像度: 1.6→45.882 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1906 4118 4.98 %
Rwork0.1675 --
obs0.1686 82711 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.13 Å2 / Biso mean: 38.6584 Å2 / Biso min: 17.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→45.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4353 0 120 338 4811
Biso mean--32.19 39.01 -
残基数----540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1046177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006800
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7492743
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2608X-RAY DIFFRACTION7.565TORSIONAL
12B2608X-RAY DIFFRACTION7.565TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.61880.28031400.2832735287599
1.6188-1.63860.28521340.25712667280199
1.6386-1.65930.27591410.25162712285399
1.6593-1.68110.26841450.24042664280999
1.6811-1.70420.25961310.22772709284099
1.7042-1.72850.21161580.21192698285699
1.7285-1.75430.24121750.20372667284299
1.7543-1.78170.21381630.18662658282199
1.7817-1.81090.21891950.18212678287399
1.8109-1.84220.22881610.18532637279898
1.8422-1.87570.19381650.18392661282698
1.8757-1.91180.23941220.17592705282797
1.9118-1.95080.22071310.1752672280398
1.9508-1.99320.18511400.175227092849100
1.9932-2.03960.20111290.174527592888100
2.0396-2.09060.21221320.174427572889100
2.0906-2.14710.20661500.181227212871100
2.1471-2.21030.22111150.176327372852100
2.2103-2.28160.19811180.17382754287299
2.2816-2.36310.22261340.18142728286299
2.3631-2.45780.24621080.18252778288699
2.4578-2.56960.21241390.18412677281698
2.5696-2.70510.21111300.18052683281397
2.7051-2.87450.20411590.17912652281198
2.8745-3.09640.20991460.17692747289399
3.0964-3.40790.18291110.170727712882100
3.4079-3.90090.16741290.151127772906100
3.9009-4.91380.14281490.1252747289699
4.9138-45.90080.15591680.14642733290198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.243-0.4095-0.55251.23160.33591.40110.05590.1175-0.0715-0.0989-0.0094-0.0772-0.0052-0.0878-0.02130.2227-0.0316-0.02070.1622-0.00850.183228.1475-1.7915-6.7506
22.8451-0.6063-1.43013.31430.62923.40450.19290.10690.447-0.22880.0888-0.4841-0.43220.0991-0.21750.2808-0.0430.03610.1743-0.01960.328835.68110.3536-5.6088
32.6374-0.6537-0.86471.46520.12251.64620.08340.3603-0.0487-0.2768-0.0243-0.0176-0.0227-0.1363-0.04830.2509-0.0376-0.01110.20660.00640.171127.12282.0209-12.7902
42.73010.1373-1.50432.2294-1.04235.55850.15940.90930.3256-0.5760.0619-0.2559-0.21870.0024-0.21640.4509-0.0220.16380.47250.05550.383742.9268.3177-25.7243
55.68790.5953-2.73732.9266-0.86415.769-0.19450.4312-0.6529-0.21870.23220.38430.2891-0.6376-0.03960.2616-0.0443-0.02130.3325-0.00050.42073.6845-8.699912.3376
67.57493.8592-2.95544.851-2.39383.3388-0.04920.4753-0.0502-0.01380.27290.38290.035-0.4749-0.21040.17020.0009-0.01340.29070.06760.27441.30990.858614.6359
73.8952-0.6093-0.49542.07050.02191.0268-0.1853-0.39070.07270.19440.1937-0.2155-0.12970.1807-0.00630.2505-0.029-0.00230.2938-0.0020.235932.15816.371315.5273
85.7661.3578-1.19334.0440.22125.7516-0.1121-1.2139-0.48171.0232-0.0849-0.732-0.34741.08580.15210.4910.0634-0.06490.7630.10250.458130.2988-4.439227.7425
94.3688-0.5797-1.87893.3960.53624.9775-0.0677-0.522-0.01360.5762-0.0115-0.06580.08420.05030.09090.2737-0.0144-0.02120.37650.03710.21728.91940.685722.3489
104.64010.4937-0.60681.1059-0.33151.0625-0.077-0.0547-0.57630.0980.07260.12940.0979-0.07340.03470.23-0.00280.00990.230.08610.32111.6647-7.960622.171
113.581-0.925-1.39827.2334-0.23693.66920.0831-0.3750.42680.41480.22860.0193-0.6296-0.0855-0.28280.28470.01740.04490.25930.02410.254510.341212.345322.1894
123.51420.7474-1.11271.1533-0.37611.50910.0134-0.27660.08930.12390.05040.0417-0.0762-0.021-0.06910.22970.01890.01270.24630.04850.215414.00245.028622.8451
134.3738-1.5731-0.67923.26120.40562.9713-0.0936-0.7246-0.36810.55670.15590.3086-0.06580.0403-0.06550.27920.00510.0880.42660.11870.25677.23740.147132.3775
141.702-0.23910.84271.89221.09314.59050.2208-0.31090.30380.365-0.09590.1756-0.18710.0925-0.12160.48750.02270.18580.64020.07490.4166-1.29316.006442.953
153.1868-3.3043-3.46025.14192.40155.4367-0.2006-0.39440.08760.13270.2741-0.57050.36260.47440.0230.2608-0.0338-0.01480.1934-0.03070.309139.148-10.8896-0.3449
164.6322-3.1897-2.99083.62822.23472.3213-0.2715-0.29860.18970.15710.4017-0.66140.0810.4606-0.17180.2802-0.0172-0.04420.2624-0.06010.380543.4422-4.3445-1.6487
172.6827-0.2871-0.75682.0410.30461.82030.02650.25940.0117-0.0675-0.00470.12120.0138-0.3502-0.03570.2430.0027-0.00860.27560.0480.240512.89158.6646-0.0692
183.5884-0.8233-1.84112.30280.84634.49820.16620.8461-0.0392-0.4407-0.19180.2396-0.0141-0.7130.0370.3008-0.0131-0.07140.45890.01390.257512.77181.5962-12.6795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1022 through 1079 )B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1080 through 1110 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1111 through 1155 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1156 through 1190 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 919 through 938 )A919 - 938
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 939 through 958 )A939 - 958
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 959 through 985 )A959 - 985
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 986 through 1005 )A986 - 1005
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1006 through 1025 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1026 through 1062 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1063 through 1096 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 1097 through 1140 )A0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 1141 through 1162 )A0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 1163 through 1190 )A0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 916 through 935 )B916 - 935
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 936 through 954 )B936 - 954
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 955 through 985 )B955 - 985
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 986 through 1021 )B986 - 1021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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