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- PDB-3jy1: Bacillus cereus Alkylpurine DNA Glycosylase AlkD Bound to DNA Con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jy1
タイトルBacillus cereus Alkylpurine DNA Glycosylase AlkD Bound to DNA Containing an Abasic Site (across from C)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*(3DR)P*GP*GP*CP*TP*T)-3')
  • alkylpurine DNA glycosylase AlkD
キーワードhydrolase/DNA / HEAT repeat / DNA binding / DNA glycosylase / DNA alkylation / lyase-DNA COMPLEX / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Leucine-rich Repeat Variant - #90 / DNA alkylation repair enzyme / DNA alkylation repair enzyme / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA alkylation repair protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.754 Å
データ登録者Rubinson, E.H. / Eichman, B.F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: An unprecedented nucleic acid capture mechanism for excision of DNA damage.
著者: Rubinson, E.H. / Gowda, A.S. / Spratt, T.E. / Gold, B. / Eichman, B.F.
履歴
登録2009年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alkylpurine DNA glycosylase AlkD
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*(3DR)P*GP*GP*CP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0093
ポリマ－33,0093
非ポリマー00
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.125, 57.493, 54.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 alkylpurine DNA glycosylase AlkD


分子量: 27067.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: AlkD, BC_4913 / プラスミド: pBG103 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: Q816E8
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*(3DR)P*GP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 2982.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 2958.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: .1 M BisTris pH 6.5 .075 M NaCl, 20% PEG 3350, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→41.1 Å / Num. all: 31466 / Num. obs: 29043 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2056 / Rsym value: 0.351 / % possible all: 65.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3BVS

3bvs


解像度: 1.754→41.1 Å / SU ML: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2041 1452 5.01 %random
Rwork0.1831 ---
all0.2089 31499 --
obs0.1842 28987 91.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.709 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.754→41.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1889 393 0 221 2503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9973314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.823900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7536-1.81630.2706940.21851909X-RAY DIFFRACTION64
1.8163-1.8890.2371930.2252301X-RAY DIFFRACTION77
1.889-1.9750.26921450.23272561X-RAY DIFFRACTION86
1.975-2.07910.26251490.21852858X-RAY DIFFRACTION95
2.0791-2.20940.24061570.19732961X-RAY DIFFRACTION100
2.2094-2.380.24241540.18052980X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.61940.22621600.17832991X-RAY DIFFRACTION100
2.6194-2.99840.21221610.18962981X-RAY DIFFRACTION100
2.9984-3.77720.18381630.16692986X-RAY DIFFRACTION100
3.7772-41.15460.17171760.16743007X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.83910.0203-0.26971.0270.11190.6366-0.00940.0159-0.00140.00670.00030.12860.0014-0.09460.0050.2310.0078-0.01880.23730.02060.25175.9146-17.4539-5.4059
2-0.01540.4843-0.35831.49980.57591.4076-0.04950.3564-0.11460.524-0.29550.43650.2474-0.40560.26290.37680.0148-0.00990.3911-0.03530.6024
32.0901-1.0325-0.39440.16060.088-0.15880.130.58480.01140.2573-0.31220.77740.1849-0.0720.16970.23680.0685-0.10070.4279-0.01240.62
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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