PDB-3jrk: A putative tagatose 1,6-diphosphate aldolase from Streptococcus p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jrk

タイトル

A putative tagatose 1,6-diphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes

要素

Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

キーワード

LYASE / APC80109.1 / Streptococcus pyogenes M1 GAS / tagatose / 1 / 6-diphosphate aldolase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Lactose metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

tagatose-bisphosphate aldolase / tagatose-bisphosphate aldolase activity / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Fan, Y. / Volkart, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a putative tagatose 1,6-diphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes
著者: Fan, Y. / Volkart, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jrk.cif.gz	525.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jrk.ent.gz	435.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jrk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3jrk_validation.pdf.gz	495.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3jrk_full_validation.pdf.gz	521.8 KB	表示
XML形式データ	3jrk_validation.xml.gz	118.5 KB	表示
CIF形式データ	3jrk_validation.cif.gz	155.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/3jrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/3jrk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1j9y-d 3kao-d 2hv6-1 4q88-1 1nna-d 7cju-2 2hv7-2 3mbd-d 3qxf-3 1nnb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC80109.1

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: APC80109.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

C: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

D: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

E: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

F: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

G: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

H: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

ヘテロ分子

292 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.517, 169.729, 167.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2 / Tagatose-bisphosphate aldolase 2 / D-tagatose-1 / 6-bisphosphate aldolase 2 分子量: 36342.109 Da / 分子数: 8 / 断片: sequence database residues 6-327 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌) 株: M1 GAS / 遺伝子: lacD.2, lacD2, M5005_Spy1635, SPy_1919 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: P63705, tagatose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.1M tri-sodium citrate, 20% (w/v) PEG 4000, 5% (w/v) isopropanol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97940, 0.97952

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月14日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.97952	1

反射

解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 210281 / Num. obs: 210281 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 21.4

反射シェル

解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.875 / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect	collect	データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.97→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 11.173 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22985	10125	5 %	RANDOM
R_work	0.18817	-	-	-
obs	0.1903	191322	95.91 %	-
all	-	191322	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.59 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20246	0	54	1362	21662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	20849
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.235	1.972	28151
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.41	5	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.563	24.98	976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.55	15	3776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.029	15	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	3096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	15721
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.547	1.5	12910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.07	2	20739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.8	3	7939
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.103	4.5	7412
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.967→2.018 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	475	-
R_work	0.345	9447	-
obs	-	-	64.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4739	0.0834	0.111	0.6403	-0.0942	0.8392	-0.0556	-0.0385	-0.0102	0.0175	0.0549	-0.0038	-0.0039	-0.069	0.0007	0.1227	0.0097	0.011	0.1097	-0.0039	0.1123	-45.979	-19.111	21.602
2	0.3776	0.2085	-0.0076	0.5429	0.0431	1.3361	0.0044	0.0482	0.0224	0.0122	-0.0009	0.0387	-0.0361	0.011	-0.0034	0.107	-0.016	0.0005	0.1163	-0.0003	0.1184	-59.78	-21.246	-16.965
3	0.7282	0.3895	-0.5928	0.9916	-0.5297	2.7181	-0.0367	-0.0194	0.0126	-0.1106	0.0055	-0.0118	0.2312	0.0479	0.0312	0.259	0.0062	-0.0122	0.0707	0.0143	0.0528	-43.132	9.649	78.286
4	0.6113	-0.3994	-0.5013	1.4771	1.0438	2.7672	-0.1271	-0.0775	-0.0147	0.2591	0.0724	0.1204	0.2258	0.1445	0.0547	0.1054	0.0308	0.0059	0.0996	-0.0018	0.1299	-79.87	-62.397	2.471
5	0.5711	0.383	-0.3074	0.7234	-0.3803	1.7189	-0.0153	-0.1073	0.0472	0.2531	-0.0147	-0.0477	-0.1236	0.1011	0.03	0.2257	0.0358	-0.0389	0.1147	-0.0105	0.1072	-28.139	16.052	40.306
6	0.5014	0.4326	-0.2695	1.4696	-0.3616	1.5297	-0.0183	0.0498	-0.0127	-0.2374	0.0128	-0.0202	0.1215	-0.1124	0.0054	0.1595	-0.0013	-0.0424	0.1505	0.0075	0.086	-59.076	-24.417	-59.934
7	1.2589	0.6299	-0.3251	1.4866	-0.3237	0.901	0.2838	-0.1891	0.2192	0.4076	-0.0909	0.2116	-0.2927	0.031	-0.1929	0.4511	-0.0407	0.1165	0.1337	-0.0251	0.0929	-60.345	16.345	117.232
8	0.9108	-0.2645	0.2165	2.246	-1.2655	2.5879	-0.2331	-0.3866	-0.0523	0.5373	0.1606	-0.1743	-0.0904	0.2706	0.0725	0.304	0.1759	-0.0571	0.3531	0.0254	0.0286	-30.933	-32.598	59.96

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 322
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 322
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 322
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 322
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 322
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 321
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 322
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 319

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関連情報:EMDBヘッダ

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