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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k29 | ||||||
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タイトル | Structure of a putative YscO homolog CT670 from Chlamydia trachomatis | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / YscO / type III secretion apparatus / Chlamydia trachomatis / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
機能・相同性 | YscO-like protein / YscO-like protein / Helix Hairpins - #1700 / : / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Type III secretion T3S chaperone 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lam, R. / Singer, A. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Bochkarev, A. / Brunzelle, J.S. / Edwards, A.M. / Anderson, W.F. / Chirgadze, N.Y. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010 タイトル: Structure and protein-protein interaction studies on Chlamydia trachomatis protein CT670 (YscO Homolog). 著者: Lorenzini, E. / Singer, A. / Singh, B. / Lam, R. / Skarina, T. / Chirgadze, N.Y. / Savchenko, A. / Gupta, R.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k29.cif.gz | 46.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k29.ent.gz | 35.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k29.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3k29_validation.pdf.gz | 425.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3k29_full_validation.pdf.gz | 426.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3k29_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3k29_validation.cif.gz | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/3k29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/3k29 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20623.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) 株: D/UW-3/CX / 遺伝子: CT670, CT_670 / プラスミド: p15TvLic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RP / 参照: UniProt: O84677 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.75 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350, 1% PEG4000, 1mM magnesium sulfate, and 25mM MES pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97921,0.97942 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 6.1 % / Av σ(I) over netI: 25.76 / 数: 68202 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.9 / D res high: 2.03 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11202 / % possible obs: 85.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 13438 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.412 / Net I/σ(I): 14.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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