PDB-3jvv: Crystal Structure of P. aeruginosa PilT with bound AMP-PCP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jvv

タイトル

Crystal Structure of P. aeruginosa PilT with bound AMP-PCP

要素

Twitching mobility protein

キーワード

ATP binding protein / HEXAMERIC P-LOOP ATPASE / SECRETION ATPASE / ATP-binding / Fimbrium / Nucleotide-binding / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus retraction / type IV pilus / type IV pilus-dependent motility / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Misic, A.M. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: P. aeruginosa PilT structures with and without nucleotide reveal a dynamic type IV pilus retraction motor.
著者: Misic, A.M. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T.

履歴

登録	2009年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jvv.cif.gz	209.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jvv.ent.gz	167.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jvv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3jvv_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3jvv_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	3jvv_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	3jvv_validation.cif.gz	53 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/3jvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/3jvv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jvuC 2ewvS 2eww 2gsz S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jvu-1 6okv-d 6ojy-d 6oll-d 6ok2-d 6ojz-d 6ojx-1 6geb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Twitching mobility protein

B: Twitching mobility protein

C: Twitching mobility protein

ヘテロ分子

120 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Twitching mobility protein

B: Twitching mobility protein

C: Twitching mobility protein

ヘテロ分子

A: Twitching mobility protein

B: Twitching mobility protein

C: Twitching mobility protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
240 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.483, 119.552, 185.535
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	1 - 34
2	1	1	3	B	1 - 34
3	1	1	3	C	1 - 34
1	1	2	3	A	36 - 51
2	1	2	3	B	36 - 51
3	1	2	3	C	36 - 51
1	1	3	3	A	53 - 80
2	1	3	3	C	53 - 80
3	1	3	3	B	53 - 80
1	1	4	3	A	105 - 130
2	1	4	3	B	105 - 130
3	1	4	3	C	105 - 130
1	1	5	3	A	140 - 155
2	1	5	3	B	140 - 155
3	1	5	3	C	140 - 155
1	1	6	3	A	165 - 190
2	1	6	3	B	165 - 190
3	1	6	3	C	165 - 190
1	1	7	3	A	210 - 220
2	1	7	3	B	210 - 220
3	1	7	3	C	210 - 220
1	1	8	3	A	230 - 238
2	1	8	3	B	230 - 238
3	1	8	3	C	230 - 238
1	1	9	3	A	240 - 343
2	1	9	3	B	240 - 343
3	1	9	3	C	240 - 343

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

#1: タンパク質	Twitching mobility protein 分子量: 39414.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA103 / 遺伝子: PA0395, pilT / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P24559
#2: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE 分子量: 505.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: mother liquor: 10% PEG 6000, 0.1 M HEPES, protein buffer contains NaCl, MES, glycerol, MgCl and citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月27日 / 詳細: Bent Conical Si Mirror (Rh coated)
放射	モノクロメーター: Bent Ge111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→29.12 Å / Num. all: 33594 / Num. obs: 35387 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 68.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 32.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2445 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0067	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EWV

2ewv

解像度: 2.6→29.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 28.123 / SU ML: 0.295 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.368 / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Anisotropic B values from TLS matrices

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29136	1759	5 %	RANDOM
R_work	0.24435	-	-	-
obs	0.24667	33594	94.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.994 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7741	0	109	89	7939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.434	1.991	10756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.378	5	988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.353	23.652	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.551	15	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.02	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.801	2	4943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.401	3	7983
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.769	2	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.23	3	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	135	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	135	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	135	tight positional	0.03	0.05
2	1	A	64	tight positional	0.03	0.05
2	2	B	64	tight positional	0.02	0.05
2	3	C	64	tight positional	0.03	0.05
3	1	A	112	tight positional	0.02	0.05
3	2	B	112	tight positional	0.02	0.05
3	3	C	112	tight positional	0.02	0.05
4	1	A	104	tight positional	0.03	0.05
4	2	B	104	tight positional	0.02	0.05
4	3	C	104	tight positional	0.03	0.05
5	1	A	64	tight positional	0.03	0.05
5	2	B	64	tight positional	0.03	0.05
5	3	C	64	tight positional	0.04	0.05
6	1	A	104	tight positional	0.03	0.05
6	2	B	104	tight positional	0.03	0.05
6	3	C	104	tight positional	0.03	0.05
7	1	A	44	tight positional	0.03	0.05
7	2	B	44	tight positional	0.04	0.05
7	3	C	44	tight positional	0.03	0.05
8	1	A	36	tight positional	0.03	0.05
8	2	B	36	tight positional	0.03	0.05
8	3	C	36	tight positional	0.03	0.05
9	1	A	356	tight positional	0.03	0.05
9	2	B	356	tight positional	0.03	0.05
9	3	C	356	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	112	loose positional	0.07	5
1	2	B	112	loose positional	0.05	5
1	3	C	112	loose positional	0.1	5
2	1	A	68	loose positional	0.14	5
2	2	B	68	loose positional	0.09	5
2	3	C	68	loose positional	0.16	5
3	1	A	124	loose positional	0.1	5
3	2	B	124	loose positional	0.07	5
3	3	C	124	loose positional	0.1	5
4	1	A	91	loose positional	0.04	5
4	2	B	91	loose positional	0.03	5
4	3	C	91	loose positional	0.04	5
5	1	A	70	loose positional	0.04	5
5	2	B	70	loose positional	0.04	5
5	3	C	70	loose positional	0.06	5
6	1	A	109	loose positional	0.1	5
6	2	B	109	loose positional	0.07	5
6	3	C	109	loose positional	0.11	5
7	1	A	36	loose positional	0.09	5
7	2	B	36	loose positional	0.16	5
7	3	C	36	loose positional	0.09	5
8	1	A	26	loose positional	0.03	5
8	2	B	26	loose positional	0.03	5
8	3	C	26	loose positional	0.04	5
9	1	A	322	loose positional	0.09	5
9	2	B	322	loose positional	0.09	5
9	3	C	322	loose positional	0.09	5
1	1	A	135	tight thermal	1.79	25
1	2	B	135	tight thermal	1.58	25
1	3	C	135	tight thermal	1.42	25
2	1	A	64	tight thermal	2.17	25
2	2	B	64	tight thermal	2.2	25
2	3	C	64	tight thermal	2.01	25
3	1	A	112	tight thermal	2.33	25
3	2	B	112	tight thermal	2.83	25
3	3	C	112	tight thermal	2.52	25
4	1	A	104	tight thermal	2.45	25
4	2	B	104	tight thermal	1.74	25
4	3	C	104	tight thermal	2.56	25
5	1	A	64	tight thermal	1.68	25
5	2	B	64	tight thermal	1.83	25
5	3	C	64	tight thermal	0.83	25
6	1	A	104	tight thermal	1.9	25
6	2	B	104	tight thermal	3.46	25
6	3	C	104	tight thermal	1.96	25
7	1	A	44	tight thermal	2.05	25
7	2	B	44	tight thermal	3.26	25
7	3	C	44	tight thermal	3.93	25
8	1	A	36	tight thermal	1	25
8	2	B	36	tight thermal	1.68	25
8	3	C	36	tight thermal	1.82	25
9	1	A	356	tight thermal	3.77	25
9	2	B	356	tight thermal	2.79	25
9	3	C	356	tight thermal	4.14	25
1	1	A	112	loose thermal	2.16	50
1	2	B	112	loose thermal	1.74	50
1	3	C	112	loose thermal	1.81	50
2	1	A	68	loose thermal	2.34	50
2	2	B	68	loose thermal	2.1	50
2	3	C	68	loose thermal	2.32	50
3	1	A	124	loose thermal	2.64	50
3	2	B	124	loose thermal	2.98	50
3	3	C	124	loose thermal	2.48	50
4	1	A	91	loose thermal	2.41	50
4	2	B	91	loose thermal	2.1	50
4	3	C	91	loose thermal	2.51	50
5	1	A	70	loose thermal	2.64	50
5	2	B	70	loose thermal	2.36	50
5	3	C	70	loose thermal	1.82	50
6	1	A	109	loose thermal	2.3	50
6	2	B	109	loose thermal	3.71	50
6	3	C	109	loose thermal	2.51	50
7	1	A	36	loose thermal	2.73	50
7	2	B	36	loose thermal	3.35	50
7	3	C	36	loose thermal	4.18	50
8	1	A	26	loose thermal	1.2	50
8	2	B	26	loose thermal	1.8	50
8	3	C	26	loose thermal	1.41	50
9	1	A	322	loose thermal	4.18	50
9	2	B	322	loose thermal	2.92	50
9	3	C	322	loose thermal	4.35	50

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.664 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	126	-
R_work	0.352	2319	-
obs	-	-	90.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3417	0.1879	-1.8791	3.1458	-1.9767	9.105	-0.0509	0.2839	0.4416	-0.2921	0.4473	-0.2628	-0.1167	0.1508	-0.3964	-0.0466	-0.008	-0.0975	-0.0605	0.0331	0.0305	-7.6513	39.5613	36.0612
2	3.3437	2.8174	1.1888	2.6085	0.2041	3.1346	-0.4705	0.1173	1.009	0.0416	0.2592	-0.178	-0.7947	-0.3304	0.2113	0.1473	0.1319	-0.0951	-0.1181	0.0223	0.0087	-12.8103	43.3994	40.116
3	6.0131	-0.4813	-5.3454	5.0543	1.1517	10.3596	-0.1269	0.5246	0.4979	0.0111	0.2244	0.0566	-0.042	-0.5802	-0.0976	-0.0685	0.011	-0.152	-0.0776	0.074	0.0442	-22.2904	42.1028	34.0215
4	0.1453	0.0717	0.6196	1.9689	0.0987	2.6643	0.0992	-0.0498	-0.057	0.232	-0.0954	-0.1572	0.1611	0.2177	-0.0038	-0.1917	0.0504	0.0471	-0.0117	-0.0535	-0.111	-28.2229	18.696	26.0533
5	7.2557	2.2425	0.4538	6.0523	1.6745	0.4676	0.1676	0.4578	0.6034	-0.4599	0.1177	0.9525	-0.6897	0.1325	-0.2854	-0.131	0.0285	0.0949	-0.0106	0.119	0.0091	-39.1941	37.9932	2.4126
6	4.2563	-1.1897	-2.5448	0.8349	-0.7549	5.8012	0.1596	-0.2576	0.8251	0.3241	0.1263	-0.0723	-0.9053	-0.2483	-0.286	-0.0206	0.1242	0.1211	-0.1472	-0.0516	0.0886	-36.9571	41.81	8.6717
7	3.2315	-1.1978	4.8875	4.3245	0.9661	9.4618	-0.2907	-0.1232	0.6721	0.2013	0.1694	0.2106	-0.2968	-0.5202	0.1213	-0.0324	0.0614	0.2015	0.0717	0.0347	0.0278	-46.5498	42.5789	14.6095
8	2.5048	-0.3369	0.7731	1.2399	-0.0249	1.0624	0.1934	-0.0623	-0.3968	-0.0877	-0.0552	0.0315	0.3893	0.3012	-0.1381	-0.0641	0.0866	-0.0004	-0.1155	0.0103	-0.105	-59.5138	20.3596	16.0282
9	9.6787	-0.7406	-4.092	3.4796	0.3325	3.4904	-0.1712	-0.186	0.2593	-0.0972	0.073	0.5931	-0.4002	-0.5774	0.0982	-0.1537	0.0691	-0.0145	-0.0688	0.0163	-0.16	-85.0849	40.0818	12.3291
10	3.2788	0.049	1.8589	2.5018	1.8148	4.8679	-0.0583	-0.3537	0.1114	0.3172	0.1212	-0.3617	-0.7268	-0.5558	-0.0629	0.0414	0.0902	-0.043	-0.2369	-0.0157	-0.174	-78.3342	43.7265	13.862
11	10.1654	-1.133	-1.0639	2.2676	-0.3226	2.3561	-0.1586	-0.7548	0.0251	0.2892	0.2674	0.1006	-0.3485	-0.1957	-0.1088	0.059	0.0853	-0.0072	0.008	-0.0486	-0.017	-78.3911	44.6939	25.167
12	1.8674	0.2138	-1.3158	0.3695	-0.3654	1.1316	-0.0761	-0.099	-0.2376	-0.0635	-0.0811	-0.0426	0.1228	0.1519	0.1572	-0.0547	-0.0385	-0.0437	-0.059	0.061	-0.0334	-86.122	20.6615	34.0123

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	62 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	80 - 341
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	26 - 61
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	62 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	80 - 341
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 25
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	26 - 61
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	62 - 79
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	80 - 341

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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