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- PDB-3jtt: Cystal structure of Rhesus macaque MHC class I:Mamu-A*02 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jtt
タイトルCystal structure of Rhesus macaque MHC class I:Mamu-A*02
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I Mamu-A*02
  • peptide of Protein Nef
キーワードIMMUNE SYSTEM / ALPHA HELIX / BETA SHEET / BETA BARREL / Immune response / MHC I / Membrane / Transmembrane / Disease mutation / Disulfide bond / Glycation / Glycoprotein / Immunoglobulin domain / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / : / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / : / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / early endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / GTP binding / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I Mamu-A*02 / Beta-2-microglobulin / Protein Nef
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dai, L. / Feng, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Rhesus macaque MHC class I:Mamu-A*02
著者: Dai, L.
履歴
登録2009年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I Mamu-A*02
B: Beta-2-microglobulin
C: peptide of Protein Nef
D: MHC class I Mamu-A*02
E: Beta-2-microglobulin
F: peptide of Protein Nef
G: MHC class I Mamu-A*02
H: Beta-2-microglobulin
I: peptide of Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,7359
ポリマ－134,7359
非ポリマー00
水4,864270
1
A: MHC class I Mamu-A*02
B: Beta-2-microglobulin
C: peptide of Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9123
ポリマ－44,9123
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I Mamu-A*02
E: Beta-2-microglobulin
F: peptide of Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9123
ポリマ－44,9123
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
3
G: MHC class I Mamu-A*02
H: Beta-2-microglobulin
I: peptide of Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9123
ポリマ－44,9123
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.993, 129.007, 129.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I Mamu-A*02 / YY9-Mamu-A*02-rb2m


分子量: 32106.320 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 17-292 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: Mamu / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q30597
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11791.275 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6V7J5
#3: タンパク質・ペプチド peptide of Protein Nef


分子量: 1014.114 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 159-167 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs from Simian immunodeficiency virus
参照: UniProt: Q9WH73
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 2 M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5478 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5478 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 51015 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 37.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 4987 / Rsym value: 0.528 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1zvs

1zvs


解像度: 2.8→31.293 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.09 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2554 2579 5.06 %random
Rwork0.2138 ---
obs0.2158 51015 95.21 %-
all-53070 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.463 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.047 Å20 Å20 Å2
2---1.4671 Å2-0 Å2
3---1.5141 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→31.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9486 0 0 270 9756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6613230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8723564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031758
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8003-2.85410.37881330.27242413X-RAY DIFFRACTION88
2.8541-2.91230.33151300.27922494X-RAY DIFFRACTION90
2.9123-2.97560.32881410.27292506X-RAY DIFFRACTION89
2.9756-3.04470.32811500.25952492X-RAY DIFFRACTION91
3.0447-3.12080.28291400.23772533X-RAY DIFFRACTION91
3.1208-3.20510.31141250.23152711X-RAY DIFFRACTION95
3.2051-3.29930.31451340.23342676X-RAY DIFFRACTION95
3.2993-3.40570.27231420.22052665X-RAY DIFFRACTION96
3.4057-3.52730.25161540.21072714X-RAY DIFFRACTION96
3.5273-3.66830.26441460.20232730X-RAY DIFFRACTION97
3.6683-3.8350.2391530.19732714X-RAY DIFFRACTION98
3.835-4.03670.25461270.19362823X-RAY DIFFRACTION98
4.0367-4.28910.24241440.18422781X-RAY DIFFRACTION98
4.2891-4.61930.20271360.17572757X-RAY DIFFRACTION98
4.6193-5.08230.21741580.172785X-RAY DIFFRACTION98
5.0823-5.81370.20871430.18622847X-RAY DIFFRACTION99
5.8137-7.30920.24881570.2182890X-RAY DIFFRACTION99
7.3092-31.29490.22041660.23922905X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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