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- PDB-3k0s: Crystal structure of E.coli DNA mismatch repair protein MutS, D69... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k0s
タイトルCrystal structure of E.coli DNA mismatch repair protein MutS, D693N mutant, in complex with GT mismatched DNA
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*C*AP*CP*T*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3'
  • DNA mismatch repair protein mutS
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Magnesium mutant / DNA repair protein / Protein-DNA complex / ATP-binding / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / Nucleotide-binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ADP binding / damaged DNA binding ...adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ADP binding / damaged DNA binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal ...MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein MutS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Reumer, G.A. / Winterwerp, H.H.K. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Magnesium coordination controls the molecular switch function of DNA mismatch repair protein MutS.
著者: Lebbink, J.H. / Fish, A. / Reumer, A. / Natrajan, G. / Winterwerp, H.H. / Sixma, T.K.
履歴
登録2009年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein mutS
B: DNA mismatch repair protein mutS
E: 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*C*AP*CP*T*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,8365
ポリマ－197,4094
非ポリマー4271
水13,854769
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11390 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area68940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.604, 90.791, 261.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological unit is the same as asymmetric unit. The word "tetrameric" in remark 350 is incorrect as it is only a chain count.

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要素

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein mutS


分子量: 89472.172 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-800 / 変異: D693N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Original plasmid pMQ372 from M. Marinus / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2733, fdv, JW2703, mutS / プラスミド: pET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P23909
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*T)-3'


分子量: 9184.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*C*AP*CP*T*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3'


分子量: 9279.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 11% PEG 6000, 750mM NaCl, 25mM Hepes, 10mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2NaCl11
3Hepes11
4MgCl211
5PEG 600012
6NaCl12
7Hepes12
8MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月25日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→89.44 Å / Num. obs: 104793 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.2-2.324.40.441.20.44195.6
2.32-2.464.50.3072.50.307195.5
2.46-2.634.50.2133.50.213195.3
2.63-2.844.40.1494.80.149195.1
2.84-3.114.40.10270.102196
3.11-3.484.40.0719.30.071197.6
3.48-4.024.40.0639.70.063199.1
4.02-4.924.30.0757.70.075199
4.92-6.964.20.05510.20.055196.9
6.96-89.444.30.03814.10.038196.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.4_161精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MxCuBEデータ収集
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
SCALA3.3.1データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1E3M

1e3m


解像度: 2.2→45.129 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 25.87 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 5061 5.02 %
Rwork0.1847 --
obs0.1878 100764 92.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.584 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.448 Å20 Å2-0 Å2
2--11.9534 Å20 Å2
3----7.5054 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12151 714 27 769 13661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713190
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08918006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3415007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682045
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042226
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.27860.34254770.26628606X-RAY DIFFRACTION84
2.2786-2.36990.30964360.23368886X-RAY DIFFRACTION87
2.3699-2.47770.28685120.20839031X-RAY DIFFRACTION89
2.4777-2.60830.30484780.20189311X-RAY DIFFRACTION90
2.6083-2.77170.28094930.20069450X-RAY DIFFRACTION92
2.7717-2.98570.2664890.20329637X-RAY DIFFRACTION93
2.9857-3.28610.2715240.18929873X-RAY DIFFRACTION96
3.2861-3.76140.23825560.171510177X-RAY DIFFRACTION98
3.7614-4.73810.20884990.145510367X-RAY DIFFRACTION99
4.7381-45.13850.19615970.16910365X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33130.2429-0.20920.6926-0.55830.3627-0.05570.00870.0021-0.05380.1768-0.00060.0901-0.0969-0.08730.2247-0.00540.03870.3338-0.02360.130339.364110.192434.2356
23.58170.8363-0.14071.3865-0.23960.65050.0239-0.10240.0245-0.14780.0373-0.19860.0081-0.1349-0.04750.10080.01710.02780.120.00230.105813.94189.21619.9295
31.3864-0.33250.68651.6188-0.91371.3629-0.0322-0.45470.10290.34710.18140.2304-0.1504-0.1349-0.15190.15340.03630.11080.30870.02320.17521.606217.883538.7924
41.3735-0.14330.46941.6676-0.35390.27120.0467-0.07640.00520.18460.18460.1180.2384-0.6975-0.21820.4044-0.03490.00180.47310.04330.094441.279514.604776.2532
50.5275-0.27790.48280.9692-0.67820.6859-0.0295-0.1518-0.0270.00250.18870.2974-0.0071-0.0845-0.1370.0948-0.03460.03050.1997-0.0010.1633-3.522327.281920.1411
61.22040.356-0.5130.335-0.53070.87610.06760.11440.16780.05850.17850.18020.0243-0.17340.05370.1167-0.0157-0.05960.18190.05560.2363-4.350747.4649-3.582
75.49931.57461.96370.62170.57520.87250.9424-1.139-0.71480.5846-0.49830.1450.8068-0.6405-0.37960.7594-0.3349-0.11190.7723-0.02120.518827.078240.876242.5191
80.98820.4236-0.50073.0314-0.62633.4420.1506-0.10960.03310.0506-0.04480.3132-0.1584-0.2991-0.0830.17980.011-0.02440.3057-0.0540.148232.223661.49528.6158
91.01320.15311.17080.6212-0.33412.48060.08740.0460.0224-0.0463-0.0788-0.10070.31780.4247-0.02470.11750.0942-0.01230.2764-0.10130.113149.362550.438916.0977
10-0.00970.2490.19220.4717-0.82181.6309-0.0081-0.0844-0.03260.0572-0.1875-0.03910.03470.21340.15970.25860.04570.02640.62540.00890.24263.996828.085856.9753
111.21240.50241.22460.225-0.09451.61490.16090.15510.0227-0.03390.00690.02610.24920.3977-0.14020.14680.0977-0.03290.2015-0.10820.198437.489151.1746-0.6735
122.29460.49420.03130.81540.4140.7663-0.0410.05230.0662-0.06640.0854-0.07980.0034-0.0892-0.03070.1517-0.0099-0.07430.12510.00840.157912.989147.8521-10.996
130.9139-0.2221.07271.9754-1.20442.01540.0960.1352-0.11750.6928-0.1754-0.37280.05250.20670.05960.29990.0344-0.09290.3612-0.06790.231750.538213.481350.0646
140.8112-0.31110.34221.0382-0.82060.9685-0.2871-0.2996-0.1270.48140.1031-0.0449-0.0551-0.04980.16770.46540.0988-0.00130.4566-0.10210.185148.043115.313752.279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:109)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 110:259)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 260:442)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 443:514)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 515:697)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 698:800)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 13:86)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 87:260)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 261:422)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 423:531)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 532:659)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 668:800)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain E and resid 1:18)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain F and resid 14:30)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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