PDB-3jxj: Crystal structure of the chicken TRPV4 ankyrin repeat domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jxj

タイトル

Crystal structure of the chicken TRPV4 ankyrin repeat domain

要素

Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ankyrin repeats / ANK repeat / Ion transport / Ionic channel / Receptor / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

osmosensory signaling pathway / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol binding / adherens junction / calcium channel activity / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis / calmodulin binding / apical plasma membrane / lipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Phelps, C.B. / Choo, S.S. / Gaudet, R.

引用

ジャーナル: Nat.Genet. / 年: 2010
タイトル: Mutations in TRPV4 cause Charcot-Marie-Tooth disease type 2C.
著者: Landoure, G. / Zdebik, A.A. / Martinez, T.L. / Burnett, B.G. / Stanescu, H.C. / Inada, H. / Shi, Y. / Taye, A.A. / Kong, L. / Munns, C.H. / Choo, S.S. / Phelps, C.B. / Paudel, R. / Houlden, H. ...

履歴

登録	2009年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2024年3月20日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jxj.cif.gz	109.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jxj.ent.gz	86.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3jxj_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3jxj_full_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示
XML形式データ	3jxj_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	3jxj_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/3jxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/3jxj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jxiSC 2etb 2pnn 2rfa S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vyu-1 4px7-d 4cmm-d 5y5n-d 6i9k-d 3w9g-3 1vyv-1 2vlo-d 3ajb-d 1klc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (3) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

B: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

ヘテロ分子

59.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.771, 77.333, 186.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein 分子量: 29478.891 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 133-382, ankyrin repeat domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TRPV4, VR-OAC / プラスミド: pET21-C6H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9DFS3, UniProt: A0A1D5PXA5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#1: タンパク質

Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

分子量: 29478.891 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 133-382, ankyrin repeat domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TRPV4, VR-OAC / プラスミド: pET21-C6H / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9DFS3, UniProt: A0A1D5PXA5*PLUS

#2: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.025 M KH2PO4, 7% MPD, 7% PEG8000, and 5 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月14日 / 詳細: osmic mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 14247 / % possible obs: 80.6 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.135 / Χ²: 1.477 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.9	3.1	0.172	510	0.908	1	30.1
2.9-3.02	3.2	0.184	742	0.94	1	42.3
3.02-3.15	3.2	0.205	1035	1.173	1	59.8
3.15-3.32	3.6	0.221	1377	1.238	1	79.9
3.32-3.53	4.5	0.248	1609	1.689	1	92.2
3.53-3.8	5.6	0.244	1714	1.728	1	97.7
3.8-4.18	7.3	0.204	1751	1.802	1	99.9
4.18-4.78	8.1	0.155	1798	1.634	1	99.8
4.78-6.02	8.2	0.146	1806	1.253	1	100
6.02-30	8.1	0.078	1905	1.266	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0070	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: TRPV4-ARD (3jxi)

3jxi

解像度: 2.8→29.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 53.486 / SU ML: 0.451 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.501
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.298	710	5 %	RANDOM
R_work	0.262	-	-	-
obs	0.264	14136	79.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.56 Å² / B_iso mean: 45.556 Å² / B_iso min: 21.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3999	0	10	0	4009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.079	1.969	5557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.804	3	6924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.291	5	515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.839	23.177	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.149	15	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.205	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	4559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.448	1.5	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.067	1.5	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.877	2	4074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.314	3	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.342	4.5	1477

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	15	-
R_work	0.295	328	-
all	-	343	-
obs	-	-	26.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5558	-3.0561	1.2867	8.0935	2.4792	12.1752	0.3556	-0.6887	0.1611	0.6993	-0.2721	0.1238	-0.224	-0.1572	-0.0836	0.2923	-0.1529	0.0965	0.1835	-0.024	0.047	27.918	9.537	78.246
2	7.7304	-0.8516	-2.6038	3.8959	2.2159	10.3234	0.1981	-0.2654	0.0192	-0.0413	-0.3052	0.359	0.1352	-0.5672	0.1071	0.2011	-0.0844	-0.0083	0.2078	0.0325	0.0969	29.532	7.768	66.522
3	13.0084	-1.9147	-1.3076	5.1681	1.7158	9.0512	-0.3027	0.3272	-0.9097	-0.0179	0.0251	-0.1743	0.9259	-0.3554	0.2777	0.2507	-0.1371	0.0689	0.2736	0.0084	0.1125	35.941	2.902	56.689
4	5.8414	-0.0191	3.0476	6.4039	0.7307	9.5394	-0.1481	-0.0344	-0.7006	0.2501	-0.3942	0.1173	1.1664	-0.9422	0.5423	0.3784	-0.0798	0.184	0.459	-0.1089	0.1915	37.245	-2.171	39.638
5	3.3282	1.4711	-1.2413	1.3723	1.5664	6.665	0.1178	0.0265	0.2486	-0.0143	-0.2003	0.1812	-0.2788	-0.5915	0.0825	0.3187	0.0732	0.0592	0.3544	0.1267	0.2491	40.724	5.389	32.086
6	3.9352	3.1794	1.4408	8.5447	-0.5703	11.4373	-0.1828	0.4963	0.2407	-0.7809	0.2867	0.158	0.5549	-0.0896	-0.1039	0.2737	-0.1094	0.0062	0.1967	0.0135	0.0485	19.83	11.919	-23.306
7	6.5874	1.3956	0.002	3.071	-1.7349	7.6888	0.061	0.0244	-0.0312	-0.2131	-0.1178	-0.0245	0.4152	0.0103	0.0567	0.3474	-0.0792	0.0151	0.1188	-0.0239	0.1232	18.212	9.362	-11.732
8	10.6952	1.9364	-3.0266	5.4308	-1.7592	9.1294	-0.3595	0.1721	-0.4766	-0.1873	0.1074	-0.0883	0.5066	0.0044	0.2521	0.133	-0.0047	0.0014	0.1087	-0.0105	0.0882	13.912	6.641	-2.127
9	2.0613	0.293	-1.038	7.3817	1.4313	6.4907	-0.4469	-0.1487	-0.4247	0.2302	0.339	0.0661	1.0076	0.4942	0.108	0.2428	0.099	0.0741	0.243	0.0869	0.2424	9.601	-2.228	14.082
10	4.2694	-0.7188	-0.3241	2.035	-2.9708	7.3033	0.0328	-0.1945	0.1078	0.1094	-0.1109	-0.209	0.1642	0.2948	0.0781	0.315	0.0377	0.0714	0.2007	0.0067	0.1894	7	4.702	22.379
11	6.8446	0.1087	-4.2993	4.0255	0.6561	9.0584	0.3009	0.5494	0.2163	-0.0507	-0.1767	0.3687	-0.4231	-1.2819	-0.1242	0.2463	0.0262	0.0918	0.4397	0.0092	0.1627	32.69	9.051	47.329
12	7.901	2	-2.4276	1.5513	0.4794	9.9446	-0.1658	-0.2995	0.0875	-0.0183	0.2768	-0.2168	-0.1609	0.729	-0.1109	0.3075	0.075	0.0412	0.1781	-0.0241	0.1439	15.448	9.111	7.499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	133 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	176 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	223 - 269
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	306 - 334
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	335 - 391
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	133 - 175
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	176 - 222
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	223 - 269
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	306 - 334
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	335 - 391
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	270 - 305
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	270 - 305

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)