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- PDB-3ju1: Crystal Structure of Enoyl-CoA Hydratase/Isomerase Family Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ju1
タイトルCrystal Structure of Enoyl-CoA Hydratase/Isomerase Family Protein
要素Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
キーワードlyase / isomerase / alpha-beta structure / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / L-valine catabolic process
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FORMIC ACID / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Kim, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Enoyl-CoA Hydratase/Isomerase Family Protein
著者: Kim, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,97810
ポリマ－90,5362
非ポリマー4428
水7,638424
1
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5125
ポリマ－45,2681
非ポリマー2444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4665
ポリマ－45,2681
非ポリマー1984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.982, 83.982, 277.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量: 45267.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_1681 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8EGC3
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 2 M sodium formate, 1/10 V8 protease, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.06 Å / Num. all: 50834 / Num. obs: 50834 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 33.24 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2566 / Rsym value: 0.532 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.4_147)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.301→36.058 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2572 5.09 %random
Rwork0.193 ---
all0.195 50490 --
obs0.195 50490 97.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.727 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9628 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.9628 Å20 Å2
3----3.9257 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→36.058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5500 0 29 424 5953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0175743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6527804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7792042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095900
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006997
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3006-2.38280.2762760.20674684496098
2.3828-2.47810.25652780.18464778100
2.4781-2.59090.27442730.20224811100
2.5909-2.72750.28892530.21094835100
2.7275-2.89830.27242310.20434879100
2.8983-3.12190.25932350.20874887100
3.1219-3.43590.23632670.20284842100
3.4359-3.93250.21862180.1847406182
3.9325-4.95250.18612540.1574497399
4.9525-36.06210.18882870.17865168100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined1.85480.1837-1.26960.53250.08811.217-0.19670.2799-0.1802-0.00410.04250.03970.0805-0.2540.12550.1032-0.02140.05430.1407-0.02940.127426.975439.1046104.5475
21.0795-0.7155-0.40541.03960.14930.9913-0.0301-0.08360.09150.06780.0401-0.11470.03020.2766-0.00940.08580.01070.02620.16250.00340.1014
精密化 TLSグループSelection details: chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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