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- PDB-3k3f: Crystal Structure of the Urea Transporter from Desulfovibrio Vulgaris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k3f
タイトルCrystal Structure of the Urea Transporter from Desulfovibrio Vulgaris
要素Urea transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / channel / urea transport / transporter / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


urea binding / urea channel activity / urea transmembrane transport / protein homotrimerization / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Urea transporter / Urea transporter / Ammonium transporter fold / Ammonium transporter AmtB like domains / Ammonium/urea transporter / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Urea transporter DVU1160
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a bacterial homologue of the kidney urea transporter.
著者: Levin, E.J. / Quick, M. / Zhou, M.
履歴
登録2009年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urea transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,78710
ポリマ－36,0141
非ポリマー1,7739
水99155
1
A: Urea transporter
ヘテロ分子

A: Urea transporter
ヘテロ分子

A: Urea transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,36230
ポリマ－108,0433
非ポリマー5,31827
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area10150 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area35890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.131, 110.131, 84.861
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Urea transporter


分子量: 36014.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
株: Hildenborough / 遺伝子: DVU_1160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72CX3
#2: 化合物
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 23% PEG 1500, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.01
シンクロトロンNSLS X29A21.04
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.011
21.041
Reflection冗長度: 19.5 % / Av σ(I) over netI: 20.12 / 数: 392827 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.12 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20107 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.785096.510.091.60619.6
5.386.7810010.091.54819
4.75.3899.910.0891.28719.9
4.274.710010.0921.19720
3.974.2710010.091.22520.2
3.733.9710010.0990.92920.2
3.553.7310010.1080.8920.2
3.393.5510010.1261.16820.2
3.263.3910010.1651.2320
3.153.2610010.2011.29320
3.053.1510010.251.22219.7
2.963.0510010.2991.14719.6
2.892.9610010.3411.07919.6
2.822.8910010.4150.96819.5
2.752.8210010.5170.97219.3
2.692.7510010.6260.9419.2
2.642.6910010.790.9319
2.592.6410010.88618.9
2.542.5910010.85218.6
2.52.5410010.86317.9
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 26094 / Num. obs: 25924 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.204 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.964 / Num. unique all: 1214 / Χ2: 0.971 / % possible all: 95.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-29.50754.276-0.519HG01
2-8.43948.6083.49HG00.77
337.27524.62331.805HG00.6
4-23.34746.66828.572HG00.53
5-9.10351.556.422HG00.45
6-21.72348.33825.625HG00.37

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→38.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.213 / WRfactor Rwork: 0.201 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.882 / SU B: 8.86 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.192 / SU Rfree: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 1293 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
all0.18 25854 --
obs0.18 25854 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.6 Å2 / Biso mean: 48.581 Å2 / Biso min: 30.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20.35 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2485 0 9 55 2549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.973467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.045330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.83622.82485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.0315386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.56159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21816
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7671.51681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28322624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1833995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2044.5843
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 76 -
Rwork0.231 1743 -
all-1819 -
obs--95.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.5141-1.4531-16.84534.53795.281126.9311-0.19410.2594-1.1528-0.5134-0.4787-0.59191.3145-0.5890.67270.2336-0.04170.1470.42780.15590.424525.749-55.27818.715
21.8923-0.0833-0.09012.4218-0.09941.9133-0.17350.0077-0.3493-0.0112-0.13190.57080.2626-0.40490.3054-0.0729-0.11130.10480.04-0.10330.125237.826-43.373-1.717
31.71530.07440.02922.16630.24662.2-0.1612-0.06460.15470.0682-0.14080.6981-0.1182-0.50130.302-0.12440.0173-0.00780.0719-0.15970.138133.662-27.82-1.093
410.71316.47210.078719.41286.17294.26040.0189-1.2507-0.25281.417-0.53990.72130.2114-0.67270.5210.00940.01520.25240.2129-0.1336-0.05130.91-27.88719.185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2A16 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3A182 - 312
4X-RAY DIFFRACTION4A313 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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