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- PDB-3j6j: 3.6 Angstrom resolution MAVS filament generated from helical reco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j6j
タイトル3.6 Angstrom resolution MAVS filament generated from helical reconstruction
要素Mitochondrial antiviral-signaling protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / CARD / MAVS / innate immunity / RIG-I / MDA5 / spontaneous filament formation / seeded filament formation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / RIG-I binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / CARD domain binding / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / protein localization to mitochondrion / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / RIG-I binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / CARD domain binding / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / protein localization to mitochondrion / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / peroxisomal membrane / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / TRAF6 mediated NF-kB activation / antiviral innate immune response / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of interferon-alpha production / signaling adaptor activity / ubiquitin ligase complex / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-8 production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / mitochondrial membrane / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / TRAF3-dependent IRF activation pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / molecular adaptor activity / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / innate immune response / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
IPS1, CARD domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial antiviral-signaling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Wu, B. / Peisley, A. / Li, Z. / Egelman, E. / Walz, T. / Penczek, P. / Hur, S.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2014
タイトル: Molecular imprinting as a signal-activation mechanism of the viral RNA sensor RIG-I.
著者: Bin Wu / Alys Peisley / David Tetrault / Zongli Li / Edward H Egelman / Katharine E Magor / Thomas Walz / Pawel A Penczek / Sun Hur /
要旨: RIG-I activates interferon signaling pathways by promoting filament formation of the adaptor molecule, MAVS. Assembly of the MAVS filament is mediated by its CARD domain (CARD(MAVS)), and requires ...RIG-I activates interferon signaling pathways by promoting filament formation of the adaptor molecule, MAVS. Assembly of the MAVS filament is mediated by its CARD domain (CARD(MAVS)), and requires its interaction with the tandem CARDs of RIG-I (2CARD(RIG-I)). However, the precise nature of the interaction between 2CARD(RIG-I) and CARD(MAVS), and how this interaction leads to CARD(MAVS) filament assembly, has been unclear. Here we report a 3.6 Å electron microscopy structure of the CARD(MAVS) filament and a 3.4 Å crystal structure of the 2CARD(RIG-I):CARD(MAVS) complex, representing 2CARD(RIG-I) "caught in the act" of nucleating the CARD(MAVS) filament. These structures, together with functional analyses, show that 2CARD(RIG-I) acts as a template for the CARD(MAVS) filament assembly, by forming a helical tetrameric structure and recruiting CARD(MAVS) along its helical trajectory. Our work thus reveals that signal activation by RIG-I occurs by imprinting its helical assembly architecture on MAVS, a previously uncharacterized mechanism of signal transmission.
履歴
登録2014年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_single_particle_entity / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32019年12月18日Group: Database references / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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  • マップデータ: EMDB-5925
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MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial antiviral-signaling protein
B: Mitochondrial antiviral-signaling protein
C: Mitochondrial antiviral-signaling protein
D: Mitochondrial antiviral-signaling protein
E: Mitochondrial antiviral-signaling protein
G: Mitochondrial antiviral-signaling protein
I: Mitochondrial antiviral-signaling protein
L: Mitochondrial antiviral-signaling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4158
ポリマ－90,4158
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 1 / Rise per n subunits: 5.13 Å / Rotation per n subunits: -101.1 °)

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要素

#1: タンパク質
Mitochondrial antiviral-signaling protein / MAVS / CARD adapter inducing interferon beta / Cardif / Interferon beta promoter stimulator protein ...MAVS / CARD adapter inducing interferon beta / Cardif / Interferon beta promoter stimulator protein 1 / IPS-1 / Putative NF-kappa-B-activating protein 031N / Virus-induced-signaling adapter / VISA


分子量: 11301.820 Da / 分子数: 8 / 断片: N-terminal CARD domain (UNP residues 1-97) / 変異: P2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IPS1, KIAA1271, MAVS, VISA / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q7Z434

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: MAVS filament / タイプ: COMPLEX / 詳細: infinite filament
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: YES
緩衝液名称: 20 mM Tris, 150 mM NaCl / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: glow-discharged Quantifoil R1.2/1.3 holey carbon grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: NITROGEN / 詳細: Plunged in liquid nitrogen (FEI VITROBOT MARK I)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2013年8月10日
詳細: Movies were recorded at liquid nitrogen temperature with a K2 Summit direct detector device camera operated in super-resolution mode with dose-fractionation.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 倍率（補正後）: 40410 X / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 31 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: FEI
画像スキャンデジタル画像の数: 1863
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1PHENIXモデルフィッティング
2Helicon３次元再構成
らせん対称回転角度/サブユニット: 101.1 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.13 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ピクセルサイズ（公称値）: 1.1 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.1 Å
詳細: The electron density map of the filament was reconstructed using a helical geometrically constrained reconstruction approach (Helicon).
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 136.08 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--local refinement REFINEMENT PROTOCOL--rigid body with TLS
精密化解像度: 3.64→99.2 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 1 / 位相誤差: 37.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2764 1729 5.1 %
Rwork0.2377 32187 -
obs0.2397 33916 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 329.95 Å2 / Biso mean: 160.475 Å2 / Biso min: 88.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.64→99.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6344 0 0 0 6344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0076496
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.2578840
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051968
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051144
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.6682352
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.64-3.74750.49341610.481327392900100
3.7475-3.86850.54061350.443325802715100
3.8685-4.00670.45691480.38727612909100
4.0067-4.16710.38051380.343826582796100
4.1671-4.35680.36181480.301827152863100
4.3568-4.58650.27721210.256726402761100
4.5865-4.87380.28981390.247627332872100
4.8738-5.25010.30921650.228726622827100
5.2501-5.77840.28211530.232126852838100
5.7784-6.61440.2621350.212127052840100
6.6144-8.33280.20911540.170226222776100
8.3328-99.23680.18071320.1752687281999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15543.68361.10942.52722.67186.91830.31520.22710.78262.323-0.9990.99661.75610.64280.00991.2080.1340.09161.21610.09931.070217.918717.288122.468
24.53431.23461.42525.47881.19433.82780.9578-0.163-0.04470.4086-0.66770.92820.07110.123-0.48921.1824-0.07240.04351.1219-0.05821.21169.9795.375511.6554
39.04071.97788.28982.11433.49498.99622.28271.6904-1.49831.3876-0.99522.25880.2202-0.4196-0.57821.05120.26180.1281.81420.02681.38128.83188.164417.2166
47.11060.82461.1879.30870.413510.126-1.1899-1.08711.4894-1.67060.0681-0.6925-0.0141-0.76720.6121.20620.1459-0.15251.1063-0.21231.254920.712415.846112.2792
51.81932.73211.8259.31982.2157.71914.2593-1.15046.15621.40390.21442.27785.38321.007-1.64582.9826-0.0814-0.89551.16390.1683-0.223725.8529-2.311841.1618
66.91122.98461.11072.11796.21516.5965-0.75261.45852.284-7.0671-0.36950.5416-2.8715-0.69461.38581.8846-0.1992-0.33541.17190.01811.962816.385-0.512428.3792
72.176-7.54931.54772.486-1.18157.4825-2.51840.28550.58170.85112.31520.0833-1.64242.38980.6111.5842-0.3114-0.06781.5664-0.25711.44727.649-9.568332.5115
82.36991.71772.93782.4222-0.93592.13321.333-1.72813.0902-2.3246-1.2423-2.43221.3565-0.10250.37441.1830.4568-0.03741.62220.24291.769212.878-2.391336.2322
98.49642.20614.13016.47631.73857.1297-0.12431.72731.00150.6287-0.62940.7619-1.63051.12110.62111.26760.0799-0.08451.24780.27981.385626.9496-5.420130.8811
101.8543-5.6991.77412.05190.38680.383-2.0424-1.7032.22161.71742.4558-0.50521.6314-3.0416-0.13041.8581-0.59730.1651.56170.24311.101913.7049-25.856527.0793
113.60670.06442.04828.0279-1.7254.1276-0.23021.24881.0695-0.32690.12240.0145-0.6171-0.6680.19611.0361-0.0611-0.30921.14970.08881.73593.5437-15.776616.6274
125.4123-5.02472.87997.1608-6.742210.0380.0254-0.40150.5937-1.36962.4870.7620.91781.1005-2.76721.8097-0.2844-0.12321.079-0.20341.77846.3784-15.141922.0899
139.3361-1.56220.45035.3220.17285.37930.39520.3151-1.5646-0.9929-0.8833-0.0702-0.62831.4516-0.00561.2814-0.04230.15691.06180.11891.198311.5766-28.337916.9017
148.78573.5551.76472.32543.74865.3352-0.92981.1223-0.07711.06361.19072.0415-1.11051.5309-0.33040.9585-0.0136-0.24831.50160.19841.4839-7.241425.050236.6432
155.05250.7732-0.44677.40933.89362.40360.46422.3307-0.1611-0.1761-0.38320.2713-0.0428-0.2729-0.04571.12060.20210.08891.5712-0.03361.1723-1.656711.794725.9685
162.101-0.05180.53526.97994.67922.250.72550.293-0.34621.04030.96080.40990.91810.2917-1.79021.3575-0.30690.01811.06650.01061.5682-4.719912.322431.6321
176.1128-0.899-2.76868.23152.42369.1520.65630.28420.0246-1.5637-2.13820.88181.1231-1.48951.17821.42250.0068-0.0081.2977-0.26181.1161-4.556526.556926.3529
182.2442-8.33644.17292.1223-3.93066.48951.2647-2.01590.6396-2.5641-1.2431-0.15191.7403-1.3667-0.30011.53050.03620.01161.05640.16451.448125.1897-8.46368.663
194.23064.21744.71032.41282.97692.731-0.1833-0.8570.6157-0.1226-0.12080.1771-0.1938-0.30970.59541.2928-0.0751-0.01761.0716-0.15781.292111.006-8.2897-2.4355
206.6831-6.37971.56532.0092-6.21199.41130.3394-0.68550.234-2.8538-0.63151.90051.20561.20730.561.77240.25870.29011.0366-0.13911.12212.5956-5.73513.282
2110.4125-0.67165.17085.14260.85789.046-0.86631.6647-0.43840.8907-1.2662-0.6102-1.4541.86041.63381.3021-0.1832-0.23441.20250.25461.660525.5416-11.5635-1.5996
222.09578.7358-0.60472.2928-1.68542.05840.45781.1402-1.19091.76960.2804-1.2892-0.848-1.7542-0.45711.03470.07250.15181.562-0.20641.1295-12.631-28.260813.0347
233.052-3.4621.02786.1477-3.37312.66840.59860.42460.14260.1742-0.51740.49570.3875-0.65690.17790.97090.02990.00461.1283-0.03551.4153-9.8326-14.12312.2858
242.09922.461-5.77945.3988-2.26668.22980.411.1611.73480.69360.4135-0.86660.8790.8445-0.46231.0053-0.2175-0.14481.7753-0.05061.1412-7.6878-16.36127.8493
255.22320.34691.05879.3348-4.84366.47250.0003-0.6791-0.4887-1.4208-0.7359-0.62141.14330.82220.49190.94870.09170.17941.44220.25591.4503-15.7459-28.00642.9821
261.9478-1.8-2.89072.25751.82850.9227-0.8734-2.5872-1.3989-2.0572-0.5290.2773-1.75790.06421.08211.6938-0.2427-0.26091.34270.16361.0423-24.515613.419617.7209
277.3831.7727-2.54873.22020.19573.083-1.09160.0436-1.0634-0.22781.01840.1957-0.8166-0.34420.41721.0584-0.0859-0.01990.99620.02581.5157-11.36887.82866.9247
289.5894-2.6197-1.63242.22028.04368.2263-0.576-1.5636-1.4572-1.81810.9664-0.72810.6162-0.8987-0.33291.6036-0.104-0.14080.96780.29321.2299-14.06396.12912.603
296.9521-1-1.42825.098-2.37456.87080.21021.67530.69290.1357-0.60290.51730.6007-0.3560.20931.2056-0.1650.06951.2725-0.19931.4033-23.649816.38587.7113
302.2901-6.8929-5.10166.81483.43673.69421.4646-0.0204-0.1645-0.2278-1.2522-0.442-1.9852-1.3406-0.06451.53850.40180.07560.9457-0.17411.4531-27.2918-13.2431.9258
314.50150.7352-1.9785.1847-3.43713.49190.28790.10370.1624-2.6988-0.6015-0.31350.10620.27910.38561.5099-0.01650.27050.9688-0.14151.4086-15.4763-5.085521.2677
321.9351-0.3068-2.69850.12881.03916.46410.2321-1.6823-2.3794-0.35510.54760.3451-1.02181.7576-0.94080.90970.06770.0041.3676-0.10481.709-15.3015-8.226727.0814
334.343-0.24420.71487.612-0.30488.4753-1.30980.6013-0.4380.7943-0.20621.50081.28371.2860.93741.09620.24210.12631.29810.05621.5897-29.2838-10.923521.6584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1ELECTRON MICROSCOPY1chain 'A' and (resid 1 through 14 )A0
2ELECTRON MICROSCOPY2chain 'A' and (resid 15 through 49 )A0
3ELECTRON MICROSCOPY3chain 'A' and (resid 50 through 64 )A0
4ELECTRON MICROSCOPY4chain 'A' and (resid 65 through 97 )A0
5ELECTRON MICROSCOPY5chain 'B' and (resid 1 through 14 )B0
6ELECTRON MICROSCOPY6chain 'B' and (resid 15 through 30 )B0
7ELECTRON MICROSCOPY7chain 'B' and (resid 31 through 49 )B0
8ELECTRON MICROSCOPY8chain 'B' and (resid 50 through 64 )B0
9ELECTRON MICROSCOPY9chain 'B' and (resid 65 through 97 )B0
10ELECTRON MICROSCOPY10chain 'C' and (resid 1 through 14 )C0
11ELECTRON MICROSCOPY11chain 'C' and (resid 15 through 49 )C0
12ELECTRON MICROSCOPY12chain 'C' and (resid 50 through 64 )C0
13ELECTRON MICROSCOPY13chain 'C' and (resid 65 through 97 )C0
14ELECTRON MICROSCOPY14chain 'D' and (resid 1 through 14 )D0
15ELECTRON MICROSCOPY15chain 'D' and (resid 15 through 49 )D0
16ELECTRON MICROSCOPY16chain 'D' and (resid 50 through 64 )D0
17ELECTRON MICROSCOPY17chain 'D' and (resid 65 through 97 )D0
18ELECTRON MICROSCOPY18chain 'E' and (resid 1 through 14 )E0
19ELECTRON MICROSCOPY19chain 'E' and (resid 15 through 49 )E0
20ELECTRON MICROSCOPY20chain 'E' and (resid 50 through 64 )E0
21ELECTRON MICROSCOPY21chain 'E' and (resid 65 through 97 )E0
22ELECTRON MICROSCOPY22chain 'G' and (resid 1 through 14 )G0
23ELECTRON MICROSCOPY23chain 'G' and (resid 15 through 49 )G0
24ELECTRON MICROSCOPY24chain 'G' and (resid 50 through 64 )G0
25ELECTRON MICROSCOPY25chain 'G' and (resid 65 through 97 )G0
26ELECTRON MICROSCOPY26chain 'I' and (resid 1 through 14 )I0
27ELECTRON MICROSCOPY27chain 'I' and (resid 15 through 49 )I0
28ELECTRON MICROSCOPY28chain 'I' and (resid 50 through 64 )I0
29ELECTRON MICROSCOPY29chain 'I' and (resid 65 through 97 )I0
30ELECTRON MICROSCOPY30chain 'L' and (resid 1 through 14 )L0
31ELECTRON MICROSCOPY31chain 'L' and (resid 15 through 49 )L0
32ELECTRON MICROSCOPY32chain 'L' and (resid 50 through 64 )L0
33ELECTRON MICROSCOPY33chain 'L' and (resid 65 through 97 )L0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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