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万見
- PDB-3k2o: Structure of an oxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k2o
タイトルStructure of an oxygenase
要素Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics Consortium / SGC / Chromatin regulator / Developmental protein / Differentiation / Dioxygenase / Iron / Metal-binding / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine / histone H3R2 demethylase activity / peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity / histone H4R3 demethylase activity / recognition of apoptotic cell / negative regulation of protein homooligomerization / oxidative RNA demethylation / oxidative RNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / protein demethylase activity ...peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine / histone H3R2 demethylase activity / peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity / histone H4R3 demethylase activity / recognition of apoptotic cell / negative regulation of protein homooligomerization / oxidative RNA demethylation / oxidative RNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / protein demethylase activity / macrophage activation / transcription regulator activator activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / membraneless organelle assembly / sprouting angiogenesis / histone demethylase activity / erythrocyte development / Protein hydroxylation / P-TEFb complex binding / phagocytosis / RNA splicing / lung development / HDMs demethylate histones / kidney development / protein homooligomerization / mRNA processing / T cell differentiation in thymus / signaling receptor activity / retina development in camera-type eye / heart development / cell surface receptor signaling pathway / single-stranded RNA binding / chromatin remodeling / iron ion binding / ribonucleoprotein complex / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #270 / : / Monooxygenase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Jelly Rolls / Up-down Bundle ...Monooxygenase - #270 / : / Monooxygenase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Krojer, T. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Mantri, M. / Ng, S.S. / Pike, A.C.W. / Butler, D.S. / Webby, C.J. / Kochan, G. / Bhatia, C. ...Krojer, T. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Mantri, M. / Ng, S.S. / Pike, A.C.W. / Butler, D.S. / Webby, C.J. / Kochan, G. / Bhatia, C. / Bray, J.E. / Chaikuad, A. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Schofield, C.J. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the 2-Oxoglutarate- and Fe(II)-Dependent Lysyl Hydroxylase JMJD6.
著者: Mantri, M. / Krojer, T. / Bagg, E.A. / Webby, C.A. / Butler, D.S. / Kochan, G. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2009年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
B: Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,66618
ポリマ－79,7952
非ポリマー87116
水12,124673
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area33830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.440, 102.030, 98.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6 / Histone arginine demethylase JMJD6 / Peptide-lysine 5-dioxygenase JMJD6 / Lysyl-hydroxylase JMJD6 / ...Histone arginine demethylase JMJD6 / Peptide-lysine 5-dioxygenase JMJD6 / Lysyl-hydroxylase JMJD6 / JmjC domain-containing protein 6 / Jumonji domain-containing protein 6 / Phosphatidylserine receptor / Protein PTDSR


分子量: 39897.441 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JMJD6, KIAA0585, PTDSR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6NYC1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6NYC1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 7種, 689分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.8M NaH2PO4, 0.8M KH2PO4, 0.1M NaHEPES 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→148 Å / Num. obs: 95190 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 13969 / Rsym value: 0.437 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_162)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→19.851 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2246 4855 5.1 %
Rwork0.1918 --
all0.1935 95145 -
obs0.1935 95145 97.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.192 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0189 Å20 Å2-2.4666 Å2
2--3.8683 Å20 Å2
3----4.8872 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5565 0 39 673 6277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0175858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3867967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4692184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051028
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.75-1.76990.3221460.2856305098
1.7699-1.79070.28531640.2772299098
1.7907-1.81250.28381740.265300798
1.8125-1.83540.28711450.256306198
1.8354-1.85960.29841720.2475299298
1.8596-1.8850.28821640.2408303598
1.885-1.91190.28521550.241301298
1.9119-1.94040.26741830.2329299998
1.9404-1.97070.25461670.2259304099
1.9707-2.0030.24891860.197299899
2.003-2.03750.21521690.1991303398
2.0375-2.07450.23771600.1937302498
2.0745-2.11440.23771630.1879299598
2.1144-2.15750.21521390.1892308798
2.1575-2.20440.24791670.1857298099
2.2044-2.25560.22961580.1853308498
2.2556-2.31190.20741590.1843298298
2.3119-2.37430.21351320.1845306898
2.3743-2.44410.21971750.1816304998
2.4441-2.52280.22711850.1872298998
2.5228-2.61280.25961440.1902304198
2.6128-2.71710.23391900.1891297798
2.7171-2.84050.24961560.1914302598
2.8405-2.98970.21721490.1908304598
2.9897-3.17630.2241590.1838299597
3.1763-3.42040.22151580.1821300097
3.4204-3.76250.19911600.1693302597
3.7625-4.30220.17521470.1482295996
4.3022-5.40210.16491620.1383295295
5.4021-19.8520.22131670.2157279689
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.5805 Å / Origin y: 22.1674 Å / Origin z: 48.7935 Å
111213212223313233
T0.034 Å2-0.0035 Å2-0.0036 Å2-0.0371 Å2-0.0145 Å2--0.0547 Å2
L0.4724 °20.0341 °2-0.3313 °2-0.08 °20.05 °2--0.7075 °2
S0.0174 Å °0.0028 Å °0.024 Å °0.0041 Å °-0.0089 Å °0.0074 Å °0.0163 Å °-0.0159 Å °-0.0046 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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