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- PDB-3k29: Structure of a putative YscO homolog CT670 from Chlamydia trachomatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k29
タイトルStructure of a putative YscO homolog CT670 from Chlamydia trachomatis
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / YscO / type III secretion apparatus / Chlamydia trachomatis / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性YscO-like protein / YscO-like protein / Helix Hairpins - #1700 / : / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Type III secretion T3S chaperone
機能・相同性情報
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lam, R. / Singer, A. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Bochkarev, A. / Brunzelle, J.S. / Edwards, A.M. / Anderson, W.F. / Chirgadze, N.Y. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010
タイトル: Structure and protein-protein interaction studies on Chlamydia trachomatis protein CT670 (YscO Homolog).
著者: Lorenzini, E. / Singer, A. / Singh, B. / Lam, R. / Skarina, T. / Chirgadze, N.Y. / Savchenko, A. / Gupta, R.S.
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6241
ポリマ－20,6241
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.112, 23.194, 105.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-174-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 20623.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/CX / 遺伝子: CT670, CT_670 / プラスミド: p15TvLic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RP / 参照: UniProt: O84677
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG3350, 1% PEG4000, 1mM magnesium sulfate, and 25mM MES pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97921,0.97942
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.979421
Reflection冗長度: 6.1 % / Av σ(I) over netI: 25.76 / 数: 68202 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.9 / D res high: 2.03 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11202 / % possible obs: 85.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.375098.610.0654.9676.5
3.474.3799.910.0542.1676.9
3.033.4710010.0591.6037.1
2.763.0310010.0891.3877.1
2.562.7699.510.1381.2726.7
2.412.5697.610.1681.1825.8
2.292.4189.710.2071.0885.1
2.192.2974.710.231.1254.7
2.12.1954.210.2861.1014.6
2.032.142.610.2961.0344
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 13438 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.412 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.074.60.19112310.787191.6
2.07-2.155.30.16613230.849198.9
2.15-2.255.70.13513210.962199.8
2.25-2.3760.11313431.0621100
2.37-2.5260.09213391.158199.9
2.52-2.716.30.08113421.2381100
2.71-2.996.20.07513521.2821100
2.99-3.426.30.06313621.279199.9
3.42-4.316.20.05213801.7291100
4.31-505.80.06614453.359199.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.1533.540087151284
ISO_22.1533.540.5420.46786001283
ANO_12.1533.541.483081300
ANO_22.1533.541.788084730
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_19.26-33.54009067
ISO_16.68-9.260018672
ISO_15.49-6.680023570
ISO_14.77-5.490030071
ISO_14.27-4.770034769
ISO_13.91-4.270036570
ISO_13.62-3.910042072
ISO_13.39-3.620043474
ISO_13.2-3.390050271
ISO_13.03-3.20049468
ISO_12.89-3.030051274
ISO_12.77-2.890057572
ISO_12.66-2.770058761
ISO_12.57-2.660057567
ISO_12.48-2.570060453
ISO_12.4-2.480057365
ISO_12.33-2.40056352
ISO_12.27-2.330050950
ISO_12.21-2.270046044
ISO_12.15-2.210038442
ANO_19.26-33.542.4050840
ANO_16.68-9.263.60801860
ANO_15.49-6.68402300
ANO_14.77-5.493.09702970
ANO_14.27-4.772.78803470
ANO_13.91-4.272.39203640
ANO_13.62-3.912.24204190
ANO_13.39-3.621.7604340
ANO_13.2-3.391.5205010
ANO_13.03-3.21.27604940
ANO_12.89-3.031.06305110
ANO_12.77-2.890.78105750
ANO_12.66-2.770.68105690
ANO_12.57-2.660.6605420
ANO_12.48-2.570.50805500
ANO_12.4-2.480.48404950
ANO_12.33-2.40.40604720
ANO_12.27-2.330.40504110
ANO_12.21-2.270.3603450
ANO_12.15-2.210.38603040
ISO_29.26-33.540.5050.4168567
ISO_26.68-9.261.2391.27618672
ISO_25.49-6.681.5961.05423570
ISO_24.77-5.491.3310.78830071
ISO_24.27-4.771.0910.7534769
ISO_23.91-4.270.9380.54936570
ISO_23.62-3.910.8950.4742072
ISO_23.39-3.620.7250.57543474
ISO_23.2-3.390.7090.44550271
ISO_23.03-3.20.5860.45149468
ISO_22.89-3.030.5130.36651274
ISO_22.77-2.890.4180.20457572
ISO_22.66-2.770.3350.19358761
ISO_22.57-2.660.2970.13657467
ISO_22.48-2.570.2270.15859853
ISO_22.4-2.480.1790.12256665
ISO_22.33-2.40.1550.11554752
ISO_22.27-2.330.1440.12948850
ISO_22.21-2.270.1280.10143344
ISO_22.15-2.210.1250.10435241
ANO_29.26-33.543.1640810
ANO_26.68-9.264.58201860
ANO_25.49-6.686.2802350
ANO_24.77-5.494.69903000
ANO_24.27-4.773.71803470
ANO_23.91-4.273.39503650
ANO_23.62-3.913.12404200
ANO_23.39-3.622.55304340
ANO_23.2-3.392.21605020
ANO_23.03-3.21.78804940
ANO_22.89-3.031.62905120
ANO_22.77-2.891.20505750
ANO_22.66-2.770.92305870
ANO_22.57-2.660.90605730
ANO_22.48-2.570.66805930
ANO_22.4-2.480.5605540
ANO_22.33-2.40.46805240
ANO_22.27-2.330.47304650
ANO_22.21-2.270.43403980
ANO_22.15-2.210.3903280
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 9998
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.2-10061.60.875503
4.89-6.258.40.876506
4.26-4.8955.10.885506
3.85-4.2656.30.883505
3.58-3.8554.50.869501
3.36-3.5858.90.858508
3.19-3.3661.30.825510
3.05-3.1964.60.832504
2.92-3.0564.20.802505
2.82-2.92640.804502
2.73-2.8264.20.756503
2.65-2.7371.30.764503
2.57-2.6574.70.731509
2.5-2.57760.748512
2.44-2.574.90.754501
2.38-2.4475.50.719502
2.32-2.3878.30.744513
2.26-2.3280.60.67514
2.15-2.2683.50.664891

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMACrefmac_5.5.0056精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→27.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / SU B: 11.632 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 653 4.9 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.242 13431 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.67 Å2 / Biso mean: 24.037 Å2 / Biso min: 10.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1373 0 0 51 1424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.9931891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4485171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.26425.06379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.38115340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2471515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8391.5824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55621334
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0023595
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0084.5552
LS精密化 シェル解像度: 1.993→2.044 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 41 -
Rwork0.277 739 -
all-780 -
obs--79.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81920.3602-0.6061.375-3.572616.6018-0.0507-0.0934-0.0867-0.2284-0.2849-0.20491.21310.77890.33560.29230.0433-0.0050.17240.05730.250511.62764.01251.573
21.1142-0.16920.20791.5968-2.742610.6366-0.11350.0002-0.0821-0.1502-0.1006-0.14860.65440.33310.21410.1353-0.01170.03150.13590.0310.17712.751619.73923.1654
30.4067-0.62482.48950.9599-3.824715.239-0.1598-0.0655-0.02450.2432-0.0729-0.1618-0.53380.06540.23260.1425-0.01810.00150.17270.03190.222210.203515.640435.3773
41.9424-0.91512.49573.3483-5.525616.5048-0.17350.21360.17580.119-0.2247-0.0864-0.81340.5780.39810.1541-0.0615-0.03780.22690.07830.31123.8258-0.12393.7137
51.34930.0564.34571.7962-1.888116.3809-0.0168-0.5466-0.0760.6139-0.2984-0.26490.32671.01510.31530.3061-0.0162-0.03010.43770.12890.445828.0621-9.369114.7082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2A38 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3A74 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4A132 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5A157 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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