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- PDB-3k2d: Crystal structure of Immunogenic lipoprotein A from Vibrio vulnificus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k2d
タイトルCrystal structure of Immunogenic lipoprotein A from Vibrio vulnificus
要素ABC-type metal ion transport system, periplasmic component
キーワードIMMUNE SYSTEM / alpha/beta domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHIONINE / Lipoprotein / Lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yu, S. / Rhee, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Toll-like receptor 2-activating lipoprotein IIpA from Vibrio vulnificus.
著者: Yu, S. / Lee, N.Y. / Park, S.J. / Rhee, S.
履歴
登録2009年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月18日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-type metal ion transport system, periplasmic component
B: ABC-type metal ion transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3894
ポリマ－52,0912
非ポリマー2982
水2,810156
1
A: ABC-type metal ion transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1952
ポリマ－26,0451
非ポリマー1491
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC-type metal ion transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1952
ポリマ－26,0451
非ポリマー1491
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)273.600, 273.600, 273.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432

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要素

#1: タンパク質 ABC-type metal ion transport system, periplasmic component / Immunogenic lipoprotein A / IlpA


分子量: 26045.436 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUED 29-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: ATCC 29307 / 遺伝子: VV1_0294 / プラスミド: pET28a_TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8DFC1, UniProt: A0A3Q0L1R9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M HEPES, 2.25M ammonium sulfate, 3% sorbitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A11.23984
シンクロトロンPAL/PLS 6C121.23984
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2008年6月2日
ADSC QUANTUM 2102CCD2008年7月15日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 25307 / Num. obs: 25307 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 82 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 38.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 77.6 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 15 / Num. unique all: 2702 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2535 9.2 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all-25307 --
obs-22772 89.983 %-
溶媒の処理Bsol: 36.651 Å2
原子変位パラメータBiso max: 63.85 Å2 / Biso mean: 30.8 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3602 0 18 156 3776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3fme.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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