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万見
- PDB-3jrr: Crystal structure of the ligand binding suppressor domain of type... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jrr
タイトルCrystal structure of the ligand binding suppressor domain of type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
要素Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta-trefoil / Calcium channel / Calcium transport / Endoplasmic reticulum / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Phosphoprotein / Receptor / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / sensory perception of bitter taste / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / sensory perception of umami taste / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / sensory perception of sweet taste / inositol 1,4,5 trisphosphate binding ...Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / sensory perception of bitter taste / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / sensory perception of umami taste / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / sensory perception of sweet taste / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / Ion homeostasis / transport vesicle membrane / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / intracellularly gated calcium channel activity / calcium ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol / phosphatidylinositol binding / response to calcium ion / platelet activation / memory / long-term synaptic potentiation / calcium ion transport / protein homotetramerization / receptor complex / calcium ion binding / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif ...Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Ion transport domain / Ion transport protein / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel ITPR3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chan, J. / Ishiyama, N. / Ikura, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A 1.9 angstrom crystal structure of the suppressor domain of type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
著者: Chan, J. / Yamazaki, H. / Ishiyama, N. / Mal, T.K. / Michikawa, T. / Mikoshiba, K. / Ikura, M.
履歴
登録2009年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3
B: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6682
ポリマ－50,6682
非ポリマー00
水3,621201
1
A: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3341
ポリマ－25,3341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3341
ポリマ－25,3341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.441, 59.865, 111.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.877, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3 / Type 3 inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate receptor / Type 3 InsP3 receptor / IP3 receptor isoform 3 / InsP3R3


分子量: 25333.953 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Itpr3 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P70227
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1M HEPES, 0.15M NaCl, 14% PEG 4000, 2mM TCEP, 1% Dioxane, 50mM EDTA , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 40451 / Num. obs: 40370 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Limit h max: 41 / Limit h min: -41 / Limit k max: 31 / Limit k min: -41 / Limit l max: 58 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 155781.3 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Num. unique all: 4004 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.585 / Packing: 0.538
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Ågeneral98.6 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XZZ

1xzz


解像度: 1.9→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 3853 10 %random
Rwork0.214 ---
all-40934 --
obs-38649 94.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: bulk solvent model / Bsol: 33.3111 Å2 / ksol: 0.361486 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 59.66 Å2 / Biso mean: 25.26 Å2 / Biso min: 10.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å20.71 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---1.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-7 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.12 Å
Luzzati d res high-1.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3422 0 0 201 3623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.67
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.990.28844810.80.24436830.0145135413180.4
1.99-2.090.2454409.30.21642740.0125063471493.1
2.09-2.220.2514789.90.21243640.0115078484295.4
2.22-2.40.2454779.80.21143960.0115113487395.3
2.4-2.640.2744779.70.24144410.0135091491896.6
2.64-3.020.27850410.10.23744750.0125114497997.4
3.02-3.80.2594949.70.21445770.0125154507198.4
3.8-30.360.21353510.40.19145860.0095228512197.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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