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- PDB-3jyo: Quinate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jyo
タイトルQuinate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum in complex with NAD
要素Quinate/shikimate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme-cofactor complex / Amino-acid biosynthesis / Aromatic amino acid biosynthesis / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate/shikimate dehydrogenase (NAD+) / quinate 3-dehydrogenase (NAD+) activity / shikimate 3-dehydrogenase (NAD+) activity / shikimate metabolic process / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / NAD+ binding / amino acid biosynthetic process ...quinate/shikimate dehydrogenase (NAD+) / quinate 3-dehydrogenase (NAD+) activity / shikimate 3-dehydrogenase (NAD+) activity / shikimate metabolic process / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / NAD+ binding / amino acid biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Quinate/shikimate dehydrogenase (NAD(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Hoeppner, A. / Niefind, K. / Schomburg, D.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Enzyme-substrate complexes of the quinate/shikimate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum enable new insights in substrate and cofactor binding, specificity, and discrimination.
著者: Hoppner, A. / Schomburg, D. / Niefind, K.
履歴
登録2009年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 1.32013年10月23日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quinate/shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3882
ポリマ－29,7251
非ポリマー6631
水7,945441
1
A: Quinate/shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Quinate/shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7764
ポリマ－59,4492
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.45, 63.28, 36.34
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-551-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Quinate/shikimate dehydrogenase / NAD(+)-dependent quinate dehydrogenase / QDH / CglQDH


分子量: 29724.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: ATCC13032 / 遺伝子: aroE, cg0504, Cgl0424 / プラスミド: pNHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9X5C9, quinate/shikimate dehydrogenase (NAD+), 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 1.6 M tri-sodium citrate, 0 up to 62.5 mM cobalt chloride, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8423 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→10 Å / Num. all: 147745 / Num. obs: 137551 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 14795 / Rsym value: 0.615 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2nlo

2nlo


解像度: 1→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.604 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19421 6770 5 %Random
Rwork0.16326 ---
all0.16482 147745 --
obs0.16482 137551 93.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2075 0 44 441 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.021482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7641.9893221
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.39333656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9285321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56424.84597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.67315376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5131515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.21603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3530.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.75961939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.1186627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.05692444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8366908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6899777
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.07534542
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.913441
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.61233772
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
1-1.040.6158011X-RAY DIFFRACTION2085.9
1.04-1.080.515X-RAY DIFFRACTION2094.7
1.08-1.130.339X-RAY DIFFRACTION2097.7
1.13-1.190.251X-RAY DIFFRACTION2097.8
1.19-1.260.194X-RAY DIFFRACTION2097.2
1.26-1.360.142X-RAY DIFFRACTION2096.5
1.36-1.490.102X-RAY DIFFRACTION2095.5
1.49-1.710.064X-RAY DIFFRACTION2094.1
1.71-2.150.046X-RAY DIFFRACTION2091.9
2.15-100.052X-RAY DIFFRACTION2080.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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