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万見
- PDB-3k22: Glucocorticoid Receptor with Bound alaninamide 10 with TIF2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k22
タイトルGlucocorticoid Receptor with Bound alaninamide 10 with TIF2 peptide
要素
  • Glucocorticoid receptor
  • Transcriptional Intermediary Factor 2
キーワードTRANSCRIPTION / Glucocorticoid Receptor / Steroid Hormone Receptor / Nuclear Receptor / GR / glucocorticoids / alpha helical sandwich / meta-channel / Alternative initiation / Chromatin regulator / Disease mutation / DNA-binding / Isopeptide bond / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Pseudohermaphroditism / Receptor / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / astrocyte differentiation / adrenal gland development / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / cellular response to steroid hormone stimulus / locomotor rhythm / motor behavior / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / cellular response to dexamethasone stimulus / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / transcription regulator inhibitor activity / positive regulation of adipose tissue development / : / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / TBP-class protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / nuclear receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Hsp90 protein binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / HATs acetylate histones / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / nuclear speck / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / synapse / centrosome / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
hexyl beta-D-glucopyranoside / Chem-JZS / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Biggadike, K.B. / McLay, I.M. / Madauss, K.P. / Williams, S.P. / Bledsoe, R.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Design and x-ray crystal structures of high-potency nonsteroidal glucocorticoid agonists exploiting a novel binding site on the receptor.
著者: Biggadike, K. / Bledsoe, R.K. / Coe, D.M. / Cooper, T.W. / House, D. / Iannone, M.A. / Macdonald, S.J. / Madauss, K.P. / McLay, I.M. / Shipley, T.J. / Taylor, S.J. / Tran, T.B. / Uings, I.J. ...著者: Biggadike, K. / Bledsoe, R.K. / Coe, D.M. / Cooper, T.W. / House, D. / Iannone, M.A. / Macdonald, S.J. / Madauss, K.P. / McLay, I.M. / Shipley, T.J. / Taylor, S.J. / Tran, T.B. / Uings, I.J. / Weller, V. / Williams, S.P.
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月25日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.72024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
H: Transcriptional Intermediary Factor 2
B: Glucocorticoid receptor
D: Transcriptional Intermediary Factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7579
ポリマ－62,9294
非ポリマー1,8285
水79344
1
A: Glucocorticoid receptor
H: Transcriptional Intermediary Factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2464
ポリマ－31,4652
非ポリマー7822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12990 Å2
手法PISA
2
B: Glucocorticoid receptor
D: Transcriptional Intermediary Factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5115
ポリマ－31,4652
非ポリマー1,0463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.597, 127.597, 78.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 29985.844 Da / 分子数: 2 / 変異: F602Y, C638G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal 6XHis-GST tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRL, NR3C1, PGR / プラスミド: pHis GST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04150
#2: タンパク質・ペプチド Transcriptional Intermediary Factor 2


分子量: 1478.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Purchased / 参照: UniProt: Q15596*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-JZS / N-[(1R)-2-amino-1-methyl-2-oxoethyl]-3-(6-methyl-4-{[3,3,3-trifluoro-2-hydroxy-2-(trifluoromethyl)propyl]amino}-1H-indazol-1-yl)benzamide / Nα-[3-[4-[2-ヒドロキシ-2-(トリフルオロメチル)-3,3,3-トリフルオロプロピル(以下略)


分子量: 517.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21F6N5O3 / 詳細: Medicinal Chemistry
#4: 糖 ChemComp-JZR / hexyl beta-D-glucopyranoside / hexyl beta-D-glucoside / hexyl D-glucoside / hexyl glucoside / ヘキシルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 264.315 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 41085 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Χ2: 2.343 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.8-1.861.8115920.875187.8
1.86-1.941.9128735.876197.80.769
1.94-2.032128281.378197.50.564
2.03-2.132128504.228197.50.423
2.13-2.272129064.991197.60.305
2.27-2.442127711.1091970.11
2.44-2.692127391.264196.80.069
2.69-3.082126181.07196.10.037
3.08-3.882.1125941.258195.10.023
3.88-502.1117161.2491890.017

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.34 Å19.85 Å
Translation2.34 Å19.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.261 / WRfactor Rwork: 0.216 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.696 / SU B: 16.499 / SU ML: 0.221 / SU R Cruickshank DPI: 0.221 / SU Rfree: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 2889 7 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.214 41085 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.39 Å2 / Biso mean: 58.659 Å2 / Biso min: 30.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.01 Å2-2.01 Å20 Å2
2---4.01 Å20 Å2
3---6.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4182 0 126 44 4352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1972.0046004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14837267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6755519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92223.804184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16515771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.091524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.21045
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1640.22983
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.22169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.22171
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1630.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3481.52700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0531.51048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.58324214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7432025
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1264.51790
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 200 -
Rwork0.316 2831 -
all-3031 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.72-0.5824-0.93835.05370.04831.2508-0.0861-0.1831-0.7369-0.0025-0.0742-0.49370.0067-0.04340.1603-0.2139-0.03130.0545-0.2275-0.0421-0.2886-24.705834.906217.7335
25.41080.2488-0.78336.7692-1.11081.5253-0.0666-0.1526-0.5541-0.0917-0.0671-0.4154-0.00960.08210.1337-0.27330.00290.0131-0.21260.0719-0.2622-13.629840.281-18.3109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 1000
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 1000

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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