PDB-3k3g: Crystal Structure of the Urea Transporter from Desulfovibrio Vulg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k3g

タイトル

Crystal Structure of the Urea Transporter from Desulfovibrio Vulgaris Bound to 1,3-dimethylurea

要素

Urea transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / channel / urea transport / transporter / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS

機能・相同性

機能・相同性情報

urea binding / urea channel activity / urea transmembrane transport / protein homotrimerization / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a bacterial homologue of the kidney urea transporter.
著者: Levin, E.J. / Quick, M. / Zhou, M.

履歴

登録	2009年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k3g.cif.gz	76.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k3g.ent.gz	56.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k3g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k3g_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k3g_full_validation.pdf.gz	443 KB	表示
XML形式データ	3k3g_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	3k3g_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k3g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k3fSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k3f-1 3m6e-1 6zas-1 6zau-1 3m77-1 5kyn-1 3ugj-d 6lyk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.3782

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Urea transporter

ヘテロ分子

38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Urea transporter

ヘテロ分子

A: Urea transporter

ヘテロ分子

A: Urea transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.106, 110.106, 84.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Urea transporter 分子量: 36014.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 株: Hildenborough / 遺伝子: DVU_1160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72CX3
#2: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 化合物	ChemComp-MMU / 1,3-dimethylurea 分子量: 88.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈N₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 23% PEG 1500, 100 mM Na Cacodylate, 10 mM N,N'-dimethylurea, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22979 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Χ²: 0.712 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.915 / Num. unique all: 1138 / Χ²: 0.427 / % possible all: 97.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	26.45 Å
Translation	4 Å	26.45 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3K3F

3k3f

解像度: 2.4→27.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.222 / WR_factor R_work: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.872 / SU B: 11.143 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.216 / SU R_free: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	1166	5.1 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
all	0.187	22964	-	-
obs	0.187	22964	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.09 Å² / B_iso mean: 44.871 Å² / B_iso min: 30.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	0.22 Å²	0 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→27.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2481	0	21	28	2530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.338	1.972	3476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.49	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.846	22.824	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.737	15	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.68	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.18	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.559	1.5	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.985	2	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.468	3	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.101	4.5	855

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.459 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	77	-
R_work	0.242	1573	-
all	-	1650	-
obs	-	-	98.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8342	-1.6929	9.062	7.9641	-13.0124	30.1202	-0.6349	-0.3058	0.0239	0.2416	-0.7059	-0.76	0.2275	-0.0217	1.3408	0.4279	0.0681	0.0709	0.0337	0.3571	0.3171	60.6756	5.3778	-18.4165
2	2.1977	0.1097	-0.1939	1.998	-0.2546	1.5486	-0.1533	0.0243	0.6072	0.0216	-0.2017	-0.0641	-0.4442	0.03	0.355	0.2863	-0.0059	-0.1542	0.0628	0.0315	0.2399	56.3248	-11.1229	2.1456
3	1.6366	0.1748	0.0048	1.5598	-0.0848	1.6575	-0.1411	0.0979	0.4876	-0.0226	-0.1741	0.4281	-0.3122	-0.3262	0.3152	0.1942	0.0919	-0.1427	0.1491	-0.0898	0.2654	40.8581	-15.2346	1.3617
4	9.7948	2.1701	-2.3286	19.0035	-2.3764	8.0071	-0.1669	1.0377	0.7335	-2.5393	0.0064	-0.5474	-0.3537	0.0066	0.1605	0.2869	0.1595	-0.42	0.2386	0.116	-0.0502	39.49	-12.7689	-19.0106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	182 - 312
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	313 - 334

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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