PDB-3ivk: Crystal Structure of the Catalytic Core of an RNA Polymerase Ribo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ivk

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Core of an RNA Polymerase Ribozyme Complexed with an Antigen Binding Antibody Fragment

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
class I ligase product

キーワード

immune system / RNA / catalytic RNA / protein RNA complex / RNA polymerase ribozyme / RNA hairpin epitope / immune system - RNA complex

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Koldobskaya, Y. / Duguid, E.M. / Shechner, D.M. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. / Bartel, D.P. / Piccirilli, J.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the catalytic core of an RNA-polymerase ribozyme.
著者: Shechner, D.M. / Grant, R.A. / Bagby, S.C. / Koldobskaya, Y. / Piccirilli, J.A. / Bartel, D.P.

履歴

登録	2009年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ivk.cif.gz	321.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ivk.ent.gz	249.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ivk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

B: Fab light chain

A: Fab heavy chain

M: class I ligase product

C: class I ligase product

ヘテロ分子

178 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

M: class I ligase product

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fab light chain

A: Fab heavy chain

C: class I ligase product

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.499, 206.452, 135.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	M-126- MG
2	1	C-126- MG

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	B
1	2	H
2	2	A
1	3	M
2	3	C
1	4	M
2	4	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	L	1 - 215
2	1	1	1	B	1 - 215
1	1	2	1	H	1 - 233
2	1	2	1	A	1 - 233
1	1	3	1	M	1 - 128
2	1	3	1	C	1 - 128
1	1	4	1	M	122 - 137
2	1	4	1	C	122 - 137

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 MC

#3: RNA鎖	class I ligase product 分子量: 41299.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: syn

-
抗体 , 2種, 4分子 LBHA

#1: 抗体	Fab light chain 分子量: 23162.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: man / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 23749.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: man / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 141分子

#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 6 詳細: Fab-RNA: 10 mM Tris pH 7.6, 20.1 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA, 150 mM NaCl. Screen solution: 50 mM cacodylate pH 6.0, 20 mM NaCl, 1 mM CdCl2, 32% MPD. Cryo: Paratone-N, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 52330 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.585 / % possible all: 79.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.1 Å	49.8 Å
Translation	3.1 Å	49.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	1.3.3	位相決定
REFMAC	5.4.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 35.104 / SU ML: 0.283 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.659 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	2648	5.1 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.208	52239	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6604	5470	37	104	12215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	13092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.323	2.498	19152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.76	5	870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.653	23.672	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.239	15	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.073	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	7802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.191	1.5	4348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.41	2	7026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.716	3	8744
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.25	4.5	12126
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	L	1629	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	1629	tight positional	0.02	0.05
2	1	H	1673	tight positional	0.01	0.05
2	2	A	1673	tight positional	0.01	0.05
3	1	M	2777	tight positional	0.05	0.05
3	2	C	2777	tight positional	0.05	0.05
4	1	M	68	tight positional	0.03	0.05
4	2	C	68	tight positional	0.03	0.05
1	1	L	1629	tight thermal	0.02	0.5
1	2	B	1629	tight thermal	0.02	0.5
2	1	H	1673	tight thermal	0.02	0.5
2	2	A	1673	tight thermal	0.02	0.5
3	1	M	2777	tight thermal	0.02	0.5
3	2	C	2777	tight thermal	0.02	0.5
4	1	M	68	tight thermal	0.05	0.5
4	2	C	68	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	157	-
R_work	0.317	3126	-
obs	-	-	84.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1197	1.5972	-0.452	4.5663	-0.5911	3.0859	-0.2023	-0.065	-0.1673	-0.0205	-0.2294	-0.2272	-0.0751	0.2953	0.4318	-0.3484	0.0176	0.1485	-0.1957	0.0384	-0.2483	22.711	53.229	-43.802
2	5.5457	1.5593	0.0598	2.0512	0.4125	3.1099	-0.2174	-0.0589	0.2493	-0.0048	-0.1863	0.1417	-0.298	0.0335	0.4038	-0.2308	0.0067	-0.036	-0.3494	-0.1306	-0.2628	53.278	22.579	9.852
3	5.2078	-0.4554	3.67	2.3496	-0.8823	5.7676	0.1862	-0.4541	-0.1627	0.4155	-0.3569	-0.3314	0.0888	0.0727	0.1706	-0.1732	-0.1575	-0.0067	-0.1031	0.1775	-0.167	47.475	71.422	-26.999
4	2.1338	0.0051	0.9603	4.9209	-3.4236	5.9343	-0.4344	0.3894	0.2828	-0.4895	0.2968	0.2258	-0.1472	-0.1313	0.1375	-0.1195	-0.1548	-0.1832	-0.148	0.0043	-0.1589	71.702	47.148	-6.972
5	2.7247	2.7995	1.1366	3.9562	1.554	3.6542	0.2049	-0.4189	-0.453	0.4997	-0.3113	-0.3139	-0.0465	0.0446	0.1065	-0.2194	-0.0244	0.1358	-0.1495	0.1767	-0.1094	19.5	42.452	-25.641
6	3.632	2.8078	-1.8059	3.2593	-1.0861	3.3712	-0.2853	0.5154	0.303	-0.4951	0.1974	0.4781	0.0141	0.0076	0.088	-0.1584	-0.0323	-0.176	-0.1777	-0.1414	-0.1108	42.478	19.474	-8.319
7	2.5749	1.2166	-0.1438	6.0993	-1.2053	2.9204	0.3757	-0.8108	0.1059	0.9815	-0.3494	0.2024	-0.3766	-0.3494	-0.0262	-0.0041	-0.1369	0.0112	0.2193	0.0495	-0.258	36.831	74.302	-15.662
8	6.4121	1.0782	1.8049	2.8828	0.425	2.7033	-0.2875	0.956	-0.1549	-0.7705	0.3149	0.0101	0.2134	0.3276	-0.0275	0.1722	-0.1354	-0.0562	0.0064	-0.001	-0.2648	74.479	36.509	-18.319
9	1.5003	0.8023	0.7727	0.4682	0.2064	1.487	-0.3054	0.386	-0.3269	-0.2403	0.1369	-0.0576	0.1907	-0.0844	0.1684	0.0886	-0.0806	0.3687	-0.079	-0.1676	0.0909	8.465	29.096	-67.421
10	0.4696	0.8063	-0.0719	1.6427	-0.7409	1.4871	0.1608	-0.2321	0.06	0.4296	-0.3216	0.3399	0.1021	-0.1814	0.1609	-0.0886	-0.0782	0.1897	0.075	-0.3621	0.1065	29.089	8.451	33.435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	109 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	109 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	3 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	3 - 125
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	126 - 226
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	126 - 226
9	X-RAY DIFFRACTION	9	M	1 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	1 - 121

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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