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- PDB-3jtf: The CBS Domain Pair Structure of a magnesium and cobalt efflux pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jtf
タイトルThe CBS Domain Pair Structure of a magnesium and cobalt efflux protein from Bordetella parapertussis in complex with AMP
要素Magnesium and cobalt efflux protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CBS domain / CorC / AMP / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / N-terminal region of NMB0537 / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily ...: / N-terminal region of NMB0537 / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Magnesium and cobalt efflux protein CorC
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Tesar, C. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The CBS Domain Pair Structure of a magnesium and cobalt efflux protein from Bordetella parapertussis in complex with AMP
著者: Cuff, M.E. / Tesar, C. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium and cobalt efflux protein
B: Magnesium and cobalt efflux protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6508
ポリマ－29,5712
非ポリマー1,0796
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.85, 84.85, 38.03
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Magnesium and cobalt efflux protein


分子量: 14785.486 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 75-200 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌)
株: 12822 / 遺伝子: BPP1138, corC / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): modified BL21 / 参照: UniProt: Q7WB69
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942,0.97931
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月25日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979421
20.979311
Reflection冗長度: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 27.18 / 数: 97431 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.34 / D res high: 2.25 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 13225 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.15010010.0533.467
4.856.110010.0562.3627.1
4.234.8510010.0522.0137.2
3.854.2310010.0642.2077.3
3.573.8510010.0721.8647.4
3.363.5710010.0811.3557.4
3.193.3610010.0981.1787.5
3.053.1910010.1211.1597.4
2.943.0510010.1311.0167.4
2.832.9410010.161.0357.5
2.752.8310010.2020.9947.5
2.672.7510010.2520.9437.5
2.62.6710010.2840.937.5
2.532.610010.3340.927.5
2.482.5310010.3560.9167.4
2.422.4810010.3910.8757.5
2.382.4210010.5170.9447.5
2.332.3810010.5550.877.4
2.292.3310010.6080.8447.3
2.252.2910010.6140.857.2
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 18585 / Num. obs: 18585 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.894 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.038.10.5028970.7441100
2.03-2.078.20.4059350.821100
2.07-2.118.40.3519240.8481100
2.11-2.158.20.3219080.8691100
2.15-2.28.30.2799050.9361100
2.2-2.258.40.2329490.9311100
2.25-2.318.20.2168871.0311100
2.31-2.378.40.2039771.0281100
2.37-2.448.20.1818921.1941100
2.44-2.528.40.1589351.2721100
2.52-2.618.20.1549141.4171100
2.61-2.718.50.1369401.4651100
2.71-2.848.10.1179291.6311100
2.84-2.998.30.1059201.8611100
2.99-3.178.30.0999452.0731100
3.17-3.428.20.0929212.491100
3.42-3.768.10.0869422.961100
3.76-4.317.90.0789473.575199.8
4.31-5.437.90.0739553.816199.6
5.43-507.40.0939637.49197.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→32.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.239 / WRfactor Rwork: 0.177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.892 / SU B: 8.068 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.184 / SU Rfree: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.163
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 950 5.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.177 18566 --
obs0.177 18566 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.74 Å2 / Biso mean: 23.722 Å2 / Biso min: 8.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1972 0 66 156 2194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222150
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6492.0372937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93333643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4025266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.90221.95997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3915396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5491531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0141.51276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.241.5502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88922096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7853874
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4914.5831
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 56 -
Rwork0.199 1250 -
all-1306 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.02271.52010.20363.03451.09942.5325-0.0802-0.2178-0.0682-0.1193-0.02430.0548-0.10380.05680.10450.03390.0298-0.02060.06530.01290.045421.754131.812326.8874
21.18520.4363-0.05881.37210.60961.29420.0140.0082-0.05440.039-0.0109-0.03090.05250.0068-0.0030.02470.0084-0.00420.02450.01480.01566.996536.935443.3664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A75 - 199
2X-RAY DIFFRACTION1A1 - 3
3X-RAY DIFFRACTION1A7 - 235
4X-RAY DIFFRACTION2B75 - 199
5X-RAY DIFFRACTION2B1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION2B2 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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