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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k4p | ||||||
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タイトル | Aspergillus niger Phytase | ||||||
![]() | 3-phytase A | ||||||
![]() | HYDROLASE / Phytase / PhyA / 3-Phosphotase / myo-inositol hexakis phosphate phosphohydrolase / 37288-11-2 / Disulfide bond / Glycoprotein / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-phytase / 3-phytase activity / acid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oakley, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of Aspergillus niger phytase PhyA in complex with a phytate mimetic 著者: Oakley, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 476.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 7 - 444 / Label seq-ID: 7 - 444
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48888.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.4M ammonium nitrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月28日 / 詳細: BEAMLINE OPTICS |
放射 | モノクロメーター: BEAMLINE OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953715 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→76.74 Å / Num. all: 35613 / Num. obs: 35613 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5338 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1IHP 解像度: 2.4→66.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.744 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -1 / σ(I): -1 / ESU R: 0.635 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.71 Å2 / Biso mean: 26.967 Å2 / Biso min: 2.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→66.36 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3363 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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