PDB-3ixt: Crystal Structure of Motavizumab Fab Bound to Peptide Epitope

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ixt

タイトル

Crystal Structure of Motavizumab Fab Bound to Peptide Epitope

要素

Fusion glycoprotein F1
Motavizumab Fab heavy chain
Motavizumab Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / RSV / Synagis / Motavizumab / monoclonal / complex / Cell membrane / Cleavage on pair of basic residues / Disulfide bond / Envelope protein / Fusion protein / Glycoprotein / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Transmembrane / Virion

機能・相同性

機能・相同性情報

Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Human respiratory syncytial virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

McLellan, J.S. / Chen, M. / Kim, A. / Yang, Y. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of respiratory syncytial virus neutralization by motavizumab.
著者: McLellan, J.S. / Chen, M. / Kim, A. / Yang, Y. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.

履歴

登録	2009年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ixt.cif.gz	358.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ixt.ent.gz	293.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ixt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/3ixt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/3ixt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hwzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bky-d 2osl-1 4wne-d 6fy2-2 6vi1-6 2j4w-d 3mug-5 4fq2-d 6bli-4 3mlx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (3) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

L: Motavizumab Fab light chain

H: Motavizumab Fab heavy chain

P: Fusion glycoprotein F1

B: Motavizumab Fab light chain

A: Motavizumab Fab heavy chain

C: Fusion glycoprotein F1

ヘテロ分子

101 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Motavizumab Fab light chain

H: Motavizumab Fab heavy chain

P: Fusion glycoprotein F1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Motavizumab Fab light chain

A: Motavizumab Fab heavy chain

C: Fusion glycoprotein F1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.752, 90.752, 232.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-220- HOH
2	1	A-242- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain L and (resseq 1:209 )
2	1	1	chain B and (resseq 1:209 )
1	1	2	chain H and (resseq 1:128 or resseq 137:215 )
2	1	2	chain A and (resseq 1:128 or resseq 137:215 )
1	1	3	chain P and (resseq 4:27 )
2	1	3	chain C and (resseq 4:27 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体	Motavizumab Fab light chain 分子量: 23150.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: humanized-mouse antibody / 細胞株 (発現宿主): 293F cells / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Motavizumab Fab heavy chain 分子量: 24284.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: humanized-mouse antibody / 細胞株 (発現宿主): 293F cells / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Fusion glycoprotein F1 / Fusion glycoprotein F0 / Protein F 分子量: 2759.143 Da / 分子数: 2 / Fragment: sequence database residues 254-277 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Human respiratory syncytial virus (ウイルス) 株: A2 / 参照: UniProt: P03420
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 17.5% PEG 8000, 0.2 M zinc acetate, 0.1 M cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.82656 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日
放射	モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 24653 / Num. obs: 23510 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2HWZ

2hwz

解像度: 2.75→33.256 Å / SU ML: 2.86 / σ(F): 0.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	1149	4.89 %	random
R_work	0.2132	-	-	-
obs	0.2162	23502	89.66 %	-
all	-	26212	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.71 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2235 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.2235 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.6855 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→33.256 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6848	0	12	150	7010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7025
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.742	9545
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.164	2486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1095
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1208

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	L	1607	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1607	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
2	1	H	1620	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	A	1620	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
3	1	P	188	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	C	188	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.142

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7457-2.8706	0.4061	124	0.2883	2274	X-RAY DIFFRACTION	75
2.8706-3.0219	0.2797	127	0.252	2626	X-RAY DIFFRACTION	86
3.0219-3.211	0.2976	146	0.2259	2766	X-RAY DIFFRACTION	90
3.211-3.4587	0.3185	137	0.23	2820	X-RAY DIFFRACTION	92
3.4587-3.8064	0.2715	149	0.2035	2911	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8064-4.3561	0.2343	126	0.1806	2957	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3561-5.4842	0.2122	165	0.1723	2940	X-RAY DIFFRACTION	94
5.4842-33.258	0.2948	175	0.2252	3059	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4151	1.4149	-0.4145	2.2045	1.6855	1.4865	-0.0452	0.1324	0.1106	-0.2761	-0.0415	0.1061	0.0649	-0.1003	0.0566	0.2928	-0.1287	-0.0268	0.2653	0.0273	0.2036	-23.4708	-0.9255	-9.066
2	0.0995	0.1807	-0.4311	1.0317	-0.4463	3.122	0.08	0.1252	0.1228	-0.0812	0.0884	0.2233	-0.4607	-0.2987	-0.1923	0.1992	-0.0805	0.0546	0.2056	0.0341	0.2294	-43.0189	-16.2108	18.3653
3	-0.0633	0.1309	-0.1713	1.9614	-0.2601	1.67	0.0006	-0.1507	-0.2686	0.3249	-0.1834	-0.4936	0.0676	0.2981	0.3593	0.1836	-0.1073	-0.049	0.2134	0.0502	0.3572	-12.9744	10.1987	7.074
4	0.7264	0.4767	0.7276	1.2214	0.0304	0.7817	0.1323	0.0874	-0.1415	-0.466	-0.0411	-0.0896	-0.2642	0.2727	-0.146	0.3298	-0.0695	0.0647	0.1572	0.0471	0.3779	-27.0619	-12.2489	22.5495
5	0.8408	0.7967	0.6776	1.917	-0.3062	0.8572	-0.2312	0.5355	-0.0951	-0.3402	0.0012	-0.2464	0.2279	-0.1064	0.1393	0.4955	-0.2927	-0.017	0.4956	0.0713	0.1943	-45.099	23.2143	-9.3561
6	1.0756	-0.0036	0.8481	1.2942	-1.1318	2.9405	-0.0461	-0.1814	0.1954	0.2233	-0.1814	-0.2009	0.0465	0.3577	0.2485	0.3855	-0.0918	-0.0502	0.4182	0.0126	0.2269	-26.0834	37.6898	18.7756
7	0.4857	0.9401	0.6832	2.0396	0.4276	1.8537	-0.0272	-0.1227	-0.0355	0.2127	-0.0362	0.067	0.1485	-0.5089	0.0114	0.3375	-0.1943	-0.1098	0.3957	0.1049	0.3095	-55.7291	11.6259	6.3139
8	1.4273	-0.9699	-0.0193	0.902	-1.7035	3.7333	0.1404	-0.0267	0.3398	0.0603	0.104	0.1135	-0.1965	-0.4231	-0.2044	0.3509	-0.0465	-0.0565	0.2704	-0.0037	0.3397	-42.0691	33.4886	22.6963
9	1.1412	-1.0066	-0.3718	2.6752	0.6891	4.1223	0.0831	-0.1026	0.5171	-0.2798	-0.5869	-1.5353	-0.8815	0.6739	0.3686	0.7614	-0.3316	0.2524	0.5266	0.0978	0.5419	-1.7019	14.5149	-12.1694
10	0.4483	-1.4767	-3.5778	-0.4464	-0.7635	0.7687	-0.9076	0.8322	0.1063	0.2797	-0.1137	0.6329	0.6518	-0.4986	0.4041	1.016	-0.4602	-0.1897	0.7162	0.0115	0.3704	-66.9426	7.959	-13.2454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain L and resid 1:106	L	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain L and resid 107:213	L	107 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain H and resid 1:113	H	1 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain H and resid 114:218	H	114 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resid 1:106	B	1 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 107:213	B	107 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 1:113	A	1 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 114:218	A	114 - 218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain P	P	253 - 278
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain C	C	253 - 278

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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