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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j7n | ||||||
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タイトル | Virus model of brome mosaic virus (second half data set) | ||||||
![]() | Capsid protein | ||||||
![]() | VIRUS / capsid protein / BMV / beta barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() T=3 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
![]() | Wang, Z. / Hryc, C. / Bammes, B. / Afonine, P.V. / Jakana, J. / Chen, D.H. / Liu, X. / Baker, M.L. / Kao, C. / Ludtke, S.J. ...Wang, Z. / Hryc, C. / Bammes, B. / Afonine, P.V. / Jakana, J. / Chen, D.H. / Liu, X. / Baker, M.L. / Kao, C. / Ludtke, S.J. / Schmid, M.F. / Adams, P.D. / Chiu, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An atomic model of brome mosaic virus using direct electron detection and real-space optimization. 著者: Zhao Wang / Corey F Hryc / Benjamin Bammes / Pavel V Afonine / Joanita Jakana / Dong-Hua Chen / Xiangan Liu / Matthew L Baker / Cheng Kao / Steven J Ludtke / Michael F Schmid / Paul D Adams / Wah Chiu / ![]() 要旨: Advances in electron cryo-microscopy have enabled structure determination of macromolecules at near-atomic resolution. However, structure determination, even using de novo methods, remains ...Advances in electron cryo-microscopy have enabled structure determination of macromolecules at near-atomic resolution. However, structure determination, even using de novo methods, remains susceptible to model bias and overfitting. Here we describe a complete workflow for data acquisition, image processing, all-atom modelling and validation of brome mosaic virus, an RNA virus. Data were collected with a direct electron detector in integrating mode and an exposure beyond the traditional radiation damage limit. The final density map has a resolution of 3.8 Å as assessed by two independent data sets and maps. We used the map to derive an all-atom model with a newly implemented real-space optimization protocol. The validity of the model was verified by its match with the density map and a previous model from X-ray crystallography, as well as the internal consistency of models from independent maps. This study demonstrates a practical approach to obtain a rigorously validated atomic resolution electron cryo-microscopy structure. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 857.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 864.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6000MC ![]() 3j7lC ![]() 3j7mC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.7 TB Data #1: Brome Mosaic Virus micrographs - non gain corrected [micrographs - multiframe] Data #2: Brome Mosaic Virus micrographs - gain corrected [micrographs - multiframe]) ![]() Data size: 23.1 Data #1: Brome Mosaic Virus boxed particles [picked particles - single frame - processed]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
2 |
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20411.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Brome mosaic virus / タイプ: VIRUS |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: PLANTAE(HIGHER PLANTS) / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Triticum aestivum |
緩衝液 | pH: 5.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV). |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC / 日付: 2013年1月10日 |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k) |
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解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Single Particle / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30000 / ピクセルサイズ(公称値): 0.93 Å / ピクセルサイズ(実測値): 0.99 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: I) / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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