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万見
- PDB-3jw6: Crystal structure of AcMNPV baculovirus polyhedra -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jw6
タイトルCrystal structure of AcMNPV baculovirus polyhedra
要素Polyhedrin
キーワードVIRAL PROTEIN / Jelly-roll / disulfide bond / domain swapping / Viral occlusion body
機能・相同性Polyhedrin / Polyhedrin / viral occlusion body / host cell nuclear matrix / structural molecule activity / identical protein binding / Polyhedrin
機能・相同性情報
生物種Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Coulibaly, F. / Chiu, E. / Metcalf, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The atomic structure of baculovirus polyhedra reveals the independent emergence of infectious crystals in DNA and RNA viruses
著者: Coulibaly, F. / Chiu, E. / Gutmann, S. / Rajendran, C. / Haebel, P.W. / Ikeda, K. / Mori, H. / Ward, V.K. / Schulze-Briese, C. / Metcalf, P.
履歴
登録2009年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年7月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_struct_mod_residue / software / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.src_method / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0802
ポリマ－29,0181
非ポリマー621
水1,33374
1
A: Polyhedrin
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,96224
ポリマ－348,21812
非ポリマー74512
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
Buried area56170 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area107520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.183, 103.183, 103.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

HOH

21A-309-

HOH

詳細POLYHEDRA ARE VIRUS-CONTAINING CRYSTALS, WHICH REPRESENT THE MAIN INFECTIOUS FORM OF BACULOVIRUS. THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS THE WHOLE CRYSTAL. DODECAMERS OF THE POLYHEDRIN PROTEIN ARE PUTATIVE BUILDING BLOCKS OF THE CRYSTAL, WHICH ARE GENERATED BY THE SYMMETRY OPERATIONS.

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要素

#1: タンパク質 Polyhedrin / Major occlusion protein


分子量: 29018.131 Da / 分子数: 1 / 変異: G25D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (ウイルス)
解説: Crystals were purified from Sf21 cells infected by the Autographa californica Multicapsid Nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)
Cell: Sf21 / 遺伝子: PH, P29, POLH / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04871
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.579947 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.149273 % / Mosaicity: 0.477 °
結晶化温度: 300 K / pH: 7
詳細: Natural intracellular crystals were directly purified from Sf21 cells infected by the AcMNPV baculovirus, pH 7, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月17日 / 詳細: MD2 microdiffractometer
放射モノクロメーター: SAGITALLY HORIZONTAL FOCUSSING SI(111) MERIDIONALLY VERTICAL FOCUSSING RH-COATED MIRROR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 8281 / Num. obs: 8256 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 800 / Χ2: 0.963 / % possible all: 99.1

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位相決定

位相決定手法: 多重同系置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345データ収集
BUSTER-TNT2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→18.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residue ACys132 forms a disulfide bond with residue BCys132 of symmetry molecule 4566. By symmetry, this also implies that residue BCys132 forms a disulfide bond with residue ACys132 of symmetry molecule 4566.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 811 9.84 %RANDOM
Rwork0.161 ---
all0.166 8240 --
obs0.166 8240 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 87.92 Å2 / Biso mean: 24.422 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.199 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→18.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1577 0 4 74 1655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.04
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d18.55
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.57 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 230 10 %
Rwork0.164 2069 -
all0.171 2299 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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