ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SBC-Collect | | データ収集 | HKL-3000 | | データ収集 | HKL-3000 | | 位相決定 | SHELXD | | 位相決定 | MLPHARE | | 位相決定 | 直接法 | | モデル構築 | RESOLVE | | モデル構築 | Coot | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.4_147)精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | 直接法 | | 位相決定 | RESOLVE | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.301→36.058 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.231 | 2572 | 5.09 % | random |
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Rwork | 0.193 | - | - | - |
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all | 0.195 | 50490 | - | - |
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obs | 0.195 | 50490 | 97.83 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.727 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.9628 Å2 | -0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 1.9628 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -3.9257 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.301→36.058 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5500 | 0 | 29 | 424 | 5953 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.017 | 5743 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.652 | 7804 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.779 | 2042 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.095 | 900 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 997 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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2.3006-2.3828 | 0.276 | 276 | 0.2067 | 4684 | 4960 | 98 | 2.3828-2.4781 | 0.2565 | 278 | 0.1846 | 4778 | | 100 | 2.4781-2.5909 | 0.2744 | 273 | 0.2022 | 4811 | | 100 | 2.5909-2.7275 | 0.2889 | 253 | 0.2109 | 4835 | | 100 | 2.7275-2.8983 | 0.2724 | 231 | 0.2043 | 4879 | | 100 | 2.8983-3.1219 | 0.2593 | 235 | 0.2087 | 4887 | | 100 | 3.1219-3.4359 | 0.2363 | 267 | 0.2028 | 4842 | | 100 | 3.4359-3.9325 | 0.2186 | 218 | 0.1847 | 4061 | | 82 | 3.9325-4.9525 | 0.1861 | 254 | 0.1574 | 4973 | | 99 | 4.9525-36.0621 | 0.1888 | 287 | 0.1786 | 5168 | | 100 |
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | 手法 | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | refined1.8548 | 0.1837 | -1.2696 | 0.5325 | 0.0881 | 1.217 | -0.1967 | 0.2799 | -0.1802 | -0.0041 | 0.0425 | 0.0397 | 0.0805 | -0.254 | 0.1255 | 0.1032 | -0.0214 | 0.0543 | 0.1407 | -0.0294 | 0.1274 | 26.9754 | 39.1046 | 104.5475 | 2 | | 1.0795 | -0.7155 | -0.4054 | 1.0396 | 0.1493 | 0.9913 | -0.0301 | -0.0836 | 0.0915 | 0.0678 | 0.0401 | -0.1147 | 0.0302 | 0.2766 | -0.0094 | 0.0858 | 0.0107 | 0.0262 | 0.1625 | 0.0034 | 0.1014 | | | | |
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain B |
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