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- PDB-3izd: リボソーム大サブユニットRNA(拡張部位E27L-out状態)のモデル - Saccharomyces cerevisiae(パン... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 3izd
タイトルModel of the large subunit RNA expansion segment ES27L-out based on a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome. 3IZD is a small part (an expansion segment) which is in an alternative conformation to what is in already 3IZF.
記述子151-MER
キーワードRIBOSOME / eukaryotic ribosome / homology modelling / de novo modeling / ribosomal RNA / rRNA / RNA expansion segments
試料の由来Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
手法電子顕微鏡 (8.6 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Armache, J.-P. / Jarasch, A. / Anger, A.M. / Villa, E. / Becker, T. / Bhushan, S. / Jossinet, F. / Habeck, M. / Dindar, G. / Franckenberg, S. / Marquez, V. / Mielke, T. / Thomm, M. / Berninghausen, O. / Beatrix, B. / Soeding, J. / Westhof, E. / Wilson, D.N. / Beckmann, R.
引用Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2010, 107, 19748-19753

primary. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2010, 107, 19748-19753 万見文献
Cryo-EM structure and rRNA model of a translating eukaryotic 80S ribosome at 5.5-A resolution.
Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter Marquez / Thorsten Mielke / Michael Thomm / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Johannes Söding / Eric Westhof / Daniel N Wilson / Roland Beckmann

#1. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 2010, 107, 19754-19759 万見文献
Localization of eukaryote-specific ribosomal proteins in a 5.5-A cryo-EM map of the 80S eukaryotic ribosome.
Armache, J.P. / Jarasch, A. / Anger, A.M. / Villa, E. / Becker, T. / Bhushan, S. / Jossinet, F. / Habeck, M. / Dindar, G. / Franckenberg, S. / Marquez, V. / Mielke, T. / Thomm, M. / Berninghausen, O. / Beatrix, B. / Soding, J. / Westhof, E. / Wilson, D.N. / Beckmann, R.

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2010年10月13日 / 公開: 2010年12月1日
改定日付Data content typeGroupProviderタイプ
1.02010年12月1日Structure modelrepositoryInitial release
1.12011年7月13日Structure modelVersion format compliance
1.22012年5月30日Structure modelRefinement description

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1667
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1669
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  • マップデータ: EMDB-1667
  • UCSF CHIMERAによる作画
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ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA expansion segment ES27L in an "out" conformation


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7221
ポリマ-48,7221
非ポリマ-00
0
#1


タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1

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構成要素

#1: RNA鎖rRNA expansion segment ES27L in an "out" conformation


分子量: 48721.582 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
参照: GenBank: U53879.1

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

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試料調製

構成要素名称: Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 8.6 Å / 粒子像の数: 35800 / 対称性のタイプ: POINT
置いた原子数 #LASTタンパク質: 0 / 核酸: 3044 / リガンド: 0 / 溶媒: 0 / 合計: 3044

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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