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- PDB-2gsz: Structure of A. aeolicus PilT with 6 monomers per asymmetric unit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gsz
タイトルStructure of A. aeolicus PilT with 6 monomers per asymmetric unit
要素twitching motility protein PilT
キーワードPROTEIN TRANSPORT / P-loop / domain motion / ATPase / PAS / RecA
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Pilus retraction protein PilT/PilU / : / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Twitching motility protein PilT
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Forest, K.T. / Satyshur, K.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of the pilus retraction motor PilT suggest large domain movements and subunit cooperation drive motility.
著者: Satyshur, K.A. / Worzalla, G.A. / Meyer, L.S. / Heiniger, E.K. / Aukema, K.G. / Misic, A.M. / Forest, K.T.
履歴
登録2006年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: twitching motility protein PilT
B: twitching motility protein PilT
C: twitching motility protein PilT
D: twitching motility protein PilT
E: twitching motility protein PilT
F: twitching motility protein PilT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,79210
ポリマ－248,0776
非ポリマー7154
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.111, 105.244, 123.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12A
22B
32C
42D
52E
62F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUARGARGAA12 - 1101 - 99
21GLUGLUARGARGBB12 - 1101 - 99
31GLUGLUARGARGCC12 - 1101 - 99
41GLUGLUARGARGDD12 - 1101 - 99
51GLUGLUARGARGEE12 - 1101 - 99
61GLUGLUARGARGFF12 - 1101 - 99
12ILEILEMSEMSEAA116 - 361105 - 350
22ILEILEMSEMSEBB116 - 361105 - 350
32ILEILEMSEMSECC116 - 361105 - 350
42ILEILEMSEMSEDD116 - 361105 - 350
52ILEILEMSEMSEEE116 - 361105 - 350
62ILEILEMSEMSEFF116 - 361105 - 350

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細Each asymmetric unit contains one complete hexamer, the presumed biological assembly.

-
要素

#1: タンパク質
twitching motility protein PilT


分子量: 41346.145 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: pilT / プラスミド: pET23a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: GenBank: 2983313, UniProt: O66950*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Upon set up, protein droplet contains 7.5 mg/ml protein in 9.7% PEG1000, 13.0 mM TCEP, 13.0 mM LiCl, 0.32 M AmSO4, 2.6 mM ADP, 16 mM Tris pH 7.6, 98 mM KCl, 130 mM Imidazole, 6.5% glycerol. ...詳細: Upon set up, protein droplet contains 7.5 mg/ml protein in 9.7% PEG1000, 13.0 mM TCEP, 13.0 mM LiCl, 0.32 M AmSO4, 2.6 mM ADP, 16 mM Tris pH 7.6, 98 mM KCl, 130 mM Imidazole, 6.5% glycerol. Well contains 0.2 M AmSO4, 10% PEG 1000, unbuffered., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.97896 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97896 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3 % / Av σ(I) over netI: 9.1 / 数: 106618 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.05 / D res high: 4.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 35971 / % possible obs: 95.7
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.8250326086.90.0281.72.8
7.018.82359095.60.0411.4063
6.127.013654960.0720.9383
5.566.12361496.50.10.8883
5.165.56363796.40.1020.9163
4.865.16362596.90.1030.93
4.624.86363496.90.1170.9163
4.424.623661970.1641.0143
4.254.42359197.20.2221.1282.9
4.14.25370597.20.6220.8453
反射解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 17281 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 4.2→4.35 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.276 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NTD of mol C and CTD of mol D from 2EWV.pdb

2ewv


解像度: 4.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.822 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.768 / SU B: 129.953 / SU ML: 1.66 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.77 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.40563 859 5 %RANDOM
Rwork0.34307 ---
obs0.34634 16243 94.79 %-
all-18247 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 124.351 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.13 Å20 Å2-7.32 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16302 0 42 0 16344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02216613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.98722431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.74652046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95624.065738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.761153126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.93815126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.22596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2780.27078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.210833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.6080.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6770.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5261.510535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.881216608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.84536726
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3924.55823
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A783tight positional0.070.05
12B783tight positional0.070.05
13C783tight positional0.060.05
14D783tight positional0.070.05
15E783tight positional0.080.05
16F783tight positional0.060.05
21A1900tight positional0.070.05
22B1900tight positional0.070.05
23C1900tight positional0.060.05
24D1900tight positional0.070.05
25E1900tight positional0.070.05
26F1900tight positional0.070.05
11A783tight thermal0.110.5
12B783tight thermal0.080.5
13C783tight thermal0.080.5
14D783tight thermal0.090.5
15E783tight thermal0.080.5
16F783tight thermal0.070.5
21A1900tight thermal0.080.5
22B1900tight thermal0.070.5
23C1900tight thermal0.070.5
24D1900tight thermal0.080.5
25E1900tight thermal0.070.5
26F1900tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.306 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 53 -
Rwork0.418 1085 -
obs--87.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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