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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3juc | ||||||
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タイトル | Human gamma-glutamylamine cyclotransferase complex with 5-oxoproline | ||||||
要素 | AIG2-like domain-containing protein 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / cyclotransferase / gamma-glutamylamine cyclotransferase / gamma-glutamyl-epsilon-lysine / Epsilon-(gamma-Glutamyl)-lysine / oxoproline / 5-oxo-L-proline / cyclotransferase fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-glutamylamine cyclotransferase / modified amino acid catabolic process / gamma-glutamylaminecyclotransferase activity / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Oakley, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Identification and characterization of {gamma}-glutamylamine cyclotransferase: An enzyme responsible for {gamma}-glutamyl-{epsilon}-lysine catabolism 著者: Oakley, A.J. / Coggan, M. / Board, P.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3juc.cif.gz | 87.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3juc.ent.gz | 65.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3juc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3juc_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3juc_full_validation.pdf.gz | 448.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3juc_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3juc_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3juc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3juc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17352.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: A2LD1, GGACT / プラスミド: pHUE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BVM4, EC: 2.3.2.4 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PCA / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.62 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 22.5%(w/v) PEG3350, 0.2M ammonium nitrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954448 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月3日 / 詳細: beamline optics |
放射 | モノクロメーター: beamline optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954448 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→42.52 Å / Num. all: 40928 / Num. obs: 40928 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 8.701 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 27.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / Num. unique all: 5805 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VKB 解像度: 1.2→42.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.802 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.783 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→42.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.202→1.233 Å / Total num. of bins used: 20
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