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- PDB-3k2a: Crystal structure of the homeobox domain of human homeobox protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k2a
タイトルCrystal structure of the homeobox domain of human homeobox protein Meis2
要素Homeobox protein Meis2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / homeobox domain / human homeobox protein MEIS2 / DNA-binding / transcription / Homeobox / Nucleus / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / negative regulation of myeloid cell differentiation / eye development / response to growth factor / embryonic pattern specification / pancreas development / transcription factor binding / response to mechanical stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / animal organ morphogenesis ...positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / negative regulation of myeloid cell differentiation / eye development / response to growth factor / embryonic pattern specification / pancreas development / transcription factor binding / response to mechanical stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / animal organ morphogenesis / brain development / visual learning / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein PKNOX/Meis, N-terminal / TALE/MEIS homeobox family N-terminal domain / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...Homeobox protein PKNOX/Meis, N-terminal / TALE/MEIS homeobox family N-terminal domain / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Homeobox protein Meis2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lam, R. / Soloveychik, M. / Battaile, K.P. / Romanov, V. / Lam, K. / Beletskaya, I. / Gordon, E. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the homeobox domain of human homeobox protein Meis2
著者: Lam, R. / Soloveychik, M. / Battaile, K.P. / Romanov, V. / Lam, K. / Beletskaya, I. / Gordon, E. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein Meis2
B: Homeobox protein Meis2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9486
ポリマ-15,7592
非ポリマー1894
86548
1
A: Homeobox protein Meis2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9743
ポリマ-7,8801
非ポリマー942
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Homeobox protein Meis2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9743
ポリマ-7,8801
非ポリマー942
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Homeobox protein Meis2
B: Homeobox protein Meis2
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,58748
ポリマ-126,07516
非ポリマー1,51232
28816
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area33190 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area39020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.597, 113.597, 50.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-500-

CL

21B-500-

CL

31A-37-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Homeobox protein Meis2 / Meis1-related protein 1


分子量: 7879.710 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 281-345 (homeobox domain) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEIS2, MRG1 / プラスミド: pET28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14770
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28% PEG4000, 8% isopropanol, 0.1M sodium acetate, 10mM L-proline, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 12319 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 28.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.667 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-2.02290.47312120.957100
2.02-2.128.90.3412111.236100
2.1-2.229.10.20412141.127100
2.2-2.3128.70.16512151.451100
2.31-2.4629.10.10812141.438100
2.46-2.6528.80.08512381.553100
2.65-2.9128.90.07112271.757100
2.91-3.3328.60.05812351.84499.9
3.33-4.228.20.04712641.78299.9
4.2-5025.80.04712893.63196.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_1001.9524.16105741616
ANO_10.42301.9524.16105670
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_18.23-24.160010155
ISO_15.99-8.230020083
ISO_14.94-5.990026881
ISO_14.3-4.940032581
ISO_13.86-4.30036283
ISO_13.53-3.860041281
ISO_13.28-3.530044984
ISO_13.07-3.280048079
ISO_12.9-3.070051085
ISO_12.75-2.90054585
ISO_12.62-2.750057776
ISO_12.51-2.620061277
ISO_12.41-2.510062489
ISO_12.33-2.410065781
ISO_12.25-2.330068683
ISO_12.18-2.250070482
ISO_12.11-2.180073276
ISO_12.05-2.110076092
ISO_12-2.050076582
ISO_11.95-20080581
ANO_18.23-24.160.4450960
ANO_15.99-8.230.24601990
ANO_14.94-5.990.25702680
ANO_14.3-4.940.28603250
ANO_13.86-4.30.32903620
ANO_13.53-3.860.3204120
ANO_13.28-3.530.304490
ANO_13.07-3.280.31904800
ANO_12.9-3.070.33305100
ANO_12.75-2.90.33205450
ANO_12.62-2.750.35105770
ANO_12.51-2.620.4206120
ANO_12.41-2.510.4706240
ANO_12.33-2.410.50906570
ANO_12.25-2.330.56806860
ANO_12.18-2.250.64207040
ANO_12.11-2.180.69107320
ANO_12.05-2.110.76707600
ANO_12-2.050.84607640
ANO_11.95-20.88608050
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 12190
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5.72-10062.20.809505
4.56-5.7256.50.912503
3.97-4.56560.933510
3.59-3.9755.50.925509
3.33-3.5961.10.908506
3.13-3.3359.20.914504
2.97-3.1356.30.893501
2.84-2.9755.80.901506
2.73-2.8459.10.884503
2.63-2.73550.895505
2.55-2.6353.60.884515
2.47-2.5558.10.895511
2.4-2.4760.20.883510
2.34-2.455.70.879513
2.29-2.3455.40.876512
2.24-2.2963.20.876537
2.19-2.2462.30.873536
2.14-2.1961.10.876560
2.1-2.1464.90.843559
2.06-2.167.70.866585
2.02-2.0667.30.79585
1.99-2.0273.30.778596
1.95-1.9971.80.708619

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMACrefmac_5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
JDirectorデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→25.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.238 / WRfactor Rwork: 0.22 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.039 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 590 4.8 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.216 12250 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.75 Å2 / Biso mean: 29.967 Å2 / Biso min: 20.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→25.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数931 0 10 48 989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0821.9241303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2385109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.8523.67349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54915169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.084158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7761.5565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4732917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0553397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3374.5386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.947-1.9970.317510.24584389599.888
1.997-2.0520.296470.24781586899.309
2.052-2.1110.233370.247808845100
2.111-2.1750.242350.24778181799.878
2.175-2.2460.271360.2275379399.496
2.246-2.3240.235590.21970677498.837
2.324-2.4110.275240.19872575199.734
2.411-2.5090.289300.22868272198.752
2.509-2.6190.169340.23566470199.572
2.619-2.7450.292350.22162165799.848
2.745-2.8920.22330.23959863898.903
2.892-3.0650.355220.22157560099.5
3.065-3.2730.171270.21953456898.768
3.273-3.530.247250.21151354199.445
3.53-3.860.218170.18647649599.596
3.86-4.3030.194180.18942744999.109
4.303-4.9440.242240.174387411100
4.944-5.9970.21140.22833735299.716
5.997-8.250.24130.24127228898.958
8.25-25.1250.25190.22814318980.423
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.831-0.38-0.1383.08431.05622.21030.0457-0.03040.0023-0.24150.0309-0.011-0.24250.1187-0.07650.0879-0.05640.01620.0485-0.02880.056734.12139.97114.998
21.2856-0.5094-0.04916.07761.25541.112-0.077-0.00780.00580.3120.0490.20930.0121-0.06710.02810.1172-0.01980.05520.0212-0.02250.056328.6852.7235.476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A284 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2B283 - 338

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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