PDB-3jtl: Crystal structure of archaeal 20S proteasome in complex with muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jtl

タイトル

Crystal structure of archaeal 20S proteasome in complex with mutated P26 activator

要素

Proteasome activator protein PA26
Proteasome subunit alpha
Proteasome subunit beta

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE ACTIVATOR / 20S proteasome / PA26 / Cytoplasm / Hydrolase / Protease / Proteasome / Threonine protease / HYDROLASE-HYDROLASE ACTIVATOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

proteasome activator complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / regulation of proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Stadtmueller, B.M. / Whitby, F.G. / Hill, C.P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Models for Interactions between the 20S proteasome and its PAN/19S activators.
著者: Stadtmueller, B.M. / Ferrell, K. / Whitby, F.G. / Heroux, A. / Robinson, H. / Myszka, D.G. / Hill, C.P.

履歴

登録	2009年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jtl.cif.gz	823.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jtl.ent.gz	693.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jtl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3jtl_validation.pdf.gz	567.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3jtl_full_validation.pdf.gz	618.5 KB	表示
XML形式データ	3jtl_validation.xml.gz	141.5 KB	表示
CIF形式データ	3jtl_validation.cif.gz	190.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/3jtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/3jtl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jrmC 3jseC 1yarS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3jse-1 3ipm-1 5130 1yau-1 1yar-1 1z7q-d 1fnt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (25) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (20) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (5) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Proteasome subunit alpha

B: Proteasome subunit alpha

C: Proteasome subunit alpha

D: Proteasome subunit alpha

E: Proteasome subunit alpha

F: Proteasome subunit alpha

G: Proteasome subunit alpha

H: Proteasome subunit beta

I: Proteasome subunit beta

J: Proteasome subunit beta

K: Proteasome subunit beta

L: Proteasome subunit beta

M: Proteasome subunit beta

N: Proteasome subunit beta

O: Proteasome activator protein PA26

P: Proteasome activator protein PA26

Q: Proteasome activator protein PA26

R: Proteasome activator protein PA26

S: Proteasome activator protein PA26

T: Proteasome activator protein PA26

U: Proteasome activator protein PA26

508 kDa, 21 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Proteasome subunit alpha

B: Proteasome subunit alpha

C: Proteasome subunit alpha

D: Proteasome subunit alpha

E: Proteasome subunit alpha

F: Proteasome subunit alpha

G: Proteasome subunit alpha

H: Proteasome subunit beta

I: Proteasome subunit beta

J: Proteasome subunit beta

K: Proteasome subunit beta

L: Proteasome subunit beta

M: Proteasome subunit beta

N: Proteasome subunit beta

O: Proteasome activator protein PA26

P: Proteasome activator protein PA26

Q: Proteasome activator protein PA26

R: Proteasome activator protein PA26

S: Proteasome activator protein PA26

T: Proteasome activator protein PA26

U: Proteasome activator protein PA26

A: Proteasome subunit alpha

B: Proteasome subunit alpha

C: Proteasome subunit alpha

D: Proteasome subunit alpha

E: Proteasome subunit alpha

F: Proteasome subunit alpha

G: Proteasome subunit alpha

H: Proteasome subunit beta

I: Proteasome subunit beta

J: Proteasome subunit beta

K: Proteasome subunit beta

L: Proteasome subunit beta

M: Proteasome subunit beta

N: Proteasome subunit beta

O: Proteasome activator protein PA26

P: Proteasome activator protein PA26

Q: Proteasome activator protein PA26

R: Proteasome activator protein PA26

S: Proteasome activator protein PA26

T: Proteasome activator protein PA26

U: Proteasome activator protein PA26

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.02 MDa, 42 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	255.826, 126.582, 182.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.950, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	7 - 233	1 - 227
2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	7 - 233	1 - 227
3	1	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	7 - 233	1 - 227
4	1	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	7 - 233	1 - 227
5	1	ALA	ALA	LEU	LEU	E	E	7 - 233	1 - 227
6	1	ALA	ALA	LEU	LEU	F	F	7 - 233	1 - 227
7	1	ALA	ALA	LEU	LEU	G	G	7 - 233	1 - 227
1	2	THR	THR	LEU	LEU	H	H	1 - 203	1 - 203
2	2	THR	THR	LEU	LEU	I	I	1 - 203	1 - 203
3	2	THR	THR	LEU	LEU	J	J	1 - 203	1 - 203
4	2	THR	THR	LEU	LEU	K	K	1 - 203	1 - 203
5	2	THR	THR	LEU	LEU	L	L	1 - 203	1 - 203
6	2	THR	THR	LEU	LEU	M	M	1 - 203	1 - 203
7	2	THR	THR	LEU	LEU	N	N	1 - 203	1 - 203
1	3	LYS	LYS	ARG	ARG	O	O	4 - 231	1 - 228
2	3	LYS	LYS	ARG	ARG	P	P	4 - 231	1 - 228
3	3	LYS	LYS	ARG	ARG	Q	Q	4 - 231	1 - 228
4	3	LYS	LYS	ARG	ARG	R	R	4 - 231	1 - 228
5	3	LYS	LYS	ARG	ARG	S	S	4 - 231	1 - 228
6	3	LYS	LYS	ARG	ARG	T	T	4 - 231	1 - 228
7	3	LYS	LYS	ARG	ARG	U	U	4 - 231	1 - 228

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Proteasome subunit alpha / Multicatalytic endopeptidase complex subunit alpha 分子量: 25125.619 Da / 分子数: 7 / 断片: Alpha subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: psmA, Ta1288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25156, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質	Proteasome subunit beta / Multicatalytic endopeptidase complex subunit beta 分子量: 22294.848 Da / 分子数: 7 / 断片: Beta subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: psmB, Ta0612 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28061, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質	Proteasome activator protein PA26 分子量: 25117.617 Da / 分子数: 7 / 断片: PA26 with mutations in tail / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U8G2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化	温度: 294 K / pH: 5.6 詳細: pH 5.6, PEG 1000, Sodium phosphate citrate, liso4, imidazole, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 95561 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.257 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.642 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YAR

1yar

解像度: 3.2→29.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 19.057 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.449 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	1905	2 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.195	94901	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	0 Å²	0.17 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35140	0	0	0	35140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	35600
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.978	48085
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.887	5	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.266	24.315	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.661	15	6536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.915	15	252
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	5627
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	26187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.527	1.5	22442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.082	2	36117
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.703	3	13158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.099	4.5	11968
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1751	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	1751	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	1751	tight positional	0.04	0.05
1	4	D	1751	tight positional	0.04	0.05
1	5	E	1751	tight positional	0.05	0.05
1	6	F	1751	tight positional	0.05	0.05
1	7	G	1751	tight positional	0.04	0.05
2	1	H	1557	tight positional	0.04	0.05
2	2	I	1557	tight positional	0.04	0.05
2	3	J	1557	tight positional	0.04	0.05
2	4	K	1557	tight positional	0.04	0.05
2	5	L	1557	tight positional	0.04	0.05
2	6	M	1557	tight positional	0.05	0.05
2	7	N	1557	tight positional	0.04	0.05
3	1	O	1687	tight positional	0.04	0.05
3	2	P	1687	tight positional	0.04	0.05
3	3	Q	1687	tight positional	0.04	0.05
3	4	R	1687	tight positional	0.05	0.05
3	5	S	1687	tight positional	0.05	0.05
3	6	T	1687	tight positional	0.05	0.05
3	7	U	1687	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	1751	tight thermal	0.06	0.5
1	2	B	1751	tight thermal	0.06	0.5
1	3	C	1751	tight thermal	0.06	0.5
1	4	D	1751	tight thermal	0.06	0.5
1	5	E	1751	tight thermal	0.07	0.5
1	6	F	1751	tight thermal	0.06	0.5
1	7	G	1751	tight thermal	0.07	0.5
2	1	H	1557	tight thermal	0.07	0.5
2	2	I	1557	tight thermal	0.06	0.5
2	3	J	1557	tight thermal	0.07	0.5
2	4	K	1557	tight thermal	0.07	0.5
2	5	L	1557	tight thermal	0.07	0.5
2	6	M	1557	tight thermal	0.07	0.5
2	7	N	1557	tight thermal	0.07	0.5
3	1	O	1687	tight thermal	0.06	0.5
3	2	P	1687	tight thermal	0.07	0.5
3	3	Q	1687	tight thermal	0.07	0.5
3	4	R	1687	tight thermal	0.07	0.5
3	5	S	1687	tight thermal	0.07	0.5
3	6	T	1687	tight thermal	0.07	0.5
3	7	U	1687	tight thermal	0.07	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	143	-
R_work	0.303	6189	-
obs	-	-	90.51 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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