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万見
- PDB-3iz0: Human Ndc80 Bonsai Decorated Microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iz0
タイトルHuman Ndc80 Bonsai Decorated Microtubule
要素
  • NDC80-SPC25 chimera protein, Chain B from PDB 2VE7 (Ndc80 bonsai)
  • NUF2-SPC24 chimera protein, Chain D from PDB 2VE7 (Ndc80 bonsai)
  • alpha tubulin, Chain A from PDB 1JFF
  • beta tubulin, Chain B from PDB 1JFF
キーワードCELL CYCLE / Ndc80 / HEC1 / NUF2 / tubulin / kinetochore / mitosis / calponin homology domain / microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore ...G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / kinetochore => GO:0000776 / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / spindle assembly involved in female meiosis I / positive regulation of axon guidance / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / microtubule-based process / centrosome duplication / chromosome, centromeric region / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cyclin binding / mitotic spindle organization / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of protein stability / structural constituent of cytoskeleton / kinetochore / microtubule cytoskeleton organization / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cell cycle / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / centrosome / protein-containing complex binding / nucleolus / GTP binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore protein Spc25 / Chromosome segregation protein Spc25 / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family ...Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore protein Spc25 / Chromosome segregation protein Spc25 / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80 / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TAXOL / Kinetochore protein Nuf2 / Kinetochore protein Spc24 / Kinetochore protein NDC80 homolog / Tubulin alpha-1B chain / Kinetochore protein Hec1 / Tubulin beta-2B chain / Kinetochore protein Nuf2 / Kinetochore protein Spc25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å
データ登録者Alushin, G.M. / Ramey, V.H. / Pasqualato, S. / Ball, D.A. / Grigorieff, N. / Musacchio, A. / Nogales, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: The Ndc80 kinetochore complex forms oligomeric arrays along microtubules.
著者: Gregory M Alushin / Vincent H Ramey / Sebastiano Pasqualato / David A Ball / Nikolaus Grigorieff / Andrea Musacchio / Eva Nogales /
要旨: The Ndc80 complex is a key site of regulated kinetochore-microtubule attachment (a process required for cell division), but the molecular mechanism underlying its function remains unknown. Here we ...The Ndc80 complex is a key site of regulated kinetochore-microtubule attachment (a process required for cell division), but the molecular mechanism underlying its function remains unknown. Here we present a subnanometre-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of the human Ndc80 complex bound to microtubules, sufficient for precise docking of crystal structures of the component proteins. We find that the Ndc80 complex binds the microtubule with a tubulin monomer repeat, recognizing α- and β-tubulin at both intra- and inter-tubulin dimer interfaces in a manner that is sensitive to tubulin conformation. Furthermore, Ndc80 complexes self-associate along protofilaments through interactions mediated by the amino-terminal tail of the NDC80 protein, which is the site of phospho-regulation by Aurora B kinase. The complex's mode of interaction with the microtubule and its oligomerization suggest a mechanism by which Aurora B could regulate the stability of load-bearing kinetochore-microtubule attachments.
履歴
登録2010年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_single_particle_entity / em_software
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5223
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5223
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5223
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha tubulin, Chain A from PDB 1JFF
B: beta tubulin, Chain B from PDB 1JFF
C: NDC80-SPC25 chimera protein, Chain B from PDB 2VE7 (Ndc80 bonsai)
D: NUF2-SPC24 chimera protein, Chain D from PDB 2VE7 (Ndc80 bonsai)
E: NDC80-SPC25 chimera protein, Chain B from PDB 2VE7 (Ndc80 bonsai)
F: NUF2-SPC24 chimera protein, Chain D from PDB 2VE7 (Ndc80 bonsai)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,61411
ポリマ－230,7046
非ポリマー1,9105
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
詳細AUTHORS STATE THAT THE NDC80 COMPLEX FORMS OLIGOMERS ALONG MICROTUBULE PROTOFILAMENTS, BINDING ONCE PER TUBULIN MONOMER. THIS ENTRY CONSISTS OF COORDINATES FOR ONE TUBULIN HETERODIMER BOUND TO A CLUSTER OF 2 NDC80 MOLECULES. THE BINDING SITE IS FORMED BETWEEN TUBULIN MONOMERS, AND THUS THERE IS ONE COMPLETE NDC80-TUBULIN INTERFACE AND ONE NDC80-NDC80 INTERFACE. LARGER CLUSTERS ARE MORE PREVALENT IN VITRO AND ARE LIKELY TO EXIST IN VIVO.

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ABCEDF

#1: タンパク質 alpha tubulin, Chain A from PDB 1JFF


分子量: 50107.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: cytoskeleton / 組織: brain / 参照: UniProt: P81947*PLUS
#2: タンパク質 beta tubulin, Chain B from PDB 1JFF


分子量: 49907.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: cytoskeleton / 組織: brain / 参照: UniProt: Q6B856*PLUS
#3: タンパク質 NDC80-SPC25 chimera protein, Chain B from PDB 2VE7 (Ndc80 bonsai)


分子量: 36351.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDC80 SPC25, SPBC25, AD024 / プラスミド: pGEX6p-2RBS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q05DQ6, UniProt: Q9HBM1, UniProt: O14777*PLUS
#4: タンパク質 NUF2-SPC24 chimera protein, Chain D from PDB 2VE7 (Ndc80 bonsai)


分子量: 28993.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUF2, RP11-77M5.2-004, SPC24 / プラスミド: pGEX6p-2RBS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B1AQT4, UniProt: C9JGC4, UniProt: Q9BZD4*PLUS

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非ポリマー , 5種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-TA1 / TAXOL / パクリタキセル


分子量: 853.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H51NO14 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubuleCOMPLEX2 copies of the Ndc80 bonsai complex bind to each tubulin heterodimer. Ndc80 bonsai is a heterodimer of Ndc80-Spc25 and Nuf2-Spc24 Tubulin is a heterodimer of alpha-beta tubulin0
2tubulin1
3Ndc80-Spc25 Chimera1
4Nuf2-Spc24 Chimera1
分子量値: 0.26 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 6.8
詳細: 80mM PIPES, 1mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM DTT, 0.05% Nonidet P-40, 20uM taxol
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 80mM PIPES, 1mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM DTT, 0.05% Nonidet P-40, 20uM taxol
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
手法: 2ul of 0.25 mg per ml MTs applied to grid for 1 minute 4ul of 0.7 mg per ml Ndc80 bonsai added, 1 minute manually blotted, then another 4ul of Ndc80 applied 1 minute 2ul removed with pipetter ...手法: 2ul of 0.25 mg per ml MTs applied to grid for 1 minute 4ul of 0.7 mg per ml Ndc80 bonsai added, 1 minute manually blotted, then another 4ul of Ndc80 applied 1 minute 2ul removed with pipetter Blot for 2 seconds before plunging, 0mm offset

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2009年3月12日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.2 mm
非点収差: objective lens astigmatism corrected at 100Kx mag
カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 資料ホルダタイプ: side-entry / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2FREALIGN３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
3次元再構成手法: IRSHR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Particles were initially aligned using IHRSR protocol in SPIDER with naked MT as reference. Final reconstruction and CTF correction was performed with FREALIGN. A B-factor of -450 was applied ...詳細: Particles were initially aligned using IHRSR protocol in SPIDER with naked MT as reference. Final reconstruction and CTF correction was performed with FREALIGN. A B-factor of -450 was applied with BFACTOR. FSC was calculated only for MT and Ndc80-NUF2 head, disordered outer head was excluded with soft mask.
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築
IDプロトコル空間詳細
1RIGID BODY FITREALREFINEMENT PROTOCOL--Rigid Body
2RIGID BODY FITREALREFINEMENT PROTOCOL--Rigid Body
3RIGID BODY FITREALREFINEMENT PROTOCOL--Rigid Body
4RIGID BODY FITREALREFINEMENT PROTOCOL--Rigid Body
原子モデル構築

Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-ID
11JFF

1jff

A11JFF1
21JFF

1jff

B21JFF1
32VE7

2ve7

B32VE72
42VE7

2ve7

D42VE72
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12030 0 124 0 12154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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