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- PDB-3js4: Crystal structure of iron superoxide dismutase from Anaplasma pha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3js4
タイトルCrystal structure of iron superoxide dismutase from Anaplasma phagocytophilum
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / gram-negative bacteria / human granulocytic anaplasmosis / Fe / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Iron superoxide dismutase from Anaplasma phagocytophilum
著者: Edwards, T.E. / Staker, B.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2009年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
C: Superoxide dismutase
D: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,23312
ポリマ－101,9184
非ポリマー3158
水11,584643
1
A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5583
ポリマ－25,4791
非ポリマー792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5583
ポリマ－25,4791
非ポリマー792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5583
ポリマ－25,4791
非ポリマー792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5583
ポリマ－25,4791
非ポリマー792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.660, 66.600, 85.440
Angle α, β, γ (deg.)102.090, 104.830, 88.580
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 206 / Label seq-ID: 22 - 227

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase


分子量: 25479.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)
株: HZ / 遺伝子: sodB, APH_0371 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2GKX4, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PACT screen condition E1, 20% PEG 3350, 0.2 M NaF. 0.4/0.4 microliter drops. 30.0 mg/mL protein in 25 mM Hepes pH 7.0, 0.3 M NaCl, 10% Glycerol, 2 mM DTT. Crystal tracking ID 204869e1, ...詳細: PACT screen condition E1, 20% PEG 3350, 0.2 M NaF. 0.4/0.4 microliter drops. 30.0 mg/mL protein in 25 mM Hepes pH 7.0, 0.3 M NaCl, 10% Glycerol, 2 mM DTT. Crystal tracking ID 204869e1, expression tag not removed prior to crystallization, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. all: 116074 / Num. obs: 63217 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.647 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 14.37
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 4640 / Num. unique all: 4284 / Num. unique obs: 4284 / % possible all: 83.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.32 Å42.95 Å
Translation2.32 Å42.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1UNF

1unf


解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.181 / WRfactor Rwork: 0.147 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.871 / SU B: 6.998 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.164 / SU Rfree: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. The Friedel pairs were used in phasing. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 3. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 3182 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 63217 91.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.22 Å2 / Biso mean: 12.299 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å2-0.02 Å2-0.13 Å2
2--1.02 Å20.45 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6509 0 8 643 7160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0216725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9329167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4475830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29524.762336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.071151009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7041518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5521.54093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01726521
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78432632
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8534.52643
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1581 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.250.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.280.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.250.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.270.5
1AMEDIUM THERMAL0.672
2BMEDIUM THERMAL0.672
3CMEDIUM THERMAL0.722
4DMEDIUM THERMAL0.782
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 233 -
Rwork0.227 4048 -
all-4281 -
obs--83.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.72410.77180.31560.7024-0.07841.147-0.0544-0.27830.20340.1030.02070.0318-0.0718-0.0810.03370.06930.01630.01030.0591-0.03690.02994.01281.756911.6805
22.66320.30720.54850.176-0.15890.76310.0150.01990.20120.0302-0.02230.0383-0.1155-0.00190.00730.0640.00940.01480.03540.00810.05984.07243.8110.4034
34.0522-2.10481.35922.8473-0.65822.3978-0.10410.3790.0349-0.08540.03240.15710.0585-0.20310.07180.0783-0.0265-0.02930.1780.02270.027-10.2841-3.1348-12.5642
41.5574-0.31450.34290.6729-0.02690.82180.02050.18070.0982-0.08460.013-0.0025-0.0336-0.0831-0.03350.05940.0060.01070.09050.03240.025-3.0824-1.8246-4.2713
53.8794-1.29060.0540.87160.06880.97140.04630.3620.2508-0.0924-0.0571-0.0053-0.03920.07580.01080.0732-0.01080.00750.06170.05220.0591-4.6946-14.5093-51.7544
63.6398-0.21570.53940.05840.12620.6532-0.0172-0.03340.3648-0.0355-0.003-0.0383-0.1169-0.0070.02030.0673-0.010.0080.0169-0.00230.1141-4.3622-12.6141-40.4649
74.70531.33711.85031.59091.15272.7227-0.0594-0.40430.11920.04420.0943-0.03350.14410.0647-0.0350.04210.0242-0.00680.1193-0.04220.01539.4754-20.0664-27.3903
81.92970.0782-0.18130.84530.29980.75130.0179-0.14490.2110.04870.00840.0009-0.02130.0547-0.02630.0587-0.00760.00360.0395-0.02210.05592.521-18.5131-35.966
91.69690.521.48121.28640.01013.51620.10540.0746-0.30740.06130.0141-0.22510.18090.3027-0.11950.03850.0124-0.00570.0307-0.00420.0907-0.9781-46.8269-42.2259
101.7405-0.01110.70540.7135-0.18221.08810.0362-0.1345-0.15720.0976-0.0171-0.01660.1034-0.0321-0.01910.0753-0.03130.00960.03020.01140.0616-11.8693-45.6511-38.8651
113.06672.8510.11155.61711.0141.4044-0.15430.17360.3597-0.42550.08820.501-0.1345-0.34170.06610.03840.0029-0.04950.13180.06820.1588-26.7417-38.3012-51.08
121.27190.4792-0.05320.9527-0.05360.6036-0.02090.03730.0347-0.04560.00850.1501-0.011-0.07460.01240.0448-0.01960.00070.04730.00430.063-17.5694-40.8815-45.7546
131.9296-0.6250.55810.8529-0.15932.26780.13340.1242-0.5139-0.1006-0.09960.25170.2569-0.2218-0.03380.0705-0.0245-0.03160.0504-0.05350.17340.4293-30.22680.7926
141.4957-0.65491.07380.5695-0.32862.40390.12410.2449-0.4205-0.0535-0.1380.12540.08840.07040.01390.09020.025-0.02040.1028-0.07550.207711.2991-28.8528-1.9563
155.4828-3.22430.98134.1447-1.57662.3523-0.0422-0.1061-0.110.20950.04270.1495-0.13290.2782-0.00060.0325-0.0275-0.00250.1006-0.0140.0625.9243-22.417211.5666
161.5561-0.50610.10230.90590.0690.58130.07070.0705-0.18710.0086-0.043-0.03010.03560.0565-0.02770.050.0052-0.00670.0563-0.00440.074916.5474-24.70845.8863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2A50 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3A99 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4A125 - 206
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6B50 - 98
7X-RAY DIFFRACTION7B99 - 124
8X-RAY DIFFRACTION8B125 - 206
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 49
10X-RAY DIFFRACTION10C50 - 98
11X-RAY DIFFRACTION11C99 - 124
12X-RAY DIFFRACTION12C125 - 206
13X-RAY DIFFRACTION13D1 - 49
14X-RAY DIFFRACTION14D50 - 98
15X-RAY DIFFRACTION15D99 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16D125 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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