PDB-3k4l: Pyranose 2-oxidase F454N mutant in complex with 2FG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k4l

タイトル

Pyranose 2-oxidase F454N mutant in complex with 2FG

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / F454N MUTANT / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Divne, C. / Tan, T.C.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2010
タイトル: Importance of the gating segment in the substrate-recognition loop of pyranose 2-oxidase.
著者: Spadiut, O. / Tan, T.C. / Pisanelli, I. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2009年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2021年10月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.6	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k4l.cif.gz	253.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k4l.ent.gz	200.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k4l_validation.pdf.gz	975.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k4l_full_validation.pdf.gz	995.3 KB	表示
XML形式データ	3k4l_validation.xml.gz	49.8 KB	表示
CIF形式データ	3k4l_validation.cif.gz	72.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k4jC 3k4kC 3k4mC 3k4nC 2igoS 1tt0 2igk 2igm 2ign 3bg6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mof-1 3k4c-d 4moo-1 4mop-d 3lsk-d 3k4n-1 3k4b-1 2igk-1 4mol-d 4mor-d 1tzl-2 2ign-2 3lsm-1 3k4j-1 2f6c-1 4mog-1 4mok-d 3fdy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

141 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
283 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.572, 101.572, 250.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質

Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase

分子量: 69380.719 Da / 分子数: 2 / 変異: F454N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: PET21(D+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase

#2: 化合物

ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD

分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM

#3: 糖

ChemComp-SHG / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-glucose / 2-フルオロ-2-デオキシ-β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁FO₅

#4: 化合物

ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸

分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50MM MGCL2, 10% (W/V)% MONOMETHYLETHER PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 132005 / Num. obs: 132005 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / R_sym value: 0.102 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 10540 / R_sym value: 0.883 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2IGO

2igo

解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 4.318 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20943	1974	1.5 %	RANDOM
R_work	0.17544	-	-	-
all	0.17596	130031	-	-
obs	0.17596	130031	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8944	0	166	722	9832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	9346
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.991	1.968	12712
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.036	3	15350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.742	5	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.74	24.505	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.301	15	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.73	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.222	0.2	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	10324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	6888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	4635
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	586
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.227	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.248	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.226	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.43	1.5	7163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.35	1.5	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.685	2	9210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.809	3	4243
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.887	4.5	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.844 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	277	-
R_work	0.219	18697	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0737	-0.1016	0.0483	0.1872	-0.0741	0.0328	0.0185	-0.0098	-0.0142	-0.0273	-0.0084	0.0123	0.015	0.0064	-0.0102	0.0459	0.0036	-0.0051	0.0373	0.0001	0.0249	3.4511	10.1893	-24.6064
2	0.1809	0.035	-0.0751	0.111	-0.1159	0.2416	0.0064	0.0256	0.0034	-0.0437	0.0125	0.038	0.0088	-0.0324	-0.0189	0.0465	0.0049	-0.0225	0.0255	-0.0003	0.0207	-12.9902	17.6442	-32.5237
3	0.3426	-0.1082	0.0285	0.254	-0.0845	0.3589	0.012	0.0104	-0.0081	0.0047	-0.0516	-0.0542	-0.0404	0.0568	0.0396	0.0406	-0.0029	0.005	0.0307	0.0162	0.0349	12.0758	25.1584	-31.1189
4	0.4383	0.5565	0.0748	0.7182	0.0459	0.2192	0.0186	0.0022	-0.0157	-0.0099	-0.0161	-0.0108	0.011	-0.0042	-0.0025	0.0311	0.0042	-0.0125	0.0242	-0.0048	0.0381	-28.7294	1.7113	-14.9897
5	0.0908	0.0215	-0.0753	0.1	-0.0438	0.1066	0.0127	-0.0069	0.0134	-0.0035	-0.0096	-0.0048	-0.0127	0.0006	-0.0031	0.0472	0.002	-0.0057	0.0331	0.0054	0.0295	-2.26	25.1983	-22.9988
6	0.3539	0.0054	-0.1138	0.8213	-0.2348	0.1028	0.04	0.0204	0.0175	-0.2796	0.0069	0.0848	-0.003	0.046	-0.0469	0.1347	0.0058	-0.063	0.0191	-0.0377	-0.0094	-0.4861	-18.3294	-41.5374
7	0.0841	-0.0783	-0.0585	0.117	0.0224	0.064	0.0173	-0.0089	-0.0312	-0.0171	-0.0197	0.0257	-0.0133	0.0067	0.0024	0.0376	-0.0001	-0.0144	0.0277	-0.0069	0.0471	-5.1995	-9.2812	-16.5424
8	0.2546	-0.0153	0.1241	0.4301	-0.0241	0.1399	0.0108	0.0014	-0.045	-0.1403	-0.0159	0.0575	0.0379	0.0529	0.0051	0.0693	0.0049	-0.0258	-0.0032	-0.0309	0.022	5.0373	-22.7845	-30.5624
9	0.3383	0.3311	-0.1315	0.5643	-0.0422	0.1698	0.0053	-0.0238	-0.0003	-0.0186	-0.0134	0.0089	-0.0254	0.0199	0.0081	0.0435	-0.0035	0.0009	0.0306	0.0053	0.0223	28.4476	-3.4452	-13.5877
10	0.119	0.0235	0.099	0.2707	-0.0322	0.161	0.0049	-0.0259	-0.0542	-0.0491	-0.0045	0.0637	0.0252	0.0368	-0.0003	0.05	0.0002	-0.0164	0.0022	-0.0217	0.0547	2.1221	-27.3686	-21.7621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	176 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	294 - 359
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	360 - 472
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	473 - 618
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	46 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	86 - 173
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	174 - 361
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	362 - 473
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	474 - 618

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)