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万見
- PDB-3ivm: apPEP_WT+PP closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ivm
タイトルapPEP_WT+PP closed state
要素prolyl endopeptidase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / prolyl endopeptidase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prolyl oligopeptidase / oligopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / : / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller ...Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / : / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Z-PRO-PROLINAL / N-BENZYLOXYCARBONYL-L-PROLYL-L-PROLINAL / prolyl oligopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas punctata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chiu, T.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Induced-fit mechanism for prolyl endopeptidase
著者: Li, M. / Chen, C. / Davies, D.R. / Chiu, T.K.
履歴
登録2009年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.32013年2月27日Group: Other
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: prolyl endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1113
ポリマ－77,4511
非ポリマー6612
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.864, 93.630, 152.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細One monomer per asu.

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要素

#1: タンパク質 prolyl endopeptidase


分子量: 77450.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeromonas punctata (バクテリア) / 遺伝子: prolyl endopeptidase / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X6R4
#2: 化合物 ChemComp-ZPR / N-BENZYLOXYCARBONYL-L-PROLYL-L-PROLINAL / Z-PRO-PROLINAL / Z-プロリルプロリナ-ル


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 330.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N2O4 / 参照: Z-PRO-PROLINAL
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THESE ARE NOT MUTATIONS, BUT ERROR IN DNA SEQUENCING OF THE ORIGINAL DEPOSITED ...AUTHORS STATE THAT THESE ARE NOT MUTATIONS, BUT ERROR IN DNA SEQUENCING OF THE ORIGINAL DEPOSITED FILE. THEY CONFIRMED THIS WITH DNA SEQUENCING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 8mg/ml protein in 20mM Hepes (pH7.5), 100mM NaCl, 5% w/v glycerol, 1mM EDTA, and 1mM DTT. Equal volume of protein and precipitant (20mM MES (pH 6.5), 17% w/v PEG10K) were equilibrated by ...詳細: 8mg/ml protein in 20mM Hepes (pH7.5), 100mM NaCl, 5% w/v glycerol, 1mM EDTA, and 1mM DTT. Equal volume of protein and precipitant (20mM MES (pH 6.5), 17% w/v PEG10K) were equilibrated by vapor diffusion at 14C. Crystals were soaked with the inhibitor ZPR. Cryosolution is precipitant plus 5% more PEG10K and 20% w/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2006年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40 Å / Num. all: 56780 / Num. obs: 55531 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.477

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
EPMR位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IUJ

3iuj


解像度: 2.05→39.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2258519.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 5194 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 54688 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.099 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.85 Å20 Å20 Å2
2--10.56 Å20 Å2
3----3.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5361 0 41 497 5899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.12.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 449 4.8 %
Rwork0.303 8927 -
obs--87.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_spp.paramprotein_spp.top
X-RAY DIFFRACTION2zppoh.paramzppoh.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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