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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ivp | ||||||
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タイトル | The structure of a possible transposon-related DNA-binding protein from Clostridium difficile 630. | ||||||
要素 | Putative transposon-related DNA-binding protein | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / APC62618 / transposon-related DNA-binding / Clostridium difficile 630 / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / DNA-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium difficile (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Marshall, N. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The structure of a possible transposon-related DNA-binding protein from Clostridium difficile 630. 著者: Tan, K. / Marshall, N. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ivp.cif.gz | 101.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ivp.ent.gz | 85.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ivp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ivp_validation.pdf.gz | 464.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ivp_full_validation.pdf.gz | 474.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ivp_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ivp_validation.cif.gz | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Authors state that biological unit is experimentally unknown. It is likely that the chains A and B, C and D form dimers respectively. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14559.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD3330, Clostridium difficile / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q180H4 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ca Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, 40% v/w PEG300, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937, 0.97953 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月3日 / 詳細: Mirror | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.02→48 Å / Num. all: 39518 / Num. obs: 39518 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 25.8 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1894 / % possible all: 94.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.02→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.561 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.808 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→47.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.018→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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