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Yorodumi- PDB-3jx8: Crystal structure of Putative lipid binding protein (YP_001304415... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3jx8 | ||||||
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Title | Crystal structure of Putative lipid binding protein (YP_001304415.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.16 A resolution | ||||||
Components | Putative lipoprotein | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Lipoprotein / Adhesin | ||||||
Function / homology | Pectate Lyase C-like - #120 / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta / Putative lipoprotein Function and homology information | ||||||
Biological species | Parabacteroides distasonis ATCC 8503 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.16 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Putative lipid binding protein (YP_001304415.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.16 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3jx8.cif.gz | 331.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3jx8.ent.gz | 271.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3jx8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3jx8_validation.pdf.gz | 500.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3jx8_full_validation.pdf.gz | 508.9 KB | Display | |
Data in XML | 3jx8_validation.xml.gz | 72.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3jx8_validation.cif.gz | 106.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/3jx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/3jx8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 27152.803 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Parabacteroides distasonis ATCC 8503 (bacteria) Strain: ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC 11152 / Gene: BDI_3087, YP_001304415.1 / Plasmid: SpeedET / Production host: Escherichia Coli (E. coli) / Strain (production host): HK100 / References: UniProt: A6LGH9 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE CONSTRUCT (RESIDUES 21-269) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 21-269) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal |
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Crystal grow |
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.16→49.207 Å / Num. obs: 217900 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.76 % / Biso Wilson estimate: 37.203 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.91 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.16→49.207 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 7.057 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.118 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. SULFATE (SO4), CHLORIDE (CL) AND GLYCEROL (GOL) MODELED ARE PRESENT IN CRYSTLLIZATION/CRYO CONDITIONS. 5. RAMACHANDRAN OUTLIERS (RESIDUES 186 AND 225) ARE SUPPORTED BY WELL DEFINED DENSITY.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.85 Å2 / Biso mean: 30.091 Å2 / Biso min: 11.68 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.16→49.207 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 3024 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.157→2.213 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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