PDB-3k38: Crystal Structure of B/Perth Neuraminidase D197E mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k38

タイトル

Crystal Structure of B/Perth Neuraminidase D197E mutant

要素

Neuraminidase

キーワード

HYDROLASE / INFLUENZA / NEURAMINIDASE / MUTATION / RESISTANCE / Cell membrane / Glycosidase / Membrane / Transmembrane / Virion

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Oakley, A.J. / McKimm-Breschkin, J.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Basis of Resistance to Neuraminidase Inhibitors of Influenza B Viruses.
著者: Oakley, A.J. / Barrett, S. / Peat, T.S. / Newman, J. / Streltsov, V.A. / Waddington, L. / Saito, T. / Tashiro, M. / McKimm-Breschkin, J.L.

履歴

登録	2009年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Advisory / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k38.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k38.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k38.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k38_validation.pdf.gz	595.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k38_full_validation.pdf.gz	657.2 KB	表示
XML形式データ	3k38_validation.xml.gz	220 KB	表示
CIF形式データ	3k38_validation.cif.gz	303.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k38	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k36SC 3k37C 3k39C 3k3aC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s4z-1 1eo8-d 1qfu-d 3s51-1 7lci-d 6wj2-d 3s51-3 4lqq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (5) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#113 - 2009年5月
インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase)
類似性 (5)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuraminidase

B: Neuraminidase

C: Neuraminidase

D: Neuraminidase

E: Neuraminidase

F: Neuraminidase

G: Neuraminidase

H: Neuraminidase

I: Neuraminidase

J: Neuraminidase

K: Neuraminidase

L: Neuraminidase

M: Neuraminidase

N: Neuraminidase

O: Neuraminidase

P: Neuraminidase

ヘテロ分子

709 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuraminidase

B: Neuraminidase

C: Neuraminidase

D: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Neuraminidase

F: Neuraminidase

G: Neuraminidase

H: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Neuraminidase

J: Neuraminidase

K: Neuraminidase

L: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 4 ポリマー
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4

M: Neuraminidase

N: Neuraminidase

O: Neuraminidase

P: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.155, 123.683, 123.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.04, 90.19, 90.19
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 78 - 466 / Label seq-ID: 9 - 397

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 32分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質

Neuraminidase

分子量: 43838.863 Da / 分子数: 16 / 断片: UNP residues 70-466 / 変異: D197E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Perth/211/2001 / プラスミド: pFastBac
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21 / 参照: UniProt: Q3S340, exo-alpha-sialidase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1356分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION 分子量: 88.906 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化	温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12-17% w/v PEG 3350, 0.2-0.3M Na2 SO4, 5mM YCl3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281.15K, PH7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.95364 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月22日 / 詳細: BEAMLINE OPTICS

放射

モノクロメーター: BEAMLINE OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95364 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.415
1	1	-H, -L, -K	2	0.049
1	1	-H, K, -L	3	0.137
1	1	-h,-k,l	4	0.096
1	1	h,-k,-l	5	0.226
1	1	-H, L, K	6	0.076

反射

解像度: 2.19→61.78 Å / Num. all: 316772 / Num. obs: 316772 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 45355 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K36

3k36

解像度: 2.19→61.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 11.46 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21989	16084	5 %	RANDOM
R_work	0.19101	-	-	-
obs	0.19247	300686	93.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.721 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	39.01 Å²	-2.04 Å²	6.79 Å²
2-	-	-17.59 Å²	-2.21 Å²
3-	-	-	-21.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→61.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	48112	0	340	1304	49756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	50464
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.506	1.956	68496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.098	5	6464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.392	23.383	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.277	15	8496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.47	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	7232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	38400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.585	1.5	31216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.882	2	50208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.698	3	19248
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.163	4.5	18192
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3067 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.1	0.5
2	B	medium positional	0.11	0.5
3	C	medium positional	0.1	0.5
4	D	medium positional	0.1	0.5
5	E	medium positional	0.11	0.5
6	F	medium positional	0.1	0.5
7	G	medium positional	0.1	0.5
8	H	medium positional	0.1	0.5
9	I	medium positional	0.1	0.5
10	J	medium positional	0.1	0.5
11	K	medium positional	0.1	0.5
12	L	medium positional	0.1	0.5
13	M	medium positional	0.1	0.5
14	N	medium positional	0.1	0.5
15	O	medium positional	0.1	0.5
16	P	medium positional	0.11	0.5
1	A	medium thermal	0.76	2
2	B	medium thermal	0.82	2
3	C	medium thermal	0.77	2
4	D	medium thermal	0.82	2
5	E	medium thermal	0.77	2
6	F	medium thermal	0.76	2
7	G	medium thermal	0.77	2
8	H	medium thermal	0.74	2
9	I	medium thermal	0.82	2
10	J	medium thermal	0.77	2
11	K	medium thermal	0.81	2
12	L	medium thermal	0.75	2
13	M	medium thermal	0.77	2
14	N	medium thermal	0.73	2
15	O	medium thermal	0.75	2
16	P	medium thermal	0.75	2

LS精密化シェル

解像度: 2.189→2.246 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	1015	-
R_work	0.249	17899	-
obs	-	-	75.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1724	-0.0922	-0.3404	0.4722	0.0062	0.7258	-0.0067	-0.0231	0.0135	0.11	0.0108	0.0316	-0.0225	-0.0122	-0.0041	0.0745	-0.0168	0.0224	0.0665	-0.0576	0.0471	-0.0599	8.7059	26.4684
2	0.2733	-0.2709	0.2456	0.8561	-0.0631	0.4453	-0.0077	0.0039	0.0401	-0.0147	-0.0111	0.0122	-0.0429	-0.0532	0.0188	0.063	-0.0245	0.0379	0.0494	-0.0356	0.0525	-0.3276	26.5619	-8.8355
3	0.3345	0.1707	0.2488	0.542	0.0269	0.7806	0.0032	0.073	-0.0142	-0.1037	-0.0004	0.0644	-0.0038	-0.024	-0.0028	0.0915	-0.0134	0.0195	0.0503	-0.0409	0.041	-0.0074	-8.897	-26.5582
4	0.2491	0.319	-0.1879	0.8019	-0.1349	0.5207	0.0025	0.0106	-0.0429	0.011	-0.0119	0.0117	0.0065	-0.0675	0.0094	0.0682	-0.0081	0.0176	0.0456	-0.042	0.0545	-0.2545	-26.7396	8.9017
5	0.3051	-0.0633	0.2764	0.5263	-0.1373	0.773	0.0103	-0.0499	0.0229	0.0872	-0.0062	-0.0076	-0.0295	-0.0581	-0.0041	0.0768	-0.0175	0.0315	0.0629	-0.0573	0.0583	-12.8413	66.4287	-34.1719
6	0.3249	-0.2622	-0.0154	0.8289	-0.0226	0.7418	0.0263	-0.0087	-0.0632	0.0142	0.0003	0.0122	0.1168	-0.0036	-0.0266	0.0733	-0.0353	0.0157	0.0752	-0.0489	0.0489	-12.4101	34.1654	-57.2963
7	0.3547	0.0919	-0.1937	0.6576	0.0131	0.7849	0.0215	0.0643	-0.0167	-0.0797	-0.0118	-0.0043	0.0362	-0.0265	-0.0098	0.0677	-0.0079	0.0132	0.0556	-0.0525	0.0529	-12.6147	57.2967	-89.561
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9	0.2194	-0.2242	-0.1121	0.6404	0.0517	0.5135	0.0093	0.013	-0.0379	-0.0186	-0.0159	-0.0215	0.0399	0.075	0.0066	0.065	-0.0226	0.0312	0.0399	-0.0381	0.0462	43.2813	35.4021	-8.6528
10	0.4427	0.1459	-0.2988	0.6672	-0.1401	0.7474	0.0011	0.0487	0.0006	-0.1008	0.01	-0.0558	0.0032	0.0388	-0.0111	0.0772	-0.0083	0.0183	0.0494	-0.0421	0.0394	43.1764	70.742	-26.4959
11	0.4612	0.3186	0.1744	0.7055	0.0172	0.4827	0.0022	0.0169	0.0217	0.0325	-0.0077	-0.0065	-0.0325	0.0562	0.0055	0.0622	-0.0199	0.0268	0.0381	-0.0419	0.0474	43.1334	88.3602	8.9386
12	0.3339	-0.2711	0.2913	0.6612	-0.2203	0.7446	0.0005	-0.0406	-0.0028	0.0974	0.0107	-0.0569	0.004	0.0123	-0.0112	0.089	-0.032	0.0201	0.0519	-0.0426	0.0445	43.0825	52.9087	26.7496
13	0.2329	-0.07	-0.2471	0.6316	-0.0743	0.7902	0.0058	-0.032	-0.0151	0.0856	-0.004	0.021	0.0143	0.0286	-0.0019	0.0638	-0.019	0.0149	0.0582	-0.0512	0.0519	-55.057	-4.6306	-34.1855
14	0.3049	-0.3118	0.0706	0.802	-0.1921	0.7127	0.0165	-0.0078	0.0302	0.0187	-0.0032	-0.0262	-0.1309	-0.0002	-0.0133	0.0824	-0.0324	0.0301	0.0743	-0.0628	0.0511	-55.3578	27.649	-57.2858
15	0.3802	0.1121	0.2275	0.6084	-0.0176	0.8065	0.0154	0.0205	0.0341	-0.0907	-0.0234	0.0144	-0.0161	0.0402	0.0079	0.0719	-0.0152	0.0312	0.0482	-0.0449	0.0511	-54.9369	4.5986	-89.566
16	0.4161	0.2501	-0.0257	0.7893	-0.1388	0.7692	0.0188	0.0039	-0.0238	-0.019	0.0125	-0.0123	0.1149	0.008	-0.0313	0.0851	-0.0025	0.012	0.0644	-0.0559	0.0491	-55.1905	-27.733	-66.46

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	78 - 466
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	78 - 466
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	78 - 466
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	78 - 466
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	78 - 466
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	78 - 466
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	78 - 466
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	78 - 466
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	78 - 466
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	78 - 466
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	78 - 466
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	78 - 466
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	78 - 466
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	78 - 466
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	78 - 466
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	78 - 466

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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