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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k2k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative carboxypeptidase (YP_103406.1) from BURKHOLDERIA MALLEI ATCC 23344 at 2.49 A resolution | ||||||
要素 | putative carboxypeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / putative carboxypeptidase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Burkholderia mallei ATCC 23344 (鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of putative carboxypeptidase (YP_103406.1) from BURKHOLDERIA MALLEI ATCC 23344 at 2.49 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k2k.cif.gz | 92.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k2k.ent.gz | 72.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k2k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3k2k_validation.pdf.gz | 440.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3k2k_full_validation.pdf.gz | 443.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3k2k_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3k2k_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/3k2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/3k2k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY COMBINED WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUGGEST THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION UNDER THE CONDITIONS TESTED. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46063.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia mallei ATCC 23344 (鼻疽菌) 遺伝子: BMA1798 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q62IR3, UniProt: A0A0H2WJQ2*PLUS | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.31 Å3/Da |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4.3000M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, Additive: 0.006 M calcium chloride, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97931 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月7日 詳細: Flat mirror, vertical and horizontal focussing mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.49→29.553 Å / Num. obs: 34624 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 61.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 15.45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.49→29.553 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.767 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.148 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.CHLORIDE (CL) AND GLYCEROL (GOL) FROM THE CRYSTALLIZATION AND CRYOPROTECTION SOLUTION HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 5.THE RAMACHANDRAN OUTLIER AT GLN39 IS SUPPORTED BY ELECTRON DENSITY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.38 Å2 / Biso mean: 36.226 Å2 / Biso min: 12.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→29.553 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.492→2.557 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 107.7147 Å / Origin y: 2.1292 Å / Origin z: 33.0333 Å
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