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- PDB-3jt1: Legionella pneumophila glucosyltransferase Lgt1, UDP-bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jt1
タイトルLegionella pneumophila glucosyltransferase Lgt1, UDP-bound form
要素Putative uncharacterized protein
キーワードTRANSFERASE / glucosyltransferase / Legionnaire's Disease / Legionella pneumophila
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #130 / Glycosyltransferase family 88, C-terminal domain / Glucosyltransferase Lgt1, N-terminal domain / Glycosyltransferase family 88 / Glycosyltransferase family 88 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glucosyltransferase Lgt1
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lu, W. / Du, J. / Belyi, Y. / Stahl, M. / Zivilikidis, T. / Gerhardt, S. / Aktories, K. / Einsle, O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis of the Action of Glucosyltransferase Lgt1 from Legionella pneumophila.
著者: Lu, W. / Du, J. / Stahl, M. / Tzivelekidis, T. / Belyi, Y. / Gerhardt, S. / Aktories, K. / Einsle, O.
履歴
登録2009年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9382
ポリマ－59,5341
非ポリマー4041
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.571, 122.571, 103.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Lgt1


分子量: 59533.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 株: Lens / 参照: UniProt: Q5WWY0
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 293.15 K / pH: 5
詳細: 1ul protein (4mg/ml) was mixed with 1ul of reservoir solution containing 23% PEG3350, 0.06M ammonium acetat, 0.1M sodium acetate buffer, pH5.0, temperature 293.15K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→31.8 Å / Num. obs: 26541 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 19778 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0072 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JSZ

3jsz


解像度: 2.3→31.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 18.787 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26158 1343 5.1 %RANDOM
Rwork0.18516 ---
obs0.18903 25175 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.84 Å2-1.42 Å20 Å2
2---2.84 Å20 Å2
3---4.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4023 0 25 182 4230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0224150
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9491.9735623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04136961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7265507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.84824.508193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.50915731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.9341522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0421.52528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2321.51012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91424093
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82331622
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5994.51528
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 89 -
Rwork0.277 1861 -
obs--99.29 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.3446 Å / Origin y: -3.7187 Å / Origin z: 32.2563 Å
111213212223313233
T0.0355 Å2-0.0102 Å20.0035 Å2-0.0435 Å2-0.0093 Å2--0.0081 Å2
L0.3414 °2-0.2977 °2-0.0112 °2-0.973 °2-0.1213 °2--0.1731 °2
S0.0056 Å °0.0387 Å °0.0294 Å °0.0686 Å °0.0111 Å °-0.0607 Å °-0.026 Å °0.0415 Å °-0.0166 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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