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- PDB-3ixc: Crystal structure of hexapeptide transferase family protein from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ixc
タイトルCrystal structure of hexapeptide transferase family protein from Anaplasma phagocytophilum
要素Hexapeptide transferase family protein
キーワードTRANSFERASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / gram-negative bacteria / human granulocytic anaplasmosis / beta helix
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexapeptide transferase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hexapeptide transferase family protein from Anaplasma phagocytophilum
著者: Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2009年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexapeptide transferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5742
ポリマ－20,5501
非ポリマー241
水3,513195
1
A: Hexapeptide transferase family protein
ヘテロ分子

A: Hexapeptide transferase family protein
ヘテロ分子

A: Hexapeptide transferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7226
ポリマ－61,6493
非ポリマー733
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_556y+1/2,-z+1/2,-x+11
Buried area4760 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.091, 92.091, 92.091
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-262-

HOH

21A-268-

HOH

31A-307-

HOH

41A-347-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hexapeptide transferase family protein


分子量: 20549.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)
株: HZ / 遺伝子: APH_1197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2GIS1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE METAL ION AT RESIDUE 171 IN CHAIN A IS UNKNOWN BUT SUSPECTED TO BE MG2+ BASED ON SOME EVIDENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Hampton CSHT condition D12, 2.0 M ammonium phosphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 26.5 mg/mL protein, crystal tracking ID 204803d12, expression tag not removed prior to crystallization, VAPOR ...詳細: Hampton CSHT condition D12, 2.0 M ammonium phosphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 26.5 mg/mL protein, crystal tracking ID 204803d12, expression tag not removed prior to crystallization, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 32905 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.46
反射 シェル解像度: 1.61→1.67 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 2802 / % possible all: 84.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 51.23 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å30.7 Å
Translation2.5 Å30.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XHD

1xhd


解像度: 1.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.205 / WRfactor Rwork: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.872 / SU B: 2.803 / SU ML: 0.044 / SU R Cruickshank DPI: 0.072 / SU Rfree: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1674 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.176 32887 96.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.39 Å2 / Biso mean: 12.376 Å2 / Biso min: 5.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1227 0 1 195 1423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.9621876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0785198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.04122.850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52815246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.9591510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4511.5872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85221419
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5233495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5064.5441
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.652 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 81 -
Rwork0.338 1908 -
all-1989 -
obs--80.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1365-0.6611.95633.3790.02548.5329-0.03090.14450.1571-0.3224-0.0439-0.1609-0.5140.26530.07480.1066-0.0327-0.01290.03830.03040.034732.05647.96842.6064
20.78910.12390.17821.170.40081.8713-0.00580.03720.1151-0.0982-0.0220.0201-0.1764-0.00110.02770.04340.006-0.01080.0056-0.0020.034132.03975.474853.6075
31.4274-0.0467-0.46721.18690.17021.2286-0.00520.04630.0633-0.0647-0.04550.09870.015-0.13830.05070.02280.0042-0.01290.0367-0.02420.03523.0227-2.052961.4133
40.41690.17330.23562.18720.90022.7949-0.027-0.0697-0.0610.1524-0.03980.19670.2274-0.2390.06680.0416-0.03070.04380.0574-0.02520.069118.3018-7.80170.9023
54.8332.5257-3.9851.7608-2.7335.40560.1064-0.21060.01730.0747-0.1420.0044-0.14210.28350.03560.0295-0.00230.00970.045-0.03170.049929.18625.509775.2759
66.2482-1.9305-0.4975.82762.43421.13940.06180.05060.298-0.3353-0.0041-0.188-0.20650.0638-0.05770.0718-0.0295-0.00330.0476-0.01020.057140.311910.585963.9356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2A16 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4A127 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5A149 - 160
6X-RAY DIFFRACTION6A161 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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