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- PDB-3jwp: Crystal structure of Plasmodium falciparum SIR2A (PF13_0152) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jwp
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum SIR2A (PF13_0152) in complex with AMP
要素Transcriptional regulatory protein sir2 homologue
キーワードTRANSCRIPTION / malaria / transcription regulation / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / histone deacetylase activity, NAD-dependent / telomere capping / chromatin silencing complex / NAD+ binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / chromosome, telomeric region / regulation of DNA-templated transcription ...Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / histone deacetylase activity, NAD-dependent / telomere capping / chromatin silencing complex / NAD+ binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / chromosome, telomeric region / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain ...Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / NAD-dependent protein deacylase Sir2A
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Senisterra, G. / Allali-Hassanali, A. / Vedadi, M. / Ravichandran, M. / Cossar, D. / Kozieradzki, I. ...Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Senisterra, G. / Allali-Hassanali, A. / Vedadi, M. / Ravichandran, M. / Cossar, D. / Kozieradzki, I. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Qiu, W. / Brand, V. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum SIR2A (PF13_0152) in complex with AMP
著者: Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Senisterra, G. / Allali-Hassanali, A. / Vedadi, M. / Ravichandran, M. / Cossar, D. / Kozieradzki, I. / Zhao, Y. / Schapira, M. / ...著者: Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Senisterra, G. / Allali-Hassanali, A. / Vedadi, M. / Ravichandran, M. / Cossar, D. / Kozieradzki, I. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Qiu, W. / Brand, V.
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulatory protein sir2 homologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1874
ポリマ－29,6241
非ポリマー5633
水543
1
A: Transcriptional regulatory protein sir2 homologue
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulatory protein sir2 homologue
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulatory protein sir2 homologue
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,56012
ポリマ－88,8713
非ポリマー1,6889
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area8410 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area29600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.564, 106.564, 44.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulatory protein sir2 homologue


分子量: 29623.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF13_0152, Sir2 / プラスミド: pet15MLH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Pet15 / 参照: UniProt: Q8IE47
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化詳細: 17 % PEG 3350, 0.1 M NaCitrate pH 5.7, 0.1 mM beta-OG, 2.6 mM AMP, 2.6 mM peptide(SGRGKacGGKacGLGKacGGAKacRHR)

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS A110.978
シンクロトロンCHESS A120.978
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2009年5月1日
ADSC QUANTUM 2102CCD2009年5月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 14.9 % / Av σ(I) over netI: 32.77 / 数: 131157 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.39 / D res high: 2.63 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 8831 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.135099.210.0481.3714.7
5.667.1310010.0561.74215.6
4.955.6610010.0561.41915.9
4.54.9510010.0541.5516
4.174.510010.0532.16616
3.934.1710010.0582.3616.2
3.733.9310010.0662.04116.1
3.573.7310010.081.68216.2
3.433.5710010.0871.53816.3
3.313.4310010.1091.24616.1
3.213.3110010.1371.19416.1
3.123.2110010.1681.16716.3
3.043.1210010.2291.02816.2
2.963.0410010.2871.02316.3
2.892.9610010.4470.97815.9
2.832.8910010.5250.91914.1
2.782.8310010.5890.91313.3
2.722.7810010.7410.86712
2.682.7299.810.8439.9
2.632.689210.8617.1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 10263 / Num. obs: 10243 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 81.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.078 / Χ2: 1.932 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.936 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 410 / Rsym value: 0.914 / Χ2: 1.283 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Adxvdata processing
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→34.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.262 / WRfactor Rwork: 0.197 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.79 / SU B: 28.57 / SU ML: 0.294 / SU R Cruickshank DPI: 1.115 / SU Rfree: 0.36 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.115 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 406 4.7 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.209 8666 --
obs0.209 8584 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.27 Å2 / Biso mean: 33.138 Å2 / Biso min: 9.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.07 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→34.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 34 3 1925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1031.9662670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8143.0013010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3895254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.06925.65269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.00115306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.986152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2851.51266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0411.5517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.53822038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7983692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3044.5632
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 33 -
Rwork0.29 582 -
all-615 -
obs-582 97.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1401-1.2886-0.25054.95071.63565.21810.07170.3141-0.7747-0.5002-0.106-0.4740.53990.29640.03430.3820.06410.11510.1997-0.04310.4113-35.7149.549-27.4797
27.29131.31450.88928.06220.60722.96630.5843-1.0524-0.20550.2846-0.59750.22410.0784-0.04720.01320.2022-0.10560.02860.4877-0.0110.1942-41.072927.4003-2.9355
33.6555-2.1811.79338.522110.32258.57930.1096-0.4142-0.21330.2480.7843-1.15940.05571.249-0.89390.4979-0.15350.1150.5060.1150.6842-26.158319.2492-13.6769
45.2706-1.68340.50595.82252.23997.9474-0.23390.063-0.0886-0.20230.3-0.8524-0.02740.1754-0.06620.2317-0.04880.08310.21510.07330.3664-31.450624.6831-20.5978
55.14882.34770.43484.23010.05150.69590.2743-0.2127-0.28870.1426-0.5077-0.14460.13010.0640.23340.2431-0.05390.01480.4287-0.02380.2671-31.505738.5751-6.6726
65.4909-0.13831.64894.69580.01735.40670.02240.353-0.011-0.46020.0473-0.2605-0.2804-0.3713-0.06980.2883-0.01140.09790.23440.06060.1984-43.026121.4643-27.5639
76.8091-0.5810.71845.272-1.04396.0772-0.1231-0.2012-1.0037-0.46020.1701-0.15730.8088-0.043-0.0470.524-0.04640.05520.1695-0.04250.4648-36.7997.6769-23.8438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 72
3X-RAY DIFFRACTION3A73 - 97
4X-RAY DIFFRACTION4A98 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5A129 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6A175 - 222
7X-RAY DIFFRACTION7A223 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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