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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k2a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the homeobox domain of human homeobox protein Meis2 | ||||||
![]() | Homeobox protein Meis2 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / homeobox domain / human homeobox protein MEIS2 / DNA-binding / transcription / Homeobox / Nucleus / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / negative regulation of myeloid cell differentiation / eye development / response to growth factor / embryonic pattern specification / pancreas development / transcription factor binding / response to mechanical stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / animal organ morphogenesis ...positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / negative regulation of myeloid cell differentiation / eye development / response to growth factor / embryonic pattern specification / pancreas development / transcription factor binding / response to mechanical stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / animal organ morphogenesis / brain development / visual learning / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lam, R. / Soloveychik, M. / Battaile, K.P. / Romanov, V. / Lam, K. / Beletskaya, I. / Gordon, E. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the homeobox domain of human homeobox protein Meis2 著者: Lam, R. / Soloveychik, M. / Battaile, K.P. / Romanov, V. / Lam, K. / Beletskaya, I. / Gordon, E. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
| x 8||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7879.710 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 281-345 (homeobox domain) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28% PEG4000, 8% isopropanol, 0.1M sodium acetate, 10mM L-proline, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 12319 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 28.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.667 / Net I/σ(I): 17.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 12190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.75 Å2 / Biso mean: 29.967 Å2 / Biso min: 20.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→25.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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