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- PDB-3jx8: Crystal structure of Putative lipid binding protein (YP_001304415... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jx8
タイトルCrystal structure of Putative lipid binding protein (YP_001304415.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.16 A resolution
要素Putative lipoprotein
キーワードCELL ADHESION / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Lipoprotein / Adhesin
機能・相同性Pectate Lyase C-like - #120 / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta / Putative lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides distasonis ATCC 8503 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative lipid binding protein (YP_001304415.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.16 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative lipoprotein
B: Putative lipoprotein
C: Putative lipoprotein
D: Putative lipoprotein
E: Putative lipoprotein
F: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,71547
ポリマ－162,9176
非ポリマー3,79941
水31,1121727
1
A: Putative lipoprotein
B: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,84619
ポリマ－54,3062
非ポリマー1,54117
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area20830 Å2
手法PISA
2
C: Putative lipoprotein
D: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,43514
ポリマ－54,3062
非ポリマー1,12912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA
3
E: Putative lipoprotein
F: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,43514
ポリマ－54,3062
非ポリマー1,12912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.880, 201.880, 202.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A24 - 269
2116B24 - 269
3116C24 - 269
4116D24 - 269
5116E24 - 269
6116F24 - 269

-
要素

#1: タンパク質
Putative lipoprotein / Putative lipid binding protein


分子量: 27152.803 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis ATCC 8503 (バクテリア)
株: ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC 11152 / 遺伝子: BDI_3087, YP_001304415.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6LGH9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 21-269) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 21-269) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
16.3980.76THE STRUCTURE WAS PHASED BY MAD METHOD AT 2.31 A RESOLUTION AND REFINED AT 2.16 A RESOLUTION AGAINST A DATASET COLLECTED FROM A DIFFERENT CRYSTAL.
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法82.30M ammonium sulfate, 0.1M Bicine pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.292.50M ammonium sulfate, 0.1M Bicine pH 8.29, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.97886
シンクロトロンSSRL BL11-120.97886,0.91837
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2009年7月8日Flat mirror (vertical focusing)
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2009年7月8日Flat mirror (vertical focusing)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978861
20.918371
反射解像度: 2.16→49.207 Å / Num. obs: 217900 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.76 % / Biso Wilson estimate: 37.203 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.91
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.16-2.310.7092.02149443395051,291.5
2.31-2.40.5362.672381190441,297.5
2.4-2.510.4283.274990197471,297.7
2.51-2.640.3354.173412193301,297.8
2.64-2.810.2325.676839202711,298
2.81-3.020.157.772642191991,298.1
3.02-3.330.09510.976577203131,298.3
3.33-3.810.05316.873860198471,298.1
3.81-4.780.0420.573129198361,298.3
4.78-49.2070.04521.475161208081,297.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.16→49.207 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 7.057 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.118
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. SULFATE (SO4), CHLORIDE (CL) AND GLYCEROL (GOL) MODELED ARE PRESENT IN CRYSTLLIZATION/CRYO CONDITIONS. 5. RAMACHANDRAN OUTLIERS (RESIDUES 186 AND 225) ARE SUPPORTED BY WELL DEFINED DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 10941 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 217881 97.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.85 Å2 / Biso mean: 30.091 Å2 / Biso min: 11.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→49.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11166 0 221 1727 13114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02211677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.98815745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.911319549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.75951526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.99926490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.592152109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7961544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6971.57405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1811.53092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.455211949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.97434272
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.94.53774
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3024 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.175
2BLOOSE POSITIONAL0.175
3CLOOSE POSITIONAL0.155
4DLOOSE POSITIONAL0.225
5ELOOSE POSITIONAL0.195
6FLOOSE POSITIONAL0.245
1ALOOSE THERMAL1.0710
2BLOOSE THERMAL2.1910
3CLOOSE THERMAL1.7510
4DLOOSE THERMAL2.2210
5ELOOSE THERMAL2.6410
6FLOOSE THERMAL0.9410
LS精密化 シェル解像度: 2.157→2.213 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 808 -
Rwork0.304 14663 -
all-15471 -
obs--94.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8712-0.37760.57110.6487-0.36950.60810.07070.0874-0.0919-0.12440.0210.05120.15130.011-0.09170.0581-0.0071-0.02410.0726-0.02020.0193-26.518367.342617.3999
20.3905-0.19040.34310.5207-0.29820.6275-0.01490.01260.0070.03730.0395-0.0192-0.0031-0.0081-0.02450.0040.0012-0.00360.0323-0.00130.005-6.789184.271136.9064
30.9032-0.6094-0.38360.57410.33960.48780.05520.06780.0895-0.1129-0.0951-0.0546-0.0653-0.01660.040.04930.0310.01630.02930.01470.063523.993443.242727.2729
40.5014-0.5513-0.27180.95080.39720.4832-0.0943-0.12930.05160.05850.0625-0.09990.00360.08410.03180.0280.0296-0.00870.0583-0.00270.056643.505423.822144.2413
50.55210.17580.37290.51630.4790.82150.0545-0.00650.0197-0.0203-0.02870.0138-0.02670.0003-0.02580.0269-0.01090.01030.01-0.0070.008616.836894.021515.9752
60.5840.33610.29950.79380.44380.57370.02880.1211-0.0529-0.10230.0705-0.0839-0.01910.1672-0.09920.05130.00230.01890.0664-0.03380.025233.738474.3405-3.4919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2B23 - 269
3X-RAY DIFFRACTION3C23 - 269
4X-RAY DIFFRACTION4D24 - 269
5X-RAY DIFFRACTION5E23 - 269
6X-RAY DIFFRACTION6F23 - 269

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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