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万見
- PDB-3jss: Crystal structure of a mutant RelB dimerization domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jss
タイトルCrystal structure of a mutant RelB dimerization domain
要素Transcription factor RelB
キーワードTRANSCRIPTION / NF-kB / intertwined dimer / Activator / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 1 cell differentiation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / myeloid dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / cellular response to osmotic stress / non-canonical NF-kappaB signal transduction / T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation ...T-helper 1 cell differentiation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / myeloid dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / cellular response to osmotic stress / non-canonical NF-kappaB signal transduction / T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation / canonical NF-kappaB signal transduction / transcription repressor complex / response to cytokine / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / synapse / chromatin / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelB / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain ...Transcription factor RelB / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor RelB
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vu, D. / Huang, D.B. / Ghosh, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: A structural basis for selective dimerization by NF-kappa B RelB.
著者: Vu, D. / Huang, D.B. / Vemu, A. / Ghosh, G.
履歴
登録2009年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32013年9月4日Group: Database references
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor RelB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4611
ポリマ－11,4611
非ポリマー00
水00
1
A: Transcription factor RelB

A: Transcription factor RelB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9222
ポリマ－22,9222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area8690 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.730, 71.730, 60.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor RelB


分子量: 11460.842 Da / 分子数: 1 / 断片: dimerization domain (UNP residues 278-378) / 変異: V314R, A324G, F358Q, L362K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: RelB / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q04863

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG800, 0.1M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月1日 / 詳細: mirros
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 5318 / Num. obs: 4987 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 288 / % possible all: 50

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→23.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 362431 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 382 8.5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs-4503 77.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.682 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 114.1 Å2 / Biso mean: 39.386 Å2 / Biso min: 7.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.89 Å29.08 Å20 Å2
2--5.89 Å20 Å2
3----11.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→23.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数803 0 0 0 803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.81.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 33 10.7 %
Rwork0.257 275 -
all-308 -
obs--32 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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