PDB-3jwq: Crystal structure of chimeric PDE5/PDE6 catalytic domain complexe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jwq

タイトル

Crystal structure of chimeric PDE5/PDE6 catalytic domain complexed with sildenafil

要素

cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera

キーワード

HYDROLASE / mostly alpha / Allosteric enzyme / cGMP / cGMP-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Cell membrane / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Prenylation / Sensory transduction / Vision

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of oocyte development / retinal cone cell development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of cardiac muscle contraction / oocyte development / RHOBTB1 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Barren, B. / Gakhar, L. / Muradov, H. / Boyd, K.K. / Ramaswamy, S. / Artemyev, N.O.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of phosphodiesterase 6 inhibition by the C-terminal region of the gamma-subunit
著者: Barren, B. / Gakhar, L. / Muradov, H. / Boyd, K.K. / Ramaswamy, S. / Artemyev, N.O.

履歴

登録	2009年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年8月16日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jwq.cif.gz	268 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jwq.ent.gz	218.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3jwq_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3jwq_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	3jwq_validation.xml.gz	47.6 KB	表示
CIF形式データ	3jwq_validation.cif.gz	63.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/3jwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/3jwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jwrC 2h42S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2chm-d 4lm1-2 1tbf-d 1xp0-d 3kkt-2 3uuo-2 3wd9-2 3ui7-2 2ouu-2 3wd9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (17) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera

B: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera

C: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera

D: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera

ヘテロ分子

155 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera

ヘテロ分子

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38.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.732, 109.825, 199.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	SER	SER	1	A	A	537 - 663	7 - 133
2	1	THR	THR	SER	SER	1	B	B	537 - 663	7 - 133
3	1	THR	THR	SER	SER	1	C	C	537 - 663	7 - 133
4	1	THR	THR	SER	SER	1	D	D	537 - 663	7 - 133
1	2	TYR	TYR	HIS	HIS	4	A	A	664 - 678	134 - 148
2	2	TYR	TYR	HIS	HIS	4	B	B	664 - 678	134 - 148
3	2	TYR	TYR	HIS	HIS	4	C	C	664 - 678	134 - 148
4	2	TYR	TYR	HIS	HIS	4	D	D	664 - 678	134 - 148
1	3	SER	SER	TRP	TRP	1	A	A	679 - 787	149 - 257
2	3	SER	SER	TRP	TRP	1	B	B	679 - 787	149 - 257
3	3	SER	SER	TRP	TRP	1	C	C	679 - 787	149 - 257
4	3	SER	SER	TRP	TRP	1	D	D	679 - 787	149 - 257
1	4	GLU	GLU	LYS	LYS	4	A	A	788 - 815	258 - 285
2	4	GLU	GLU	LYS	LYS	4	B	B	788 - 815	258 - 285
3	4	GLU	GLU	LYS	LYS	4	C	C	788 - 815	258 - 285
4	4	GLU	GLU	LYS	LYS	4	D	D	788 - 815	258 - 285
1	5	LEU	LEU	GLN	GLN	1	A	A	816 - 859	286 - 329
2	5	LEU	LEU	GLN	GLN	1	B	B	816 - 859	286 - 329
3	5	LEU	LEU	GLN	GLN	1	C	C	816 - 859	286 - 329
4	5	LEU	LEU	GLN	GLN	1	D	D	816 - 859	286 - 329

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera / cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE / cGMP phosphodiesterase 6C 分子量: 38282.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE5A, PDE5, PDE6C, PDEA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O76074, UniProt: P51160, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-VIA / 5-{2-ETHOXY-5-[(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-1-METHYL-3-PROPYL-1H,6H,7H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-7-ONE / SILDENAFIL / VIAGRA / シルデナフィル分子量: 474.576 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₀N₆O₄S / コメント: 薬剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, 200 mM MgSO4, 12% PEG-3350, 2.5% ethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月23日
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→29.8 Å / Num. all: 31941 / Num. obs: 31941 / % possible obs: 86.68 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.873→2.947 Å / % possible all: 72.34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2H42

2h42

解像度: 2.87→23.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 35.246 / SU ML: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.489 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27528	1655	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22337	-	-	-
all	0.22588	31941	-	-
obs	0.22588	31941	86.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.415 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.87→23.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10570	0	140	13	10723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	10931
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.512	1.966	14797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.51	5	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.51	24.618	537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.705	15	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.846	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.433	1.5	6494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.961	2	10492
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.688	3	4437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.953	4.5	4305
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1016	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	B	1016	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	C	1016	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	D	1016	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	1016	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
1	B	1016	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	C	1016	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
1	D	1016	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
2	A	130	MEDIUM POSITIONAL	0.58	0.5
2	B	130	MEDIUM POSITIONAL	0.52	0.5
2	C	130	MEDIUM POSITIONAL	0.78	0.5
2	D	130	MEDIUM POSITIONAL	0.63	0.5
2	A	130	MEDIUM THERMAL	0.72	2
2	B	130	MEDIUM THERMAL	0.78	2
2	C	130	MEDIUM THERMAL	0.73	2
2	D	130	MEDIUM THERMAL	0.58	2
3	A	892	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	B	892	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
3	C	892	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	D	892	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	A	892	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
3	B	892	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
3	C	892	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
3	D	892	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
4	A	233	MEDIUM POSITIONAL	0.66	0.5
4	B	233	MEDIUM POSITIONAL	0.74	0.5
4	C	233	MEDIUM POSITIONAL	0.73	0.5
4	D	233	MEDIUM POSITIONAL	0.88	0.5
4	A	233	MEDIUM THERMAL	0.7	2
4	B	233	MEDIUM THERMAL	0.75	2
4	C	233	MEDIUM THERMAL	0.82	2
4	D	233	MEDIUM THERMAL	0.81	2
5	A	358	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
5	B	358	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
5	C	358	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
5	D	358	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
5	A	358	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
5	B	358	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
5	C	358	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
5	D	358	TIGHT THERMAL	0.1	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.873→2.947 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.449	102	-
R_work	0.378	1927	-
obs	-	-	72.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9166	-1.3504	-0.2225	2.7472	-0.1721	1.4639	0.0002	-0.0678	-0.1105	-0.1009	-0.0229	0.1671	0.0658	-0.239	0.0226	0.081	-0.0258	-0.0204	0.156	-0.0255	0.0747	-24.981	-21.141	33.168
2	1.7679	-0.3567	0.3556	1.4506	0.164	0.6162	0.0254	-0.1339	-0.0287	0.1713	0.0031	-0.1267	-0.02	0.0346	-0.0285	0.125	-0.019	-0.0164	0.1437	-0.0317	0.0868	-10.188	-22.009	39.962
3	3.3394	0.1727	2.4626	11.0443	0.0475	4.4546	0.0733	-0.0845	0.6892	0.7444	-0.1962	-0.3259	-0.1398	0.2733	0.123	0.2329	-0.1513	0.048	0.3396	-0.0424	0.3393	27.351	-13.134	15.575
4	1.6661	-0.1246	-0.2702	2.6241	0.5579	1.6283	-0.0123	-0.0579	-0.0581	0.0197	0.053	-0.0223	0.0153	0.0538	-0.0407	0.0743	0.0136	0.0102	0.1948	-0.0037	0.0769	15.957	-29.091	14.63
5	1.1151	0.475	1.4539	54.1611	16.2314	6.4561	0.1967	-0.4277	-0.6594	-1.3328	0.7823	-0.9976	0.069	-0.3271	-0.979	1.2271	-0.3954	0.3711	0.3914	0.0147	1.2729	-3.467	-50.745	-16.646
6	1.7407	0.7464	0.2912	2.6638	0.2268	2.365	0.0291	0.1067	-0.4356	-0.1979	-0.0399	-0.0618	0.4758	0.001	0.0109	0.3916	0.0194	0.0225	0.1432	-0.0248	0.3868	0.303	-68.345	5.421
7	4.7574	0.0071	-0.5721	6.6342	1.6684	4.5712	-0.148	0.0678	-0.905	0.2483	0.1742	0.324	0.8209	0.1447	-0.0261	0.5469	-0.1101	0.0492	0.1705	0.1235	0.578	-22.646	-82.871	44.618
8	1.7163	0.1139	0.2205	2.4922	0.3933	2.2494	-0.011	0.2035	-0.1625	-0.058	-0.0098	0.2764	0.2684	-0.2064	0.0207	0.2468	-0.0335	-0.0384	0.1707	0.0804	0.2495	-17.518	-63.617	40.967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	536 - 695
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	696 - 859
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	536 - 565
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	566 - 859
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	533 - 539
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	540 - 859
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	536 - 590
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	591 - 859

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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