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- PDB-1yyf: Correction of X-ray Intensities from an HslV-HslU co-crystal cont... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yyf
タイトルCorrection of X-ray Intensities from an HslV-HslU co-crystal containing lattice translocation defects
要素
  • ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
  • ATP-dependent protease hslV
キーワードCHAPERONE/HYDROLASE / Lattice translocation Defect / HslV-HslU / ATP-dependent proteolysis / Quaternary Structure / CHAPERONE-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein denaturation / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / proteasome core complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / protein unfolding / threonine-type endopeptidase activity / serine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity ...protein denaturation / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / proteasome core complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / protein unfolding / threonine-type endopeptidase activity / serine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / cellular response to heat / response to heat / protein domain specific binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein HslU / ATP-dependent protease, HslV subunit / : / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit ...Heat shock protein HslU / ATP-dependent protease, HslV subunit / : / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent protease ATPase subunit HslU / ATP-dependent protease subunit ClpQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.16 Å
データ登録者Wang, J. / Rho, S.H. / Park, H.H. / Eom, S.H.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Correction of X-ray intensities from an HslV-HslU co-crystal containing lattice-translocation defects.
著者: Wang, J. / Rho, S.H. / Park, H.H. / Eom, S.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Correction of X-ray intensities from single crystals with lattice translocation defects
著者: Wang, J. / Kamtekar, S. / Berman, A.J. / Steitz, T.A.
#2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: A second response in correcting the HslV-HslU quaternary structure
著者: Wang, J.
#3: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: The quaternary arrangement of HslU and HslV in a co-crystal: A response to Wang, Yale
著者: Bochtler, M. / Song, H.K. / Hartmann, C. / Ramachandran, R. / Huber, R.
#4: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: A corrected quaternary arrangement of the peptidase HslV and ATPase HslU in a cocrystal structure
著者: Wang, J.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: The structures of HslU and the ATP-dependent protease HslU-HslV
著者: Bochtler, M. / Hartmann, C. / Song, H.K. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Huber, R.
履歴
登録2005年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
B: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
D: ATP-dependent protease hslV
C: ATP-dependent protease hslV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,1806
ポリマ－138,3264
非ポリマー8542
水00
1
A: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
B: ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU
D: ATP-dependent protease hslV
C: ATP-dependent protease hslV
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)835,08336
ポリマ－829,95624
非ポリマー5,12612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_545y+1/3,x-1/3,-z+2/31
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)181.196, 181.196, 529.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
12A
22B
13A
23B
14C
24D
34C
44D
15C
25D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETVALVAL1AA1 - 961 - 96
211METMETVALVAL1BB1 - 961 - 96
321HISHISALAALA2AA250 - 334250 - 334
421HISHISALAALA2BB250 - 334250 - 334
112ASPASPGLNGLN1AA97 - 24997 - 249
212ASPASPGLNGLN1BB97 - 24997 - 249
113LEULEULEULEU1AA335 - 443335 - 443
213LEULEULEULEU1BB335 - 443335 - 443
114SERSERGLNGLN1CD2 - 302 - 30
214SERSERGLNGLN1DC2 - 302 - 30
324GLYGLYGLUGLU2CD125 - 181125 - 181
424GLYGLYGLUGLU2DC125 - 181125 - 181
115ALAALAASPASP1CD31 - 12431 - 124
215ALAALAASPASP1DC31 - 12431 - 124

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質 ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit hslU / Heat shock protein hslU


分子量: 49659.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hslU, htpI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6H5
#2: タンパク質 ATP-dependent protease hslV


分子量: 19503.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: hslV, clpQ, codW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P39070, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.67 %
結晶化手法: 蒸発脱水法 / 詳細: EVAPORATION

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.16→34.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.839 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.751 / SU B: 55.109 / SU ML: 0.725 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.894 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34572 1299 5.1 %RANDOM
Rwork0.27668 ---
all0.28 ---
obs0.2802 24225 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.23 Å24.11 Å20 Å2
2--8.23 Å20 Å2
3----12.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.16→34.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9161 0 54 0 9215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0219164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9041.97112394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.11651170
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.21448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3730.25581
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2870.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3740.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3310.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9851.55830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92929338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30433334
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3184.53056
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1095tight positional0.090.05
2A906tight positional0.090.05
3A845tight positional0.110.05
4C440tight positional0.070.05
5C734tight positional0.070.05
1A301medium positional0.290.5
4C175medium positional0.220.5
1A1095tight thermal0.110.5
2A906tight thermal0.10.5
3A845tight thermal0.110.5
4C440tight thermal0.090.5
5C734tight thermal0.10.5
1A301medium thermal0.792
4C175medium thermal0.722
LS精密化 シェル解像度: 4.16→4.377 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.375 176
Rwork0.303 3412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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